大家好，我是鄧飛。我要系統(tǒng)學(xué)習(xí)掌握多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（PRS）和孟德?tīng)栯S機(jī)化（MR），并建立一個(gè)專欄，歡迎感興趣的小伙伴一起交流學(xué)習(xí)。

我的觀察：

• 學(xué)植物的對(duì)于動(dòng)物方面的分析，隔行如隔山，同樣的GWAS分析，動(dòng)物中有場(chǎng)年季效應(yīng)，有重復(fù)力模型，對(duì)于植物來(lái)說(shuō)，如聽(tīng)天書。
• 學(xué)動(dòng)物的，對(duì)于植物中的一年多點(diǎn)、多年多點(diǎn)，BLUE值，也是一臉迷惑。

我對(duì)動(dòng)植物數(shù)據(jù)分析都有接觸，經(jīng)過(guò)發(fā)現(xiàn)共同點(diǎn)，理解不同點(diǎn)，現(xiàn)在算是上路了。但是對(duì)于人類的數(shù)據(jù)分析，比如多基因風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型和孟德?tīng)栯S機(jī)化分析，真是朦朦朧朧，學(xué)習(xí)起來(lái)也是倍感吃力，屢次想放棄。

這時(shí)，我想起兩句名言警句：

1，君子不器 

2，當(dāng)你不會(huì)某件事情時(shí)，就以此為題目寫本書吧

寫書不至于，但是讀書筆記也是可以安排的。

上一次系統(tǒng)筆記還是學(xué)習(xí)GWAS的時(shí)候，寫了一本GWAS的學(xué)習(xí)筆記，很多人給我回信說(shuō)是幫助極大，因?yàn)槲沂菑某鯇W(xué)者的角度寫筆記，對(duì)于初學(xué)者是很友好的。很多高手都忘記了當(dāng)初進(jìn)階的艱難，在寫書時(shí)總是嚴(yán)謹(jǐn)?shù)倪壿嫷睦硇缘墓酵茖?dǎo)的書籍，那是教科書！

所以，我要用互聯(lián)網(wǎng)的思路寫筆記，迭代，不斷的迭代，允許錯(cuò)誤，允許不完美，然后慢慢完善，1.0， 2.0 依次類推。

「多基因遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的作用」

看一下文獻(xiàn)中的介紹吧：

「文獻(xiàn)信息：」

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朱猛, 呂筠, 余燦清, 黃艷倩, 馬紅霞, 靳光付, 郭彧, 裴培, 陳錚鳴, 沈洪兵, 胡志斌, 李立明, 代表中國(guó)慢性病前膽性研究項(xiàng)目協(xié)作組. 多基因遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分指導(dǎo)肺癌個(gè)體化篩查的前瞻性隊(duì)列研究. 中華流行病學(xué)雜志, 2021, 42(3): 376-381

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「摘要信息：」

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以55歲且吸煙劑量30包/年人群的5年絕對(duì)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)為參考屆值，在吸煙者和非吸煙者中分別計(jì)算不同遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群5年肺癌絕對(duì)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)隨年齡和吸煙劑量的變化趨勢(shì)，并繪制5年絕對(duì)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)分布圖，從而判斷不同遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群達(dá)到參考界值時(shí)的理論年齡或吸煙劑量。根據(jù)上述結(jié)果給出不同遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群參加肺癌篩查起始年齡的具體建議。結(jié)果 CKB隊(duì)列中55歲吸煙者，當(dāng)吸煙量為30包/年時(shí)，5年內(nèi)發(fā)生肺癌的絕對(duì)風(fēng)險(xiǎn)為0.67%。在吸煙者中，隨著遺傳風(fēng)險(xiǎn)增加，其5年絕對(duì)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)呈不斷上升趨勢(shì)，對(duì)于高遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群應(yīng)降低篩查起始年齡，遺傳風(fēng)險(xiǎn)最高的1%人群建議從50歲開(kāi)始進(jìn)行篩查；若保持篩查起始年齡55歲不變，則應(yīng)在高遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群中降低吸煙劑量標(biāo)準(zhǔn)；不管累積吸煙劑量為多少，遺傳風(fēng)險(xiǎn)最高的1%人群都應(yīng)納入肺癌篩查。在非吸煙者中，高遺傳風(fēng)險(xiǎn)人群同樣具備篩查價(jià)值，建議遺傳風(fēng)險(xiǎn)最高的1%人群從62歲起進(jìn)行肺癌篩查，而對(duì)于遺傳風(fēng)險(xiǎn)最低的5%人群，當(dāng)年齡達(dá)到74歲時(shí)才可達(dá)到參考屆值。結(jié)論 對(duì)于不同遺傳風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體，可采用個(gè)體化的肺癌篩查方案，對(duì)于高遺傳風(fēng)險(xiǎn)的吸煙者可減小肺癌篩查起始年齡或吸煙劑量，而我國(guó)高遺傳風(fēng)險(xiǎn)的非吸煙者同樣具備篩查價(jià)值。

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「我的理解：」

我們知道肺癌和吸煙有關(guān)系，與吸煙量有關(guān)系，與年齡有關(guān)系，與遺傳也有關(guān)系。

用模型語(yǔ)言來(lái)說(shuō)：

• 年齡，影響因素，放到模型中
• 吸煙量，影響因素，放到模型中
• 遺傳，GWAS分析得到的位點(diǎn)，不同分型，癌癥概率不一樣，放到模型中

綜合起來(lái)，就是當(dāng)你的年齡是多少，吸煙量是多少，基因分型的是什么，最后預(yù)測(cè)你5年患癌癥的概率是多少，概率高的話就是高危人群，建議戒煙或者降低吸煙量，定期體檢……

動(dòng)植物中，我們用GWAS得到的位點(diǎn)，進(jìn)行分子標(biāo)記輔助選擇（MAS），用全基因組的標(biāo)記進(jìn)行基因組選擇（GS），而在人類上用多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（PRS）進(jìn)行預(yù)測(cè)，很相似。

「為何要用PRS」

PRS，全稱polygenic risk score，多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。因?yàn)閱蝹€(gè)基因位點(diǎn)效應(yīng)較弱，所以需要將多個(gè)位點(diǎn)合并進(jìn)行預(yù)測(cè)，PRS就是綜合考慮多個(gè)基因位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)常用的方法。

「本系列計(jì)劃達(dá)到的目標(biāo)：」

• 多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，原理理解，學(xué)會(huì)操作
• 孟德?tīng)栯S機(jī)化分析，原理理解，學(xué)會(huì)操作
• 分享相關(guān)軟件教程
• 分享相關(guān)代碼和數(shù)據(jù)
• 根據(jù)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)，重演分析流程和結(jié)果

「最終目標(biāo)：學(xué)會(huì)掌握PRS和MR！希望大家一起學(xué)習(xí)，共同掌握?！?/strong>

另外，我在知識(shí)星球中建立了一個(gè)標(biāo)簽（PRS和MR），主要是分享“多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分和孟德?tīng)栯S機(jī)化”的內(nèi)容，歡迎各位的加入。