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特別關注|N6-甲基腺嘌呤甲基化在肝臟疾病中的作用

 臨床肝膽病雜志 2021-12-15







N6-甲基腺嘌呤(m6A)是發(fā)生在RNA腺嘌呤(A)堿基第6位氮原子上的甲基化,主要由甲基轉移酶(Writers)、去甲基化酶(Erasers)和相關結合蛋白(Readers)共同調控,參與RNA轉錄、剪接、加工、翻譯和衰變等多種生物學過程[1-3]。肝臟是調控機體新陳代謝的主要器官,m6A甲基化參與肝臟疾病的發(fā)生、發(fā)展過程(圖 1)。本文現(xiàn)簡要綜述m6A甲基化在肝臟生理以及病理中的作用進展情況。

圖1  m6A甲基化參與肝臟病理生理功能的調控

注:NAFLD,非酒精性脂肪性肝病;HCC,肝細胞癌。







1m6A甲基化


m6A甲基化是由Writers、Erasers和Readers所催化的一個動態(tài)可逆過程。Writers主要包括甲基轉移酶樣3/14(METTL3/14)、Wilms腫瘤相關蛋白(WTAP)、和RNA結合基序蛋白15/15B(RBM15/15B)等。WTAP與METTL3和METTL14的相互作用,是m6A甲基轉移酶催化過程中所需要的一個重要環(huán)節(jié)[4]。Erasers主要包括肥胖相關蛋白(FTO)和ALKB同源蛋白5(ALKBH5)等[5]。FTO是首個被發(fā)現(xiàn)的去甲基化酶,并在體內和體外都能去除m6A甲基化修飾[6]。m6A甲基化與去甲基化修飾后,需通過Readers的識別來使m6A發(fā)揮多樣的生物學功能,已知的Readers是YT521-B同源域(YTH)家族成員,主要分為m6A結合蛋白(YTHDFs),如YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3等和含YTH結構域蛋白(YTHDCs),如YTHDC1、YTHDC2等[7]







2m6A甲基化與肝臟生理功能


m6A的動態(tài)修飾在肝臟中具有組織特異性,與肝臟生長發(fā)育密切相關。He等[8]對豬肝臟的新生期(0 d)、哺乳期(21 d)和成年期(2歲)三個發(fā)育階段所有m6A持續(xù)修飾的基因進行功能富集分析發(fā)現(xiàn),m6A甲基化水平與基因表達之間呈負相關。

肝細胞色素P450(CYP450)在肝臟藥物代謝中起著重要作用。最近一項研究[9]發(fā)現(xiàn),m6A甲基化影響CYP450的表達,敲低METTL3/14后肝細胞色素P4502C8(CYP2C8)表達上調,敲低FTO后CYP2C8表達下調。另有報道[10],阿克曼菌和植物乳桿菌可影響單基因相關小鼠肝臟中特定的m6A甲基化,從而調控肝臟中脂質、氨基酸代謝和胰島素信號傳導。

m6A甲基化在肝臟晝夜節(jié)律調節(jié)中發(fā)揮著獨特作用。有研究[11]表明,m6A甲基化參與了小鼠肝臟晝夜節(jié)律的調節(jié),METTL3耗竭抑制了RNA加工效率,導致晝夜節(jié)律周期延長。然而,還需要進一步的證據(jù)來支持晝夜節(jié)律是否可通過m6A甲基化介導肝臟生長。







3m6A甲基化與病毒性肝炎


HBV是一種DNA病毒,研究表明HBV RNA中的m6A甲基化在病毒生命周期中起著雙重調節(jié)作用。敲除METTL3或METTL14可減少前基因組RNA(pgRNA)的逆轉錄,但導致乙型肝炎核心蛋白(HBc)和HBV S蛋白(HBs)的上調,同時YTHDF2或YTHDF3的敲除也顯著增加了HBs和HBc的表達,表明m6A甲基化正向調節(jié)逆轉錄,負向調節(jié)HBV mRNA的穩(wěn)定性,導致病毒蛋白表達減少[12]。最新研究[13]發(fā)現(xiàn),HBV X蛋白(HBx)是一種在病毒轉錄和復制中起重要作用的調節(jié)蛋白,HBx與METTL3/14相互作用,在HBV感染過程中促進了HBV cDNA和張力蛋白同源物染色體位點的招募。

HCV屬于黃病毒科的一種RNA病毒,是肝硬化和慢性肝炎的主要危險因素。研究[14]表明,敲除METTL3和METTL14可在不影響病毒RNA復制的情況下,促進病毒顆粒的產生,從而增加HCV的感染率;敲除FTO效果則相反,且YTHDF蛋白可重新定位到脂質滴上,減少HCV病毒顆粒的產生。有趣的是,HCV RNA中的m6A甲基化可抑制或逃避維甲酸誘導基因1引起的天然免疫刺激[15]。此外,病毒感染期間激活的細胞信號通路,可通過改變m6A甲基化來調控病毒感染過程[16]。這些研究為m6A甲基化調控病毒生命周期提供了強有力的證據(jù)。

m6A甲基化在病毒性肝炎治療方面發(fā)揮著重要作用。最新研究[17]表明,HBx可上調METTL3的表達,從而增加circ-ARL3的m6A甲基化;circ-ARL3基因敲除可抑制HBV和HCC的增殖和侵襲,靶向circ-ARL3/微核糖核酸(miR-126)軸可能是一種有前景的HBV治療方法。另有研究[18]表明,m6A甲基化和YTHDC2可通過與La抗原和其他因素相互作用來協(xié)助HCV內部核糖體進入位點依賴的翻譯啟動,從而為干預感染過程提供了替代的治療途徑。目前的研究表明,m6A甲基化對HBV/HCV感染有負面調節(jié)作用,但對其他肝炎病毒的調控作用有待進一步闡明。







4m6A甲基化與NAFLD


NAFLD的特征是在沒有大量飲酒或其他已知肝病病史的情況下發(fā)生的肝脂肪變性[19]。有研究表明,F(xiàn)TO可通過抑制Wnt/β-連環(huán)蛋白信號通路,進而影響豬肌內前脂肪細胞的增殖和分化[20],F(xiàn)TO還可下調人肝癌細胞HepG2中m6A水平,降低線粒體含量并增加甘油三酯沉積,這為早期預防NAFLD的發(fā)展提供了新的思路[21]。另外,Runt相關轉錄因子1(RUNX1T1)能促進脂肪細胞增殖,F(xiàn)TO可通過增強RUNX1T1的表達來介導脂肪生成[22]。Wu等[23]證實敲除FTO可延長脂肪細胞分化早期的細胞周期進程,從而抑制脂肪形成。此外,過表達FTO可增加脂肪細胞的脂質積累并降低m6A甲基化的表達水平,過表達METTL3可抑制脂質積聚并增加m6A甲基化水平[24],且METTL3也可利用脂肪酸合成酶m6A甲基化抑制肝臟胰島素敏感性,促進脂肪酸代謝[25]。綜上所述,F(xiàn)TO在肝細胞脂肪代謝中起著至關重要的作用,可能是NAFLD的一個有前景的治療靶點。

m6A甲基化在NAFLD的治療方面起著重要作用。Chen等[26]研究證實,青春期補充甲基供體甜菜堿可通過m6A依賴和YTHDF2介導的方式調節(jié)細胞周期來控制脂肪的形成。另外,甜菜堿還可糾正高脂飲食誘導的m6A低甲基化和高FTO表達,這是由于甜菜堿對受損的脂肪組織功能起到了保護作用[27]。另有研究[28]表明,姜黃素可通過增加m6A甲基化水平,減輕脂多糖誘導的肝損傷和肝脂質代謝紊亂。







5m6A甲基化與肝纖維化


肝纖維化是在病毒或各種損傷的持續(xù)作用下,肝臟發(fā)生的慢性炎癥和可逆修復反應,最終可發(fā)展為肝硬化、HCC[29]。研究[30]表明,在肝纖維化發(fā)展過程中,差異m6A甲基化主要富集于氧化應激和細胞色素代謝相關環(huán)節(jié),而在肝纖維化逆轉過程中,差異m6A甲基化主要富集于免疫應答和凋亡相關環(huán)節(jié)。

在肝纖維化治療方面,m6A甲基化也有重要作用。有研究[31]發(fā)現(xiàn),下調酸敏離子通道1a的表達后,METTL3依賴的m6A修飾水平和miR-350表達水平均降低,miR-350靶向芽胞受體酪氨酸激酶信號拮抗劑2,并進一步降低磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B和細胞外調蛋白激酶通路相關蛋白的表達,減輕肝纖維化程度。盡管如此,還需要更多的研究來確定m6A甲基化在肝纖維化中的調控作用及作用機制。







6m6A甲基化與HCC


HCC是全球第四大致死腫瘤,嚴重威脅到人類的健康與壽命[32]。研究[33]表明,在體內,敲除METTL3可顯著抑制HCC的成瘤性;在體外,敲除METTL3可明顯降低HCC的增殖、遷移和集落形成。最近研究[34]發(fā)現(xiàn),METTL14通過調節(jié)前體miR-126來抑制HCC的轉移,敲除METTL14顯著增加了HCC的遷移和侵襲力,這表明METTL14的過表達,具有抑制腫瘤轉移的能力。另外,miR-145通過靶向HCC中YTHDF2 mRNA的3′-UTR來調控m6A水平,抑制HCC的增殖[35]。Li等[36]發(fā)現(xiàn)FTO通過介導M2型丙酮酸激酶去甲基化促進HCC的發(fā)生發(fā)展,F(xiàn)TO敲除可上調m6A水平,從而阻止HCC的疾病進程。最新一項研究[37]表明,ALKBH5作為一種腫瘤抑制因子,能通過m6A依賴性的方式降低HCC中LY6/PLAUR結構域包含體1的表達。總而言之,m6A甲基化修飾的甲基化酶、去甲基化酶、結合蛋白都能通過調控相關因子參與HCC的發(fā)展過程。

m6A甲基化的調控蛋白在HCC治療方面存在很多潛在靶點。研究[38]表明,m6A甲基化水平與HCC的預后密切相關,YTHDF2、YTHDF1、METTL3和KIAA1429可能是HCC的潛在預測因子和治療靶標。有研究[39]表明,敲除METTL3可降低轉錄因子叉頭蛋白3 mRNA的穩(wěn)定作用,從而增強HCC對索拉非尼的耐藥性,表明FOXO3是m6A甲基化在治療HCC中的重要靶標。







7展望


作為肝臟病理過程中的重要因素,m6A甲基化在肝臟疾病中的生物學作用研究逐漸為學者所重視。然而,現(xiàn)在的研究大部分集中于m6A在HCC發(fā)病中的作用,對于調控其他肝臟疾病比如酒精性脂肪肝、肝硬化等的機制還不完全了解;并且大多數(shù)關于m6A在HCC中的研究都是在體外進行,缺乏臨床相關證據(jù)。然而,隨著相關領域不斷深入研究,m6A甲基化對肝臟疾病的調控作用研究將會更加系統(tǒng)、深入,并將在各種肝臟疾病的診療中發(fā)揮重要作用。

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http://www./cn/article/doi/10.3969/j.issn.1001-5256.2021.11.051


引證本文

馬艷珍, 吳芙蓉, 張家富, 等. N6-甲基腺嘌呤甲基化在肝臟疾病中的作用[J]. 臨床肝膽病雜志, 2021, 37(11): 2719-2722.


本文編輯:王瑩

公眾號編輯:邢翔宇


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