title: 文獻(xiàn)筆記-Where, When, and How Context-Dependent Functions of RNA Methylation Writers, Readers, and Erasersinfection
date: 2019-11-22 12:00:00
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- 文獻(xiàn)筆記
注:以前看綜述的時(shí)候,我喜歡把原文逐字翻譯為漢語(yǔ),效率比較低,現(xiàn)在我就采用筆記的形式的來(lái)看綜述,按照原文的結(jié)構(gòu),把關(guān)鍵點(diǎn)記錄下來(lái),再加上自己的理解即可。
文獻(xiàn)信息
Hailing Shi, Jiangbo Wei, Chuan He,Where, When, and How: Context-Dependent Functions of RNA Methylation Writers, Readers, and Erasers,Molecular Cell,Volume 74, Issue 4,2019,Pages 640-650,
ISSN 1097-2765,https:///10.1016/j.molcel.2019.04.025.
摘要
細(xì)胞RNA會(huì)天然地經(jīng)歷各種化學(xué)修飾。這些經(jīng)化學(xué)修飾的核苷酸又賦予了其自身結(jié)構(gòu)的多樣性,從而在各種有序的代謝與機(jī)體的功能方面發(fā)揮著各種調(diào)控功能,進(jìn)而影響了基因的表達(dá)。隨著對(duì)回貼(mapping)位點(diǎn)修飾的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方法的發(fā)展,對(duì)精確修飾進(jìn)行檢測(cè)和定量的高靈敏質(zhì)譜方法的進(jìn)步,以及參與修飾的“效應(yīng)器 ”(effectors,包括各種能改變各種修飾位點(diǎn)的酶,例如寫(xiě)入器 (writers )和擦除器 (erasers )和能識(shí)別化學(xué)修飾位點(diǎn)的讀取器 (readers ))理解的加深,最近幾年有關(guān)RNA修飾的研究呈現(xiàn)暴發(fā)式地增長(zhǎng)。然而由于RNA種類(lèi)龐雜,表達(dá)水平有差異,因此這給RNA修飾的研究帶來(lái)了很大的挑戰(zhàn),另外,RNA的修飾還與細(xì)胞類(lèi)型,組織特異性,以及修飾效應(yīng)器 的定位有關(guān),這又增加了研究難度。我們?cè)谶@篇綜述里,重點(diǎn)闡述了最近幾年關(guān)于 -甲基化轉(zhuǎn)換酶(m6A, )功能的研究進(jìn)展,強(qiáng)調(diào)了環(huán)境(context)對(duì)RNA修飾調(diào)控和功能的重要性。
前言
早期研究發(fā)現(xiàn),m6A主要發(fā)生在(G/A)(m6A)C序列上。最近的研究發(fā)現(xiàn),m6A主偏向于出現(xiàn)在終止密碼子和3'UTR上,因此我們可以推斷,m6A可以影響基因的表達(dá)。
m6A途徑的效應(yīng)器(effectors)包括寫(xiě)入器 (writers),擦除器 (erasers)和讀取器 (readers),其中寫(xiě)入器 往核苷酸上添加上甲基,擦除器 反之,即去掉核苷酸上的甲基,讀取器 則是能夠識(shí)別那些核苷酸上含有甲基的序列,它們的成員如下圖的Figure 1所示:
機(jī)體的整個(gè)生物學(xué)環(huán)境會(huì)影響m6A通路,并且決定了m6A的功能。
一方面,不同的細(xì)胞,以及環(huán)境刺激能影響m6A這些效應(yīng)器 自身的表達(dá)水平,PTM以及細(xì)胞定位。例如,在多數(shù)細(xì)胞系中,m6A的去甲基化酶(demethylase)FTO主要位于細(xì)胞核,并且參與5%-10%的的mRNA的m6A去甲基化,但是在某些淋巴瘤細(xì)胞系中,這個(gè)比例達(dá)到40%。
另一方面,RNA分子自身的異質(zhì)性又增加了m6A的研究難度,這是因?yàn)椋?br>
①RNA種類(lèi)繁多,包括mRNA,tRNA,rRNA,以及其它大量的非編碼RNA;
②不同類(lèi)型的細(xì)胞中的RNA豐度不同;
③RNA存在著復(fù)雜的二級(jí)結(jié)構(gòu);
④RNA存在著不同的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)(例如非活躍時(shí),RNA與組蛋白緊密結(jié)合,轉(zhuǎn)錄活躍時(shí),則與組蛋白松開(kāi));
⑤RNA中的順式/反式作用元件(例如一些RNA結(jié)合蛋白,RBP, RNA binding proteins)會(huì)調(diào)控m6A效應(yīng)子與RNA底物。因此說(shuō),m6A的活動(dòng)與環(huán)境緊密相關(guān)。
m6A甲基化的寫(xiě)入器
m6A是通過(guò)一個(gè)復(fù)合物加到mRNA上的(Figure1),這個(gè)復(fù)合物有多個(gè)亞基,包括METTL3,METTL14,WTAP,VIRMA,ZC3H13,HAKAI,RBM15/15B。其中包括以下成員:
- METTL3/14,全稱(chēng)是methyltransferase-like 3/14,即甲基轉(zhuǎn)移酶3/14, 這兩個(gè)甲基轉(zhuǎn)移酶是這個(gè)復(fù)合物的核心成員,其中MELLT3起催化作用,MELLT14促進(jìn)復(fù)合物與RNA結(jié)合。
- WTAP,全稱(chēng)是Wilms tumor 1-associating protein,其功能是結(jié)合METTL3/14,誘導(dǎo)它們向底物招募以及定位。
- VIRMA,全稱(chēng)是Vir like m6A methyltransferase associated,功能是將m6A與3'UTR結(jié)合。
- ZC3H13,全稱(chēng)是zinc ?nger CCCH-type containing 13,功能是誘導(dǎo)寫(xiě)入器復(fù)合物向核內(nèi)轉(zhuǎn)移。
- RBM15/15B全稱(chēng)是RNA binding motif protein 15/15B,功能是與尿嘧啶富集區(qū)域結(jié)合,促進(jìn)某些RNAs的甲基化。
METTL3的功能
METTL3在各類(lèi)細(xì)胞中的分布不同,例如在HeLa細(xì)胞中,METTL3/METTL14會(huì)形成二聚體結(jié)構(gòu)與WTAP產(chǎn)生相互作用,然后進(jìn)入細(xì)胞核形成斑點(diǎn)(speckle)。METTL3和WTAP中含有NLS(nuclear localization signals),NLS的突變會(huì)導(dǎo)致復(fù)合物無(wú)法入核。METTL3還存在于一些細(xì)胞質(zhì)中,例如在一些癌細(xì)胞系,包括HeLa,MDA-MB-231,MOLM13細(xì)胞系等。還有一些情況,例如在小鼠皮質(zhì)神經(jīng)元中,METTL14位于細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核?,F(xiàn)在還不清楚為什么METTL3的定位為什么會(huì)出現(xiàn)如此差異。METTL3/METTL14的比例在不同的細(xì)胞系中也有差異,這可能會(huì)影響METTL3的定位。
寫(xiě)入器的招募導(dǎo)致了轉(zhuǎn)錄本上的m6A的特異性,這一招募過(guò)程可能是由TF或表觀遺傳標(biāo)記介導(dǎo)的,如下下圖的Figure 2所示:
METTL3在細(xì)胞核中的作用
當(dāng)出現(xiàn)熱休克時(shí),METTL3就會(huì)定位到染色質(zhì)的熱休克相關(guān)的基因上,m6A就會(huì)被添加到熱休克轉(zhuǎn)錄本上,從而誘導(dǎo)這些轉(zhuǎn)錄本在應(yīng)激壓力下被清除。UV誘導(dǎo)DNA破壞時(shí),METTL3/14就會(huì)在2分鐘內(nèi)定位到UV誘導(dǎo)的損傷位點(diǎn),同時(shí)伴隨著m6A活動(dòng)的增強(qiáng)。在人類(lèi)多能干細(xì)胞的TGF- 信號(hào)轉(zhuǎn)錄通路轉(zhuǎn)導(dǎo)方面,活化的SMAD2/3會(huì)與METTL3/14-WTAP相互作用,誘導(dǎo)m6A添加到特定的轉(zhuǎn)錄本上。在AML細(xì)胞中,一部分METTL3會(huì)通過(guò)METTL14非依賴(lài)方式與CCAAT增強(qiáng)子結(jié)合蛋白zeta(CEBPZ)的啟動(dòng)子區(qū)域結(jié)合。在HepG2細(xì)胞中,H3K36me3能通過(guò)與METTL14相互作用招募寫(xiě)入器 ,誘導(dǎo)mRNA的CDS和3'UTR上添加m6A。
METTL3在細(xì)胞質(zhì)中的促進(jìn)翻譯作用
METTL3還能作為一個(gè)潛在的m6A讀取器,在Figure 2B中,我們可以看到,在肺癌細(xì)胞中,METTL3此時(shí)并沒(méi)有發(fā)揮催化作用,而是在細(xì)胞質(zhì)中錨定到了3'UTR上,促進(jìn)了一個(gè)報(bào)告mRNA的翻譯。進(jìn)一步的研究表明,METTL3是通過(guò)eIF3h相互作用來(lái)促進(jìn)翻譯的。
METTL3蛋白自身會(huì)通過(guò)PTM或與其它蛋白質(zhì)相互作用來(lái)發(fā)揮調(diào)控功能,例如人類(lèi)的METTL14能夠誘導(dǎo)METTL3的絲氨酸399磷酸化。人類(lèi)的METTL3會(huì)出現(xiàn)SUMOylation修飾,導(dǎo)致METTL3/14的活性降低。但這些現(xiàn)象的機(jī)制還不清楚。
序列和結(jié)構(gòu)特異性誘導(dǎo)的甲基化
METTL3/14復(fù)合物偏愛(ài)RRACH模序(R=A或G;H=A,C或U),METTL16則偏愛(ài)另外的序列與結(jié)構(gòu)。METTL16被驗(yàn)證的兩個(gè)特異性序列是U6(U6 small nuclear RNA, snRNA)和人類(lèi)MAT2A(methionine adeno-syltransferase 2A)上的一個(gè)發(fā)夾結(jié)構(gòu)(hp1),MAT2A編碼S-腺苷甲硫氨酸合成酶(S-adeno-sylmethionine synthetase, SAM synthetase)。有實(shí)驗(yàn)分析發(fā)現(xiàn),METTL16偏愛(ài)一個(gè)形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)膨大處的UAC(m6A)GAGAA序列。EMTTL16介導(dǎo)的MAT2A甲基化是SAM穩(wěn)態(tài)的負(fù)反饋信號(hào)。最近發(fā)現(xiàn)了ZCCH4是一個(gè)新的m6A讀取器。
m6A讀取器
m6A讀取器通過(guò)作用于含有m6A的mRNA來(lái)發(fā)揮作用,F(xiàn)igure 1中可以把讀取器分為三類(lèi)。
第一類(lèi)讀取器含有YTH結(jié)構(gòu)域(YTH的全是YT521-B homology),這些成員包括YTHDF1-3(YTH domain family 1-3),YTHDC1-2(YTH domain containing 1-2)(參考Figure 1)。細(xì)胞質(zhì)中的YTHDF2會(huì)通過(guò)招募CCR4-NOT腺嘌呤酶復(fù)合物來(lái)誘導(dǎo)靶轉(zhuǎn)錄本的部分降解。細(xì)胞質(zhì)中的YTHDF1和YTHDF3能促進(jìn)HeLa細(xì)胞中靶轉(zhuǎn)錄本的翻譯。細(xì)胞核中的YTHDC1有多個(gè)作用,包括招募某些剪接因子調(diào)控mRNA的剪接,促進(jìn)mRNA的輸出,加速某些轉(zhuǎn)錄本的降解。YTHDC2調(diào)控mRNA的穩(wěn)定,翻譯以及精子形成。
第二類(lèi)讀取器是HNRNPs,全稱(chēng)是heterogeneous nuclear ribonucleoproteins,成員包括HNRNPC,HNRNPG與HNRNPA2B1,它們能調(diào)控靶轉(zhuǎn)錄本的剪接,加工,它們能與RNA的某些結(jié)構(gòu)結(jié)合,這些結(jié)構(gòu)是由m6A介導(dǎo)形成的,因?yàn)閙6A會(huì)重構(gòu)局部的RNA結(jié)構(gòu),調(diào)控RNA-蛋白質(zhì)之間的相互作用,這一現(xiàn)象稱(chēng)為m6A開(kāi)關(guān)(m6A-switch)。
第三類(lèi)讀取器含有相同的RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD, RNA binding domains),例如KH結(jié)構(gòu)域(K homology),RNA識(shí)別模序(RNA recognition motif),以及RGG( arginine/glycine-rich)結(jié)構(gòu)域,它們都能與含有m6A的mRNA結(jié)合,包括FMR1和IGF2BP1-3。FMR1(Fragile X mental retardation 1)含有3個(gè)KH結(jié)構(gòu)域,1個(gè)RGG結(jié)構(gòu)域,它有可能通過(guò)與YTHDF1和YTHDF2相互作用來(lái)影響RNA的轉(zhuǎn)移,RNA的穩(wěn)定。IGF2BP1-3(insulin-like growth factor 2 mRNA-binding proteins 1–3)能通過(guò)m6A的方式穩(wěn)定靶轉(zhuǎn)錄本(YTHDF2與之相反,它是降解靶轉(zhuǎn)錄本)。IGF2BP蛋白功能的核心是KH3-4結(jié)構(gòu)域,這是與m6A結(jié)合的關(guān)鍵區(qū)域。
Prrc2a是最近發(fā)現(xiàn)的一個(gè)讀取器,它與髓鞘形成有關(guān),具體機(jī)制不明。
為什么讀取器會(huì)結(jié)合一些m6A位點(diǎn)
以下為作者的幾個(gè)猜測(cè)。
第一,讀取器有可能與其它的RBP相互作用,從而被招募到mRNA的不同區(qū)域。IGF2BP1-3和YTHDF2通過(guò)在不同位點(diǎn)來(lái)調(diào)控mRNA的穩(wěn)定性,例如IGF2BP1-3結(jié)合到3'UTR,而YTHDF2結(jié)合到CDS區(qū)。而RBP對(duì)RNA的識(shí)別取決于多個(gè)因素,例如結(jié)合位點(diǎn)的序列,序列的側(cè)翼以及RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)。因此RBP與讀取器蛋白質(zhì)的相互作用有可能涉及了m6A位點(diǎn)的特異性。
第二,m6A位點(diǎn)的密度和序列也可能與之有關(guān)。
第三,讀取器蛋白會(huì)在細(xì)胞區(qū)室的特定位點(diǎn)富集,因此會(huì)偏向與局部一些RNA類(lèi)型結(jié)合。例如,YTHDF1-3,F(xiàn)MR1和HNRNPA2B1位于細(xì)胞的應(yīng)激顆粒核心地區(qū)。在乳腺癌細(xì)胞中,YTHDF1-3,HNRNPK和IGF2BP2-3位于細(xì)胞的突起(protrusion)。
甲基化可以促進(jìn)翻譯或影響某一轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性,這取決于揎細(xì)胞環(huán)境下哪個(gè)讀取器占據(jù)主導(dǎo)地位,如Figure 3所示:
讀取器對(duì)外界刺激的應(yīng)答
在某些刺激下,例如熱休克應(yīng)激或病毒感染會(huì)誘導(dǎo)細(xì)胞質(zhì)中的YTHDF進(jìn)入細(xì)胞核。在熱休克出現(xiàn)的幾小時(shí)內(nèi),YTHDF2的轉(zhuǎn)錄本與蛋白水平都上升,并且多數(shù)YTHDF2轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核內(nèi)。有人認(rèn)為,YTHDF2核心的YTHDF2會(huì)與去甲基化酶FTO競(jìng)爭(zhēng),阻止那些熱休克應(yīng)答基因5‘UTR的去甲基化,從而增強(qiáng)這些基因在細(xì)胞質(zhì)中非加帽方式的翻譯(cap-independent translation)。體外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),YTHDF2能抑制FTO的去甲基化活性。在Vero細(xì)胞感染實(shí)驗(yàn)中,細(xì)胞感染了enterovirus type 71后,YTHDF1和YTHDF2會(huì)上調(diào),并且在感染12小時(shí)后分布在細(xì)胞質(zhì),感染24小時(shí)后分布在細(xì)胞核,這一現(xiàn)象機(jī)制不明。
在有絲分裂后期的細(xì)胞中,當(dāng)需要功能蛋白時(shí),YTHDF1的翻譯促進(jìn)作用就變得特別明顯(Figure 3)。在損傷誘導(dǎo)的軸突再生的背根節(jié)(DRG)模型中,再生相關(guān)基因大量地被甲基化,在這個(gè)恢復(fù)過(guò)程中,YTHDF1是蛋白質(zhì)強(qiáng)烈合成所必需的條件;相比之下,YTHDF1在損傷前的基礎(chǔ)翻譯增強(qiáng)方面,作用很小。這一現(xiàn)象與最初在HeLa細(xì)胞中研究YTHDF1時(shí)類(lèi)似,YTHDF1會(huì)促進(jìn)一些轉(zhuǎn)錄本的翻譯。在關(guān)于記憶研究方面,有研究發(fā)現(xiàn),YTHDF1的缺陷會(huì)導(dǎo)致海馬依賴(lài)性神經(jīng)元功能出現(xiàn)障礙,恢復(fù)YTHDF1的蛋白水平,則能修復(fù)這種問(wèn)題。YTHDF1依賴(lài)的翻譯增強(qiáng)會(huì)在一些癌細(xì)胞中持續(xù)出現(xiàn),而在其它一些細(xì)胞中則是由刺激誘導(dǎo)的,這一過(guò)程是如何觸發(fā)的,還不清楚。
讀取器的不同功能
YTHDF1-3的結(jié)構(gòu)類(lèi)似,它們都含有N末端低復(fù)雜序列,和C末端的保守YTH結(jié)構(gòu)域。但是它們的功能并不相同,在不同的細(xì)胞中,它們有的能促進(jìn)蛋白翻譯,有的能抑制蛋白翻譯,具體的案例可以參考原文。并且在不同的m6A閱讀器蛋白之間還存在著交叉作用或競(jìng)爭(zhēng)作用,即使在FTO和閱讀器之間,也有著類(lèi)似的作用。因?yàn)檫@些蛋白本身就構(gòu)成了一個(gè)有相互作用的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),因此要理解它們的環(huán)境調(diào)控作用對(duì)于相關(guān)的研究有著重要意義。
m6A擦除器
m6A甲基化可以被FTO或ALKBH5逆轉(zhuǎn),這兩個(gè)蛋白也就是m6A擦除器。FTO是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)的m6A擦除器。FTO能夠去甲基化m6Am,以及部分mRNA上的cap-m6Am,如Figure 4所示:
CLIP-seq驗(yàn)證了很多FTO的結(jié)合位點(diǎn),這些結(jié)合位點(diǎn)包括tRNAs,snRNA等。FTO的空間分布也能發(fā)揮調(diào)控作用,F(xiàn)TO的N末端有一個(gè)NLS,它能部分地分布在細(xì)胞核中,也能分布在細(xì)胞質(zhì)中,F(xiàn)TO的分布在不同的細(xì)胞系中有所不同,例如在AML細(xì)胞中的分布和HEK,HeLa細(xì)胞中的分布就不同,這可能與腫瘤的發(fā)生有關(guān),F(xiàn)TO在AML細(xì)胞中的這種分布也有可能是環(huán)境依賴(lài)的,因?yàn)?HG(2-hydroxy-glutarate)能抑制FTO。
CLIP-seq的測(cè)序數(shù)據(jù)分析表明,在某些細(xì)胞系中,F(xiàn)TO偏愛(ài)結(jié)合GAC-和/或GGAC模序。有研究發(fā)現(xiàn),F(xiàn)TO的表達(dá)和定位可能被PTM調(diào)控(例如Lys-216)。
位于mRNA的5'cap中的+1核糖上,它幾乎是與內(nèi)部m6A(internal m6A,這個(gè)內(nèi)部指的是mRNA中間的部分)同時(shí)發(fā)現(xiàn)的。m6A可能占據(jù)了整個(gè)腺苷酸的0.1%-0.4%,它主要發(fā)生在第二個(gè)核苷酸2’-O-methylated( )的帽子結(jié)構(gòu)附近。只有不到30%的 含有m6Am。m6Am的比例占到整個(gè)mRNA的m6A十分之一或更低(在一些細(xì)胞系中還要低)。m6A豐度要遠(yuǎn)高于 ,因此,雖然FTO更偏愛(ài)結(jié)合 ,但是FTO的主要靶點(diǎn)還是m6A。由于幾乎所有的mRNA帽子結(jié)構(gòu)都在胃鏡核中被加帽蛋白結(jié)合,因此在細(xì)胞核中,cap- 不太可能被去甲基化,這也反映了FTO對(duì) 的局限,如Figure 4所示?,F(xiàn)在研究發(fā)現(xiàn)的FTO還功能涉及:熱休克應(yīng)答,UV損傷應(yīng)答,HCV感染等方面。
mRNA的 甲基化不影響轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定
最初研究認(rèn)為FTO介導(dǎo)的 的去甲基化在功能上類(lèi)似于DCP-2介導(dǎo)的去帽(decapping)化誘導(dǎo)mRNA的降解以及miRNA介導(dǎo)的mRNA降解。當(dāng)敲低FTO后,F(xiàn)TO的靶mRNA出現(xiàn)了很多變化,這些效應(yīng)被認(rèn)為是由于 的去甲基化導(dǎo)致的,但是FTO敲低與那些只含有m6A或 轉(zhuǎn)錄本水平之間的相關(guān)卻不支持這個(gè)結(jié)論,并且發(fā)現(xiàn)只有內(nèi)部m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本的變化與FTO的敲低相關(guān)。
后來(lái)發(fā)現(xiàn)了PCIF1是mRNA的 甲基轉(zhuǎn)移酶,它只加工 ,卻不加工內(nèi)部的m6A(internal m6A)。還有研究發(fā)現(xiàn),PCIF1添加的 并不改變基因表達(dá)的水平或轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性,這也不支持剛開(kāi)始的觀點(diǎn),即FTO介導(dǎo)的 的去甲基化導(dǎo)致的mRNA降解。另外,有研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)FTO敲低時(shí), 被認(rèn)為還能促進(jìn)那些含有 mRNA的翻譯效率,但也有一些研究發(fā)現(xiàn)了相反的現(xiàn)象,這一過(guò)程的調(diào)控也有可能是與環(huán)境有關(guān)。
ALKBH5的作用與底物
ALKBH5是第二個(gè)被發(fā)現(xiàn)的m6A去甲基化酶。ALKBH5在小鼠的精子形成中發(fā)揮了作用,ALKBH5和FTO的表達(dá)在不同組織中各異。例如,在小鼠中,Alkhb5主要表達(dá)在睪丸,而Fto主要表達(dá)在大腦,這可能與它們參與的不同生物學(xué)途徑有關(guān)。在人源細(xì)胞系中敲低ALKBH5后,會(huì)誘導(dǎo)其靶RNA從細(xì)胞核轉(zhuǎn)移到細(xì)胞質(zhì)。幾乎所有報(bào)道的ALKBH5功能研究都揭示了類(lèi)似的分子途徑,ALKBH5介導(dǎo)某些轉(zhuǎn)錄本的3'UTR m6A,其中就包括促進(jìn)缺氧誘導(dǎo)的HIF依賴(lài)的乳腺癌干細(xì)胞表型,通過(guò)ALKBH5-FOXM1途徑調(diào)節(jié)的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤增殖和腫瘤發(fā)生,調(diào)控雄性生殖細(xì)胞中長(zhǎng)3'UTR mRNAs的剪接和穩(wěn)定。
結(jié)論與展望
作者在結(jié)論部分中討論了兩個(gè)問(wèn)題,第一個(gè)是m6A的調(diào)控,第二個(gè)是m6A未解決的一些問(wèn)題。
其中m6A的調(diào)控功能可能受幾個(gè)層面的影響,包括以下幾個(gè)方面
第一,m6A的功能取決于細(xì)胞分化和細(xì)胞的發(fā)育狀態(tài)。
第二,m6A的功能可能被環(huán)境因素或細(xì)胞信號(hào)觸發(fā)。
第三,m6A效應(yīng)子的定位也影響了m6A的功能。
第四,即使是同一個(gè)轉(zhuǎn)錄本,m6A精確的定位和其它的修飾也會(huì)影響其功能。
關(guān)于m6A的一些關(guān)鍵問(wèn)題還沒(méi)搞清楚,包括以下幾個(gè)方面:
第一,m6A效應(yīng)子針對(duì)轉(zhuǎn)錄本的選擇性和m6A位點(diǎn)的選擇性是如何實(shí)現(xiàn)的?
第二,m6A效應(yīng)子(包括寫(xiě)入器,擦除器,讀取器)是如何整合到不同的生物信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)與調(diào)控過(guò)程的?
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