GO委員會工具

AmiGO [http://amigo./cgi-bin/amigo/go.cgi]
AmiGO提供檢索和瀏覽GO委員會提供的本體學(xué)(ontology)和注釋(annotation)數(shù)據(jù)。用戶可以通過檢索蛋白獲得相應(yīng)的GO術(shù)語，可以檢索GO術(shù)語得到相應(yīng)的細(xì)節(jié)和相關(guān)的蛋白注釋，AmiGO還提供了BLAST搜索引擎，比對有GO術(shù)語注釋的基因和基因產(chǎn)物的序列。

OBO-Edit [https:///project/ ... up_id=36855&package_id=192411]
OBO-Edit是一個開源的、與平臺無關(guān)的應(yīng)用程序，用于顯示和編輯OBO格式的本體文件.OBO-Edit是基于圖的工具，強調(diào)本體的全部圖結(jié)構(gòu)，給生物學(xué)家提供了一個友好的接口。OBO-Edit是個很好的工具，關(guān)注于相對簡單的門類的相互關(guān)系,有助于本體學(xué)的快速更新。

非GO委員會工具

用于搜索和瀏覽GO的工具：顯示、瀏覽和搜索相應(yīng)的本體和注釋
** CGAP GO Browser [http://cgap.nci./Genes/GOBrowser]
提供瀏覽GO詞匯，可以找人和小鼠基因?qū)?yīng)的GO術(shù)語, 每隔幾個月更新GO的數(shù)據(jù)。

** COBrA [http://www./cobra/]
一個基于Java的本體編輯器，區(qū)別于其它編輯器在于其提供了兩個本體間概念上的連接，以及提供了精細(xì)的分析和驗證功能。除了支持GO和OBO格式之外，COBrA還能導(dǎo)入和導(dǎo)出本體為語義web(Semantic Web)格式如RDF、RDFS、OWL。

** Comparative Toxicogenomics Database [http://ctd./]
CTD是一個公用的數(shù)據(jù)庫，加強了對環(huán)境中化學(xué)物質(zhì)對人類健康的理解，整合了GO數(shù)據(jù)和GO瀏覽器。使得用戶可以理解暴露在化學(xué)物質(zhì)下相關(guān)靶標(biāo)的生物功能、過程和細(xì)胞定位。

** DynGO [http://gauss.dbb./liblab/dyngo.html]
是一個客戶端-服務(wù)器模式的應(yīng)用程序，提供了許多高級的功能，除了標(biāo)準(zhǔn)的瀏覽功能外，DynGO允許用戶批量地檢索一系列基因和基因產(chǎn)物的GO注釋，以及語義檢索一系列基因和基因產(chǎn)物所共有的相似GO注釋，結(jié)果根據(jù)GO的等級顯示為樹狀結(jié)構(gòu)，支持許多動態(tài)顯示的選項如對樹節(jié)點排序或改變樹的方向。對于GO管理者和經(jīng)常使用GO的用戶，DynGO提供了快速和方便的訪問GO注釋數(shù)據(jù)。DynGO廣泛地應(yīng)用到有GO術(shù)語注釋的任意數(shù)據(jù)集。

** EP GO Browser [http://ep./EP/GO/]
EP GO Browser是EBI的Expression Profiler中的一個組件(Expression Profiler是一個工具集，用于聚類、分析和可視化顯示基因表達(dá)和其它基因組數(shù)據(jù))，通過它，你可以搜索GO術(shù)語和識別基因相關(guān)的節(jié)點，以及相應(yīng)的子節(jié)點。

** Gene Class Expression [http://gdm.fmrp./cgi-bin/gc/upload/upload.pl]
Gene Class Expression允許使用GO數(shù)據(jù)庫對SAGE數(shù)據(jù)進(jìn)行功能注釋。這個工具對每一個SAGE標(biāo)簽在GO數(shù)據(jù)庫里進(jìn)行搜索，對選定的GO類別和選定的等級進(jìn)行關(guān)聯(lián)。這個系統(tǒng)對于映射SAGE數(shù)據(jù)到GO結(jié)構(gòu)上提供了用戶友好的數(shù)據(jù)導(dǎo)骯和可視化。還對SAGE標(biāo)簽在每一個GO類別里的百分比提供了圖形可視化以及置信區(qū)間和假設(shè)檢驗。

** GeneInfoViz [http://genenet2./geneinfoviz]
GeneInfoViz是一個基于web的工具，提供批量檢索基因功能信息、可視化GO結(jié)構(gòu)和構(gòu)建基因相關(guān)網(wǎng)絡(luò)。用戶需要提供一個基因列表(格式可為LocusLink ID、UniGeneID、gene symbol、accession number)，結(jié)果返回功能基因組信息?；趯o定基因的GO注釋，GeneInfoViz允許用戶以GO的DAG結(jié)構(gòu)顯示這些基因，以及在選定的DAG水平上構(gòu)建基因相關(guān)網(wǎng)絡(luò)。

** GeneOntology at RZPD [http://www./cgi-bin/asearch/GO/go4rzpd.pl.cgi]
RZPD提供了GO標(biāo)識符和相關(guān)聯(lián)的UniGene ClusterIDs、Genes(Name/Symbol)、Clones的檢索，目前GO注釋關(guān)聯(lián)了人和小鼠的基因/克隆。

** GenNav [http://mor.nlm./perl/gennav.pl]
檢索GO術(shù)語和注釋的基因產(chǎn)物，提供在GO DAG圖中可視化顯示GO術(shù)語。
?
** GOblet [http://goblet.molgen./]
GOblet服務(wù)器考慮了GO術(shù)語，執(zhí)行序列(cDNA，蛋白)分析。如相似性搜索(BLAST),在使用已有的GO注釋構(gòu)建的不同物種的數(shù)據(jù)庫的前提下，服務(wù)器展示了所有匹配的細(xì)節(jié)描述以及基于匹配到的GO術(shù)語構(gòu)建GO概要樹(summary tree)

** GoFish [http://llama.med./Software.html]
GoFish是在線的java程序，也可以下載到本地運行。允許用戶使用GO屬性構(gòu)建任意的布爾檢索，對符合條件的基因產(chǎn)物進(jìn)行排列，GoFish也對每一個基因產(chǎn)物估算其符合布爾查詢的概率

** GONUTS [http://gowiki./]
GONUTS是基于wiki的GO術(shù)語和少量物種基因關(guān)聯(lián)的瀏覽器，wiki接口允許用戶創(chuàng)建和分享每一個GO術(shù)語用法的注解。

** MGI GO Browser [http://www.informatics./searches/GO_form.shtml]
通過MGI GO Browser可以搜索GO術(shù)語和顯示所有小鼠基因注釋到每一個術(shù)語或子術(shù)語。也可以瀏覽本體來觀察術(shù)語之間的關(guān)系、術(shù)語定義、對于給定的術(shù)語和它的子術(shù)語所注釋的小鼠基因數(shù)量。MGI GO Browser直接訪問MGI數(shù)據(jù)庫中的GO數(shù)據(jù)(每晚更新)。

** Ontology Lookup Service [http://www./ontology-lookup/]
OLS整合了公開的可用生物醫(yī)學(xué)本體到單一的數(shù)據(jù)庫。所有修正的本體是每天更新的。一個當(dāng)前加載的本體列表可以在線獲得，這個數(shù)據(jù)庫能夠通過檢索獲得單一術(shù)語的信息或使用AJAX瀏覽完整的本體。自動補齊提供一個用戶友好的搜索機制。一個基于AJAX的本體顯示器可以有效地瀏覽完整的本體或其子集。一個可編程接口可以通用使用SOAP來檢索網(wǎng)絡(luò)服務(wù)。服務(wù)由一個WSDL描述器描述，此文件可在線獲得。一個簡單的java客戶端使用SOAP來連接網(wǎng)絡(luò)服務(wù)，可以從SourceForge上下載到。所有的OLS源代碼是公開的，使用Apache許可證發(fā)布。OLS提供了一個用戶友好的單一入口指向公開可獲得的本體(Open Biomedical Ontology格式)。

** PANDORA [http://www.pandora.cs./]
使用PANDORA可以搜索蛋白的任何非一致集(non-uniform sets)和檢測共享獨特生物屬性的蛋白子集，以及這些集合的交集。PANDORA支持GO注釋和額外的關(guān)鍵字(來自于UniProt Knowledgebase, InterPro, ENZYME,SCOP等等)。PANDORA被整合進(jìn)ProtoNet system，從而允許測試上以萬計的自動產(chǎn)生的蛋白家庭。PANDORA已經(jīng)取代了由同一個團隊開發(fā)的ProtoGO瀏覽器。

** QuickGO at EBI [http://www./ego/]
QuickGO是一個GO瀏覽器，由EBI開發(fā)，是InterPro的一個組件，可以搜索GO術(shù)語來觀察它的相關(guān)節(jié)點和定義，還可以映射到SWISS-PROT關(guān)鍵詞、酶分類，轉(zhuǎn)運分類數(shù)據(jù)庫或者InterPro入口。GO數(shù)據(jù)每日更新。

** TAIR Keyword Browser [http://www./servl ... =new_search&type=keyword]
搜索和瀏覽GO、TAIR解剖(Anatomy)、TAIR發(fā)育階段術(shù)語(developmental stage terms)，允許顯示術(shù)語的細(xì)節(jié)及其相關(guān)的術(shù)語。包括基因、文獻(xiàn)、芯片實驗和相應(yīng)術(shù)語的或子術(shù)語的注釋之間的關(guān)聯(lián)。

** Tk-GO
這個工具是對BDGP的GO::AppHandle庫基本功能的一個GUI包裝。GO術(shù)語在一個explorer-like瀏覽器里展示，程序可以通過修改perl腳本來配置。Tk-GO使用的GO數(shù)據(jù)庫(默認(rèn)直接連接BDGP的數(shù)據(jù)庫)是用戶可以修改的。

注釋工具:使用GO對基因和基因產(chǎn)物注釋的工具

** grofiler [http://biit.cs./gprofiler]
grofiler是一個公用的web服務(wù)器，用于挖掘高通量基因組數(shù)據(jù)。grofiler有一個簡單、用戶友好的網(wǎng)頁接口，對于獲取GO、通路或轉(zhuǎn)錄結(jié)合因子在單個基因水平上的富集等具有強大的可視化功能。除了標(biāo)準(zhǔn)的多重檢驗校正(multiple testing corrections)外，引進(jìn)了一個對復(fù)雜結(jié)構(gòu)(如GO)進(jìn)行多重檢驗的真實效果估算的改良方法。解釋基因列表通過一個高效的算法由同一接口支持。其它實用的數(shù)據(jù)分析通過模塊支持。整合進(jìn)grofiler的模塊有：g:Convert轉(zhuǎn)換不同數(shù)據(jù)庫的ID，g:Orth找尋不同物種的直向同源基因(orthologous genes)，g:Sorter搜索絕大部分的公用基因表達(dá)數(shù)據(jù)找尋共表達(dá)的數(shù)據(jù)。grofiler支持31個不同的物種，數(shù)據(jù)定期從數(shù)據(jù)源(如Ensembl數(shù)據(jù)庫)更新。生物信息學(xué)社區(qū)希望grofiler能支持簡單的文本輸出。
?
** GeneTools [http://www.genetools.microarray./common/intro.php]
GeneTools收集了許多基于web的工具，從許多不同的資源里收集信息，提供可用的基因組分析，兩個主要的工具連接到這一數(shù)據(jù)庫是NMC注釋數(shù)據(jù)庫V2.0和eGOn V2.0。NMC注釋數(shù)據(jù)庫V2.0提供了來自于UniGene、EntrezGene、SwissProt和GO的信息。

** GOanna [http://agbase./GOAnna.html]
使用相似性搜索來找尋蛋白的注釋，輸入可以是一系列的ID或是一系列FASTA格式的序列。如有需要GOanna會檢索序列，并對用戶指定的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行BLAST搜索。結(jié)果包含BLAST搜索到的相似性高的序列的GO注釋和序列比對的結(jié)果。

** GoAnnotator [http://xldb.fc./rebil/tools/goa/]
此工具對從文獻(xiàn)里提取的蛋白GO術(shù)語注釋進(jìn)行驗證。

** GOCat:Gene Ontology Categorizer? [http://eagl./GOCat/]
GOCat是一個自動的文本分類器，此工具歸類任意的輸入文本(幾個詞，一篇摘要，一系列的PubMed識別符等等)到GO分類。這個系統(tǒng)目標(biāo)在于通過文本挖掘方法方便對基因和基因產(chǎn)物進(jìn)行功能注釋。對于每一個的預(yù)測類別，提供一個置信打分和一段抽取于輸入文本的簡短文本。

** GoFigure [http://udgenome.ags./gofigure/]
對未知的檢索序列通過BLAST來識別其同源的注釋，以此來預(yù)測其GO注釋。DNA或蛋白質(zhì)序列都允許提交，多重的檢索可以通過提交包含F(xiàn)ASTA格式的文件來完成。檢索到的結(jié)果通過email返回給用戶，結(jié)果顯示為圖或者是tab分割的文件。結(jié)果可以通過tar打包文件下載。

** GoPubMed [http:///]
GoPubMed是一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，允許用戶結(jié)合GO探索PubMed搜索結(jié)果，GoPubMed提交用戶的關(guān)鍵字到PubMed，檢索摘要，檢測摘要中的GO術(shù)語，顯示與最初檢索結(jié)果相關(guān)的GO子集，允許用戶通過語義瀏覽和顯示相應(yīng)的文獻(xiàn)和它們的GO注釋。

** GOtcha [http://www.compbio./Software/GOtcha/gotcha.html]
GOtcha提供了對于給定的檢索序列相關(guān)GO術(shù)語的預(yù)測。每一個術(shù)語相對于引用搜索是分?jǐn)?shù)獨立(scored independently)和分?jǐn)?shù)校準(zhǔn)(scores calibrated)的，以便給出正確性的準(zhǔn)確百分比可能性(to give an accurate percentage likelihood of correctness)。

** HT-GO-FAT:High Throughput Gene Ontology Functional Annotation Toolkit [http://liru.ars./ht-go-fat.htm]
HT-GO-FAT允許高通量映射未知或其它基因序列如ESTs、mRNA、蛋白數(shù)據(jù)到GO注釋、EC numbers、KEGG通路。它使用序列相似性和結(jié)構(gòu)域匹配。此工具使用自定義的校正數(shù)據(jù)庫以及擁有諸如窗口局域網(wǎng)分布式BLAST(windows LAN distributed BLAST)，能夠通過窗口局域網(wǎng)分布高通量的BLAST搜索。HT-GO-FAT還擁有高通量的BLAST輸出觀察器，以及能對匹配度高或人工校正的數(shù)據(jù)導(dǎo)出為許多的文件格式。數(shù)據(jù)能導(dǎo)出為AmiGO相關(guān)的文件，通路圖會高亮顯示用戶數(shù)據(jù)集中的酶/基因。
???
** InGOt (商業(yè)軟件) [http://www./ingot/]
InGOt是Inpharmatica的新模塊系統(tǒng)中的一個模塊。這個系統(tǒng)用于蛋白注釋，是一個應(yīng)用GO到所有蛋白的一個商業(yè)系統(tǒng)。它提供一個無與倫比的資源來闡釋蛋白功能：它的圖形用戶界面讓你輕松地從各個鏈接中跳轉(zhuǎn)，從匯總數(shù)據(jù)到分層語境(hierachical context)和文獻(xiàn)/證據(jù)(literature/evidence)。InGOt擁有比公開資源更為豐富的序列和最廣泛的GO關(guān)聯(lián)資源。InGOt可以和其它模塊整合，如Domain Professor用于蛋白結(jié)構(gòu)域的細(xì)節(jié)注釋和Blu-Chip用于即時和準(zhǔn)確的探測蛋白賦值(protein assignments)。

** InterProScan [http://www./InterProScan/]
蛋白結(jié)構(gòu)域和功能位點數(shù)據(jù)庫對于蛋白功能的預(yù)測是一個關(guān)鍵的資源。十年來，許多標(biāo)識識別(signature-recognition)方法逐步形成來解決不同序列分析問題。產(chǎn)生不同和獨立的數(shù)據(jù)庫。由于強調(diào)不同的分析方法，這些資源有著各自不同的優(yōu)點和缺點，各自有著不同的最優(yōu)應(yīng)用。從而，為了得到最好的結(jié)果，搜索策略必須完美地結(jié)合所有的資源。InterProScan是一個基于Perl的程序，它能夠結(jié)合不同的蛋白標(biāo)識識別方法到一個資源上。

** JAFA:Joint Assembly of Functional Annotations [http://jafa./]
JAFA接收蛋白序列，提交它到數(shù)個功能預(yù)測程序，并將預(yù)測結(jié)果聚集到一個單一的、易讀的、基于GO術(shù)語的文件，用戶可以點擊各個服務(wù)器、AmiGO和QuickGO。JAFA還提供包含所有結(jié)果的XML文件下載。

** Manatee [http://manatee./]
Manatee是基于web的基因評估和基因組注釋工具，Manatee能夠存儲和顯示原核和真核基因組注釋。Manatee界面允許生物學(xué)家快速識別基因以及對其進(jìn)行高質(zhì)量的功能賦值(諸如GO分類，使用搜索數(shù)據(jù)，paralogous家族和由自動分析所產(chǎn)生的注釋)，Manatee能夠下載和安裝，運行于CGI網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，比如Apache。

** PubSearch [http:///]
PubSearch是基于web的文本管理工具，允許管理者搜索和注釋基因到文獻(xiàn)的關(guān)鍵字。它的后端有一個簡單的mySQL數(shù)據(jù)庫，PubSearch使用一系列Java伺服小程式和JSPs來完成檢索、修改、增加基因、基因注釋和文獻(xiàn)信息。此工具可以從GMOD上下載到。

用于基因表達(dá)/芯片分析的工具

** Avadis - gene expression analysis with GO browser (商業(yè)軟件) [http://avadis./]
Avadis是基因表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)分析和可視化工具，內(nèi)置一個顯示GO等層的瀏覽器，許多基因有共同的本體途徑(common ontology paths)，對基因表達(dá)聚類可以通過GO語義進(jìn)行聚類以識別功能標(biāo)識(functional signatures)

** BiNGO [http://www.psb./cbd/papers/BiNGO/]
開源的java工具，在一個基因集合里確定那個GO類別是統(tǒng)計上過表達(dá)(over-represented)的。BinGO以Cytoscape的插件實現(xiàn)，Cytoscape是分子相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)整合和可視化的軟件平臺。BinGO映射給定基因集的主要功能主題到GO等級上，并輸出這一映射為Cytoscape圖。

** CLENCH:CLuster ENriCHment [http://www.personal./faculty/n/h/nhs109/Clench/]
CLENCH允許擬南芥(A. Thaliana)研究者從TAIR上執(zhí)行自動的GO注釋檢索并計算給定的基因集(相對于參考集)的GO術(shù)語富集。在計算富集之前，CLENCH允許把返回的注釋映射到GO slim術(shù)語表(能夠被用戶編輯)和本地安裝的GO上的任何粗糙水平，

** DAVIDatabase for Annotation, Visualization and Integrated Discovery [http://david.abcc./]
基于web的工具，提供由高通量技術(shù)產(chǎn)生的基因組水平數(shù)據(jù)集(諸如表達(dá)譜和蛋白組平臺)的注釋和分析的整合解決方案。分析結(jié)果和圖形顯示保留動態(tài)鏈接到主要的數(shù)據(jù)庫和外部數(shù)據(jù)倉庫，從深度和廣度上覆蓋數(shù)據(jù)。DAVID為數(shù)據(jù)收集到生物意義的轉(zhuǎn)變提供便利，加速了基因組水平數(shù)據(jù)的分析。

** EASE [http://david.niaid./david/ease.htm]
EASE對于一個給定的基因列表概述主要的生物學(xué)主題。給定的基因列表來自于表達(dá)譜或其它的基因組水平實驗，EASE能夠快速計算相對于數(shù)據(jù)集里所有基因每一個統(tǒng)計上可能的過表達(dá)GO術(shù)語。

** eGOn v2.0:explore Gene Ontology [http://www./]
基于web的工具，映射表達(dá)譜數(shù)據(jù)到GO結(jié)構(gòu)上。多個的輸入文件能夠同時分析以比較兩個或多個實驗的注釋基因的分布。
eGOn V2.0的核心特性：
.可視化：基因注釋以GO DAG可視化顯示或以表格的形式顯示，GO DAG的尺寸能夠由用戶自由定義。
.過濾：GO注釋能夠基于evidence codes進(jìn)行過濾。
.包含用戶定義的GO注釋：事先加入到NMC注釋數(shù)據(jù)庫中。
.統(tǒng)計分析：多個基因列表能夠同時分析以比較GO等級上注釋基因的分布，統(tǒng)計測驗設(shè)計成允許用戶在兩個基因列表之內(nèi)或之間計算GO注釋的不同(dissimilarities)。
.連接注釋數(shù)據(jù)庫：連接到NMC注釋數(shù)據(jù)庫，基因和蛋白的信息直接由GO DAG或?qū)С龅臄?shù)據(jù)提供。
.導(dǎo)出：GO DAG信息、統(tǒng)計結(jié)果、基因和蛋白信息能夠?qū)С鰹镋xcel、text、XML格式。

** ermineJ [http://bioinformatics./ermineJ]
分析表達(dá)數(shù)據(jù)中的基因集(用戶定義或通過GO術(shù)語定義)的工具。這個軟件設(shè)計為給只有很少或沒有信息學(xué)背景的生物學(xué)家使用。為想使用ermineJ腳本的用戶提供一個命令行接口。實現(xiàn)了多個不同的對基因集的打分方法，不是簡單地集中于依賴過分表達(dá)(over-representaion)方法上。

** FatiGO [http://www./]
FatiGO對給定的基因集，以代表性的功能信息(低表達(dá)或過表達(dá)GO術(shù)語)對其賦值。通過多重檢驗糾正(multiple-testing correction)得到統(tǒng)計顯著性。FatiGO被設(shè)計成在DNA芯片數(shù)據(jù)分析的上下文里進(jìn)行功能注釋，F(xiàn)atiGO鏈接到基因表達(dá)模式分析套件(Gene Expression Pattern Analysis Suite)里。FatiGO使用主要的基因組和蛋白組數(shù)據(jù)庫(GeneBank, UniProt, Unigene, Ensembl,etc)的基因IDs。FatiGO適用于任何類型的大規(guī)模實驗進(jìn)行功能注釋。

** FIVA:Functional Information Viewer and Analyzer [http://bioinformatics.biol./standalone/fiva/]
FIVA協(xié)助原核生物社區(qū)的研究者進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析時快速識別相關(guān)生物過程。此軟件分析大量基因的功能譜并對影響的生物過程產(chǎn)生一個綜合的概述

** FuncAssociate [http://llama.med./cgi/func/funcassociate]
FuncAssociate是一個基于web的工具，接受一個基因列表作為輸入，并返回輸入列表中過表達(dá)或低表達(dá)(over- or under-represented)的GO屬性。經(jīng)過多重假設(shè)檢驗后只有那些統(tǒng)計上具有顯著性的過表達(dá)或低表達(dá)的屬性才會被報道。目前有10個物種被支持。除了輸入基因列表外，用戶還可以指定a)這一列表是否被認(rèn)為是排序還是亂序的。b)FuncAssociate所認(rèn)為的總基因(the universe of genes)。c)單獨報道過表達(dá)或低表達(dá)的屬性，還是兩者都報道。d)p-value cutoff值。
新版的FuncAssociate(還處于測試階段)支持更廣泛的基因命名方案，并使用更為頻繁更新的GO相關(guān)文件(GO associations)，然而原來版本的一些特性諸如按LOD排序或查看基因?qū)傩员砀竦倪x項還沒有實現(xiàn)。

** FuncExpression [http://www./funcexpression.php]
FuncExpression是一個基于web的資源，對大規(guī)模的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行功能解析。FuncExpression能對植物、動物和真菌的基因列表(從基因組和蛋白組實驗中產(chǎn)生)進(jìn)行功能比較。多個的基因列表能夠被分類、比較和可視化顯示。FuncExpression支持雙通道整合(two way-integration)植物功能信息和基因表達(dá)數(shù)據(jù)，這使得后續(xù)的交叉驗證(cross-validation)成為可能，交叉驗證使用BarleyBase相關(guān)實驗獲得的植物芯片數(shù)據(jù)。

** FunCluster:FunCluster, Functinal Profiling of Microarray Expression Data [http://corneliu./FunCluster.htm]
FunCluster是一個基因組數(shù)據(jù)分析工具，設(shè)計成對cDNA芯片實驗產(chǎn)生的基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行功能分析。除了自動對基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行功能注釋外，F(xiàn)unCluster通過特定設(shè)計的共棸類對涉及到的生物注釋和基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行功能分析，能夠檢測出共調(diào)控的生物過程(注釋基因組主題所展示)。FuncCluster的功能分析依賴于GO和KEGG注釋，并且只支持三個物種：人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculu)和釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。

** FunNet:Functional Analysis of Transcriptional Networks [http://www./]
FunNet設(shè)計為一個分析基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(由芯片表達(dá)數(shù)據(jù)所構(gòu)建)的整合工具，此工具的分析模塊的實現(xiàn)涉及到兩個抽像層：轉(zhuǎn)錄(如基因表達(dá)譜)和功能(如轉(zhuǎn)錄分析所顯現(xiàn)的生物學(xué)主題)。依賴于GO和KEGG注釋的功能分析技術(shù)，應(yīng)用于從基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)中抽提一系列相關(guān)生物學(xué)主題。多重情況表達(dá)(multiple-instance representations)用來關(guān)聯(lián)注釋轉(zhuǎn)錄本和相關(guān)的生物學(xué)主題。一個原創(chuàng)(original)的非線性動態(tài)模型被用來量化相關(guān)基因組主題(genomic themes)上下文的接近度，這一量化基于在基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(如在注釋主題中捕獲轉(zhuǎn)錄本的相似的表達(dá)譜)中基因組主題的增殖模型(patterns of propagation)。最后，一個非監(jiān)督的多重情況光譜聚類過程(an unsupervised multiple-instance spectral clustering procedure)被用來探索共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的模塊結(jié)構(gòu)，這是通過聚集共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)所顯示出來的顯著性相互關(guān)系的生物主題來實現(xiàn)的。提供了共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的功能、轉(zhuǎn)錄表達(dá)、相關(guān)的轉(zhuǎn)錄和基因組主題的上下文詳細(xì)信息。
FunNet提供了基于web的工具以及作為一個標(biāo)準(zhǔn)的R包。標(biāo)準(zhǔn)R實現(xiàn)能夠運行在任何能運行R環(huán)境的操作系統(tǒng)(windows, Mac OS, 各種Linxu和Unix)上，能夠從FunNet網(wǎng)站或者從CRAN的鏡像站上下載到。兩種實現(xiàn)的FunNet都是使用GPL2.0發(fā)布的。

** G-SESAME [http://bioinformatics./G-SESAME/]
G-SESAME包含了一系列工具，分別是：
1.衡量GO術(shù)語語義相似性的工具。
2.衡量基因功能相似性的工具。
3.基于GO術(shù)語注釋信息聚類基因的工具。

** GARBAN [http://www./garban/home.php]
GARBAN是對cDNA芯片和蛋白質(zhì)組技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和快速功能注釋的工具，GARBAN實現(xiàn)為生物信息學(xué)工具，以快速比較、分類和圖形展示各種數(shù)據(jù)集(genes/ESTs或proteins)，目的在于為病理和藥學(xué)研究中識別分子標(biāo)記(molecular markers)提供便利。GARBAN鏈接到主要的基因組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(Ensembl, GeneBank, UniProt Knowledgebase, InterPro,etc.)并遵循GO委員會的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行語義分類。代碼是共享的: e-mailgarban@ceit.es

** GENECODIS [http://genecodis.dacya./]
GENECODIS是一個基于web的對基因列表進(jìn)行功能分析的工具，它整合了不同的信息資源來搜索最頻繁的共存在基因集的注釋，并通過統(tǒng)計顯著性排列它們。注釋分析來自于不同的數(shù)據(jù)庫如GO,KEGG或SwissProt。

** GeneMerge [http://www.oeb./hartl ... erge/GeneMerge.html]
GeneMerge對于一個給定的基因集返回功能基因組信息，并提供此基因集里過表達(dá)的特定功能或分類的統(tǒng)計秩值(statistical rank scores)。展示了所有的GO類別和功能基因組數(shù)據(jù)。

** GFINDer: Genome Function INtegrated Discoverer [http://www.medinfopoli./GFINDer/]
GFINDer是一個多重數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)(multi-database system)提供了大規(guī)模的用戶分類的序列標(biāo)識列表和基因組生物學(xué)信息以及列表中不同基因類別的特征生物學(xué)功能譜。GFINDer自動從不同的資源檢索更新功能分類的注釋信息，識別用戶分類的基因列表中每個分類的富集類別。并計算每一個類別的統(tǒng)計顯著性。而且，GFINDer能夠根據(jù)挖掘的功能類別對基因進(jìn)行功能分類并且對這些分類進(jìn)行統(tǒng)計分析，使得能夠更好地解釋芯片實驗結(jié)果。

** GOALIE: Generalized Ontological Algorithmic Logical Invariants Extractor [http://bioinformatics./Projects/GOALIE/]
GOALIE是用來構(gòu)建時間序列依賴富集的工具，需要ODBC連接到GO數(shù)據(jù)庫。

** GOArray [http://ycmi.med./gomine]
GOArray是一個Perl程序，輸入一系列基因注釋為“感興趣(of interest)”(GOI)或者不感興趣，并確定相關(guān)的GO術(shù)語對于GOI是否過表達(dá)。一個置換檢驗(permutation test)是可選的，用來評估結(jié)果的可靠性。輸出包括了多個可視化圖和補充信息以及進(jìn)一步的參考，還有對所使用的統(tǒng)計方法的概述。

** GOdist [http://basalganglia./links.htm]
GOdist是一個Matlab程序，用于分析Affymetrix芯片表達(dá)數(shù)據(jù)，實現(xiàn)了Kolmogorov-Smirnov(KS)連續(xù)統(tǒng)計方法。還引入一個兩側(cè)超幾何分布(two-tailed hypergeometric distribution)使用Fisher exact檢驗實現(xiàn)了離散方法。GOdist能夠檢測出芯片基因相關(guān)的GO術(shù)語相對于不同總體的差別，總體可是是全局芯片總體、分析的GO術(shù)語的直接父節(jié)點或全局父節(jié)點。

** GOHyperGAll [http://faculty./~tgirke/D ... oCondManual.html#go]
檢驗樣本總體基因得到過表達(dá)的GO術(shù)語，R/BioC函數(shù)GOHyperGAll對所有的GO節(jié)點進(jìn)行超幾何分布檢驗計算并返回相應(yīng)的P值，后續(xù)的過濾函數(shù)使用默認(rèn)的或自定義的GO Slim類別執(zhí)行GO Slim分析，使用此工具必須有基本的R和BioConductor知識。

** GoMiner and MatchMiner [http://discover.nci./gominer/htgm.jsp]
High-Throughput GoMiner是一個工業(yè)級別的整合GO工具，用于解析多芯片實驗。GOMiner是基于Java的程序包，對感興趣的基因(如芯片實驗里上調(diào)或下調(diào)基因)在GO的上下文里進(jìn)行生物學(xué)解析。GoMiner提供定量和統(tǒng)計的輸出文件和兩個有用的可視化文件：(i)樹狀結(jié)構(gòu)類似于AmiGO瀏覽器里所顯示的(ii)一個壓縮的，動態(tài)交互的DAG。GoMiner所展示的基因鏈接到主要的公開生物信息學(xué)資源。一個陪伴工具(companion)MatchMiner用于做前處理，為GoMiner或其它的GO工具的輸入獲取基因名稱，提供了一個自動化腳本以便于安裝本地化的數(shù)據(jù)庫。

** GOstat [http://gostat./]
GOstat是一個易于使用的web工具，用于確定基因列表中過表達(dá)或低表達(dá)的GO類別的統(tǒng)計顯著性。數(shù)據(jù)每月更新。

** GoSurfer [http://biosun1./complab/gosurfer/]
GoSurfer在分析基因集(來自于基因組范圍的計算、芯片分析或其它相應(yīng)的高端方法)時使用GO信息，GoSurfer包含了嚴(yán)格的統(tǒng)計檢驗，交互的圖形和自動更新注釋信息(基因標(biāo)識符(UniGene,LocusLink)或Affymetrix探針集)。

** GO Term Finder [http://search./dist/GO-TermFinder/]
GO Term Finder對給定基因列表的基因產(chǎn)物的GO術(shù)語或其父節(jié)點作顯著性的分析。Saccharomyces Genome Database 實現(xiàn)了一個基于web的GO Term Finder用于為出芽酵母基因產(chǎn)物搜索注釋。一個通用的GO Term Finder由Standford Microarray Database創(chuàng)建，可以從CPAN下載到。這個代碼被普林斯頓基因組研究組(Princeton genomics group)用于創(chuàng)建基于web的通用GO Term Finder，通過該web工具提供了分析GO站點上所公開的有GO注釋的任何種屬(包括人)的基因。

** GOTM:Gene Ontology Tree Machine [http://bioinfo./gotm/]
GOTM是一個基于web的工具，基于GO等級結(jié)構(gòu)分析和顯示感興趣的基因集。這個工具提供了用戶友好的數(shù)據(jù)導(dǎo)航和可視化。產(chǎn)生可擴展的樹用于瀏覽GO等級結(jié)構(gòu)，以HTML的形式生成固定的樹用于對不同注釋水平進(jìn)行歸檔并生成柱狀圖，GOTM提供統(tǒng)計分析以顯示GO類別和相對富集的基因數(shù)目以及暗示(suggest)了進(jìn)一步研究的生物領(lǐng)域。富集的GO類別能夠以子樹或DAGs的形式展示。基因的子集能夠檢索GO術(shù)語或進(jìn)行關(guān)鍵字搜索。每一個基因的細(xì)節(jié)信息能夠直接從GeneKeyDB里檢索到。

** GOToolBox [http://gin./GOToolBox/]
GOToolBox是一系列基于web的程序，允許從一個基因集(相對于被檢索的參考基因集)識別統(tǒng)計上過表達(dá)或低表達(dá)的術(shù)語、基因集里對功能相關(guān)的基因進(jìn)行聚類和檢索基因集里共享的注釋。GO注釋能夠限制在GO slim等級上或者是給定的GO術(shù)語水平上，而且術(shù)語可以使用evidence codes進(jìn)行過濾。GO和基因關(guān)聯(lián)文件每月更新。

** L2L [http://depts./l2l/]
L2L是一個簡單但功能強大的工具，用于發(fā)現(xiàn)芯片數(shù)據(jù)中隱藏的生物學(xué)顯著性，通過易于使用的web界面，L2L挖掘GO術(shù)語顯著富集的上調(diào)或下調(diào)的基因，L2L還將基因列表與數(shù)據(jù)庫中上以千計的芯片實驗作比較，以識別共有的基因調(diào)控模式。此工具可以下載到一個命令行的版本，可以自定義運行或者批量分析。

** Machaon Clustering and Validation Environment [https://www.cs./Nadia.Bolshakova/Machaon.html]
Machaon Clustering and Validation Environment是一個聚類驗證的工具，將樣本或基因按相似的基因表達(dá)模式進(jìn)行分類并評估聚類的質(zhì)量。在基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析中GO術(shù)語用于衡量基因間的相似性(生物學(xué)距離)以支持生物醫(yī)學(xué)知識發(fā)現(xiàn)(biomedical knowledge discovery)。

** MAPPFinder [http://www./MAPPFinder.html]
MAPPFinder是GenMAPP的輔助程序。這個程序允許用戶檢索任何存在的，相對于GO基因相關(guān)和GenMAPP芯片通路譜(MAPPs, microarray pathway profiles)的表達(dá)譜數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)。分析產(chǎn)生的結(jié)果能夠通過選擇感興趣的術(shù)語或MAPPs直接以GO等級或在GenMAPP中展示出來。

** Onto-Compare [http://vortex.cs./projects.htm#Onto-Compare]
Onto-Compare是一個基于web的工具，可以基于GO對商業(yè)芯片進(jìn)行比較。Onto-Compare允許用戶對每一個芯片做功能偏好性評估并確定對于某個特定生物學(xué)現(xiàn)象(由GO術(shù)語描述)最好的芯片。

** Onto-Design [http://vortex.cs./projects.htm#Onto-Design]
Onto-Design允許用戶設(shè)計定制芯片，通過選擇一系列UniGene cluster IDs，這些IDs代表了一個給定的生物過程子集(使用GO術(shù)語描述)。

** Onto-Express [http://vortex.cs./projects.htm#Onto-Express]
Onto-Express搜索公共數(shù)據(jù)庫并返回一系列表格，包換相關(guān)表達(dá)譜、基因細(xì)胞發(fā)生定位(cytogenetic gene locations)、生物醫(yī)學(xué)和分子功能、生物過程、細(xì)胞組分和翻譯的蛋白的細(xì)胞功能。

** Onto-Miner [http://vortex.cs./projects.htm#Onto-Miner]
Onto-Miner允許用戶通過clone ID, UniGene gene symbol, LocusLink ID, accession number等搜索不同的公開生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫，允許使用基因列表進(jìn)行批量檢索。第三方開發(fā)者可以把這個站點作為資源，提供對于任意的基因列表的詳細(xì)基因信息。

?? * Onto-Translate [http://vortex.cs./projects.htm#Onto-Translate]
Onto-Translate是基于web的工具，允許用戶對下列ID進(jìn)行快速轉(zhuǎn)換：accessions IDs, Unigene cluster IDs 和Affymetrix probe IDs。Onto-Translate使用不同的數(shù)據(jù)庫并降低任意基因列表的冗余，幫助識別相同的信息。

** OntoGate [http:///ontogate/]
OntoGate提供使用GO術(shù)語和與GO術(shù)語相關(guān)的外部數(shù)據(jù)庫進(jìn)入GenomeMatrix(GM)的入口，以找尋GM中不同物種的基因，這些基因能到映射到GO術(shù)語上。OntoGate包含了對相應(yīng)注釋基因的氨基酸序列進(jìn)行BLAST搜索。

** Ontologizer [http://www./ch/medgen/ontologizer/]
Ontologizer能夠?qū)σ唤M或多組基因或基因產(chǎn)物產(chǎn)生相應(yīng) 的GO注釋，并根據(jù)每一個聚類的使用頻率進(jìn)行排列，以HTML或XML格式顯示。如果提供了總體的數(shù)據(jù)集，程序會對每一個GO術(shù)語執(zhí)行過表達(dá)的統(tǒng)計分析。產(chǎn)生“Dot'(GraphViz)文件對過表達(dá)的GO術(shù)語提供圖形化概述。提供了每一個基因的詳細(xì)列表。

** Ontology Traverser [http://franklin.imgen.c.ed ... e=OntologyTraverser]
Ontology Traverser是芯片基因列表富集工具，此工具為一些cDNA芯片和相對于芯片類型所使用的所有探針/克隆集列表提供了簡單的上傳格式，接收AffyIDs和NIAIDs。支持許多報告格式：flat html,flat tsv, xml和展示GO結(jié)構(gòu)的動態(tài)可點擊HTML。對每一個GO節(jié)點報告不同的統(tǒng)計/結(jié)果:列表fq, 芯片fq, fold change,? Fisher's exact test P值和基因的映射到的節(jié)點或子節(jié)點的標(biāo)識。

** Probe Explorer [http://probeexplorer./]
Probe Explorer是一個開放使用的基于web的生物信息學(xué)程序，顯示芯片寡核苷酸探針和在基因組上下文中的轉(zhuǎn)錄本的關(guān)聯(lián)，此軟件很靈活，可以簡單地作為基因組和轉(zhuǎn)錄組的瀏覽器。提供了15種后生動物(metazoa)和兩種酵母提供基因組實體(genomic entities)(位點, 外顯子, 轉(zhuǎn)錄本)的序列和對等物包括矢量圖輸出。序列比對工具用來建立Affymetrix芯片探針序列和轉(zhuǎn)錄組(人，小鼠，大鼠和酵母)之間的關(guān)聯(lián)。提供使用任何的DNA或蛋白序列進(jìn)行關(guān)鍵字搜索、用戶搜索和在基因組上進(jìn)行比對。

** ProfCom: ProfCom, Profiling of Complex Functionality [http://webclu.bio.wzw./profcom/]
ProfCom是基于web的工具，用于對實驗相關(guān)的基因列表進(jìn)行功能解釋。使得ProfCom成為獨特工具的一個特征是除了GO術(shù)語外還可以使用復(fù)雜函數(shù)(complex function)進(jìn)行富集分析。復(fù)雜函數(shù)由可用的GO術(shù)語的布爾組合構(gòu)建。ProfCom對復(fù)雜函數(shù)作推斷能夠更加特異地比較單個的術(shù)語并更為準(zhǔn)確地描述基因的功能。

** SeqExpress [http://www./]
SeqExpress是一個綜合的分析和可視化軟件包，用于基因表達(dá)實驗。組合了特定開發(fā)的技術(shù)和通用的統(tǒng)計學(xué)方法，GO被用來對聚類的功能富集進(jìn)行打分。這些結(jié)果能夠在內(nèi)嵌的瀏覽工具或通過通過網(wǎng)頁進(jìn)行瀏覽。SeqExpress還支持許多數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換，投影(projection)，可視化顯示，文件輸入/輸出，搜索，與R整合，和聚類等選項。

** SerbGO [http://estbioinfo.stat./apli/serbgo/]
SerbGO是基于web的工具，幫助研究者確定那一個基因芯片分析工具、GO語義分析工具適合他們的項目。SerbGO是一個雙向(bidirectional)程序。用戶能通過檢索表單索要感興趣的工具的特性，用戶還能比較每一個工具所實現(xiàn)的特性。

** SOURCE [http://source./]
SOURCE編輯來自多個公開訪問的數(shù)據(jù)庫(包括UniGene, dbEST, UniProt Knowledgebase, GeneMap99, RHdb, GeneCards和LocusLink)的信息，SOURCE使用的GO術(shù)語與LocusLink相關(guān)。

** Spotfire Gene Ontology Advantage Application (商業(yè)軟件) [http://www./services/advantage.asp]
Spotfire Gene Ontology Advantage Application整合GO注釋和基因表達(dá)分析。研究者在DecisionSite里可視化地選擇一個子集的基因，軟件展示了基因的GO等級分布。類似地，在GO等級里選擇任何的過程、功能或細(xì)胞定位可以在DecisionSite里可視化地顯示其相應(yīng)的基因。

** STEM: Short Time-series Expression Miner [http://www.cs./~jernst/stem/]
STEM是一個Java程序，用于聚類、比較和可視化短時間序列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)(少于或等于8個時間點)。STEM允許研究者識別顯著性的時間表達(dá)譜和與這些表達(dá)譜相關(guān)的基因，并比較不同條件下這些基因的行為。STEM完整地整合了GO數(shù)據(jù)庫，并支持對具有相同的時間表達(dá)譜的基因集做GO類別富集分析。STEM還支持對特定GO類別的基因行為進(jìn)行簡易的識別和可視化，識別在這些基因中那些時間表達(dá)譜被富集。

** T-Profiler [http://www./]
T-Profiler使用t檢驗對預(yù)定義的基因集的平均活性改變進(jìn)行打分。基因集分別基于GO類別、ChIP-chip實驗、上游與相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合模體匹配、在相同染色體上的定位進(jìn)行定義。一個大折刀(jack-knife)過程使得計算比其它軟件要更為穩(wěn)健。T-Profiler使得對芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行解析以直觀和嚴(yán)格統(tǒng)計成為可能，而不需要結(jié)合實驗或者選擇參數(shù)。

** THEA:Tools for High-throughput Experiments Analysis [http://thea./index-en.html]
THEA是一個整合的信息處理系統(tǒng)，用于分析后基因組數(shù)據(jù)?？梢宰詣踊M(jìn)行數(shù)據(jù)(由通過選擇的生物學(xué)信息包括GO進(jìn)行分類)注釋。用戶可以對這些注釋手動搜索和瀏覽，或根據(jù)統(tǒng)計標(biāo)準(zhǔn)(數(shù)據(jù)挖掘)產(chǎn)生有意義的概述。

其它工具

** APID：Agile Protein Interaction Data Analyzer? [http://bioinfow.dep./apid/index.htm]
APID是一個交互的生物信息學(xué)web工具，在一個統(tǒng)一的和比較性的主要平臺，用于整合和分析，目前已知的信息是由特定的小規(guī)?；虼笠?guī)模的實驗方法所展示的蛋白質(zhì)相互作用。目前，此應(yīng)用程序包含來自于5個主要數(shù)據(jù)庫資源的信息，裝入于單一服務(wù)器以探索4萬個不同蛋白和接近于15萬已證實的不同相互作用。網(wǎng)站包含搜索工具以檢索和瀏覽數(shù)據(jù)，允許通過計算的參數(shù)選擇相互作用對，這些參數(shù)衡量每一個特定的蛋白相互作用的可靠性。蛋白的參數(shù)是連通性、聚類系數(shù)、GO功能環(huán)境、GO環(huán)境富集;相互作用方式的數(shù)目、GO重疊(GO overlapping)、iPfam結(jié)構(gòu)域-結(jié)構(gòu)域相互作用。APID同樣包含了一個圖形互動的工具用來顯示選擇的子網(wǎng)或者整個網(wǎng)絡(luò)以及對其導(dǎo)航。

** Blast2GO [http://www./]
B2G基于GO注釋和功能分析進(jìn)行相似性搜索。B2G對基因功能信息可能性提供直接的統(tǒng)計分析并在GO有向非循環(huán)圖中高亮顯示相應(yīng)的功能特性。而且B2G包含了不同的統(tǒng)計圖表概述了包括BLASTing、GO映射、注釋和富集分析(Fisher's Exact Test)。所有的分析過程是可配置的以及支持在任何分析階段進(jìn)行數(shù)據(jù)的輸入和輸出。這一程序同樣接受已存在的BLAST或注釋文件并將它們加入到后續(xù)的分析中。這個工具還提供了非常合適的平臺來進(jìn)行非模式生物的高通量功能基因組研究。B2G是一個不依賴于物種、直觀和互動的桌面程序，允許監(jiān)示和理解整個注釋和分析過程，分析過程支持附加的特性如GO Slim整合，考慮evidence code(EC)，批量模式或GO多水平餅圖。

** Db for Dummies! [http://www./go.asp]
DBD是一個小數(shù)據(jù)庫，導(dǎo)入GO Slim，它允許數(shù)據(jù)以樹的形式顯示。

** Flash GViewer [http://www./flashgviewer/]
Fash GViewer是一定制的Flash電影能夠輕易地被嵌入到網(wǎng)頁以顯示染色體上單獨特性的位點。它試圖提供特定特征集(如基因相關(guān)的特定GO術(shù)語等)的基因組位點的概述，而不是顯示基因組的特性。特性能超鏈接到外部的網(wǎng)頁以獲得細(xì)節(jié)信息，使得GView能夠作為一個導(dǎo)航工具。提供了大鼠、小鼠、人和線蟲的基因組圖譜(其它的基因組圖譜也能夠創(chuàng)建)。注釋數(shù)據(jù)以靜態(tài)的文本文件提供或者通過服務(wù)器端的腳本產(chǎn)生XML文件。
這個工具不是GO特異的，但是設(shè)計成可以顯示GO注釋數(shù)據(jù)。

** FunSpec [http://funspec.med./]
FunSpec是一個基于web的工具，對基因和蛋白集(如共調(diào)控基因、蛋白復(fù)合體、基因相互作用)基于已存在的注釋包括GO術(shù)語進(jìn)行統(tǒng)計評估。

** FuSSiMeG:Functional Semantic Similarity Measure between Gene Products [http://xldb.di.fc./rebil/ssm/]
能夠通過比較基因注釋中GO術(shù)語間的語義相似性來衡量基因產(chǎn)物間的功能相似性。還可以對任意GO術(shù)語進(jìn)行語義相似性評估。

** Generic GO Term Mapper [http://go./cgi-bin/GOTermMapper]
Generic GO Term Mapper映射基因列表中的粒狀GO注釋(granular GO annotations)到更為廣泛、更高水平的GO父節(jié)點術(shù)語(有時候索引到GO Slim術(shù)語上)，允許把基因歸到更大的類別里。

** Genes2Diseases [http://www.bork./g2d/]
Gene2Disease是一個映射到人類遺傳疾病的候選基因的數(shù)據(jù)庫。通過使用分析相關(guān)的表型特征和生化實體(chemical objects)、從生化實體到GO蛋白功能術(shù)語以及基于MEDLINE和RefSeq數(shù)據(jù)庫產(chǎn)生了本數(shù)據(jù)庫。能夠用來顯示特定遺傳疾病相關(guān)的所有GO術(shù)語。

** GO Slim Mapper [http://db./cgi-bin/GO/goTermMapper]
GO Slim Mapper用來注釋出芽酵母基因產(chǎn)物，使用SGD GO Slim集，映射特定的粒狀GO術(shù)語(granular GO terms)到相應(yīng)的更為通用的GO slim父節(jié)點術(shù)語上。

** GO Terms Classification Counter [http://www./bioinfo/tools/countgo/]
GO Terms Classification Counter以一個包含GO術(shù)語IDs的格式化或非格式化文本文件作為輸入，用戶選擇以下可供選擇的類別如GO_slim、GOA、EGAD、MGI_GO_slim或GO-ROOT，程序執(zhí)行計數(shù)，并返回結(jié)果于網(wǎng)頁上(如果時間長的話，程序會給用戶發(fā)送含有結(jié)果的鏈接)。結(jié)果包含了計數(shù)表格、百分比和一個餅圖。

** GOBU:Gene Ontology Browsing Utility [http://gobu.iis./]
GOBU是一個基于Java的程序，使用GO和用戶定義的等級兩大目錄(catalogs)在一個可擴展的體系下整合生物學(xué)注釋目錄(biological annotation catalogs)。GOBU擁有以下的特性1)用戶特定的等級數(shù)據(jù)作為輸入數(shù)據(jù)，(2)用戶定義描述不同注釋的數(shù)據(jù)類型，(3)一個處理用戶定義的數(shù)據(jù)類型的可擴展軟件體系。

** GOChase [http://www./software/GOChase/]
GOChase是一系列基于web的工具，用于檢測和糾正基于GO注釋的錯誤。
.GOChase-History解決所有GO IDs修改的歷史。
.GOChase-Correct高亮顯示整合的GO IDs和重定向到正確主術(shù)語并進(jìn)一步到整合的二級ID。對于過時的GO術(shù)語，GOChase推薦使用最短距離的非丟棄父術(shù)語。這個功能被用于GO瀏覽器如AmiGO和QuickGO以修復(fù)失效的超鏈接。
.完整的數(shù)據(jù)庫(如LocusLink)可以作為平文件載入到GOChase里，報導(dǎo)注釋錯誤和GOChase的糾正。
.當(dāng)給一個GO ID輸入時，GOChase會給出所有主要數(shù)據(jù)庫里被這一GO ID所注釋的所有基因產(chǎn)物。

** GOProfiler [http://agbase./GOProfiler.html]
GOProfiler對AgBase中可用的GO注釋提供一個概述。用戶提供一個物種(分類學(xué)id)，GOProfiler顯示此物種GO相關(guān)的數(shù)目和蛋白注釋的數(shù)目。結(jié)果以evidence code列出，并提供了一個未被注釋的蛋白列表。

** GORetriever [http://agbase./GORetriever.html]
用戶提供一個蛋白ID列表，GORetriever在AgBase里搜索相應(yīng)的GO注釋，目前支持的ID類型是Uniprot ID、Uniprot Accession、GO ID。GORetriever產(chǎn)生蛋白和相應(yīng)注釋的列表以及一個沒有GO注釋的入口列表(list of entries)。沒有GO注釋的列表可以作為Goanna工具的輸入以尋找相似序列(如果有注釋的話會提供)。

** GOSlimViewer [http://agbase./GOSlimViewer.html]
GOSlimViewer對一個數(shù)據(jù)集提供高水平的GO類別概述。它設(shè)計成使用GORetriever的輸出。你可以為GORetriever文件添加附加的注釋(來自于GOanna或其它的資源).GOSlim Viewer目前只支持GOSlim集。

** ProteInOn [http://xldb.fc./biotools/proteinon/]
ProteInOn能夠找尋相互作用的蛋白、找尋相應(yīng)的GO術(shù)語并計算蛋白相似的功能語義并獲取信息內(nèi)容和計算每個GO術(shù)語的功能語義相似性。

** TXTGate [http://www.esat./txtgate]
TXTGate基于web-service，結(jié)合選擇的公開生物學(xué)資源的文獻(xiàn)索引到一個靈活的文本挖掘系統(tǒng)以分析不同的基因集。通過裁剪詞匯表(tailored vacabularies)、選擇文本文件、LocusLink的MedLine摘要和索引SGD。子聚類(subcluster)和到各個外部資源的鏈接提供了對結(jié)果進(jìn)行深度分析。

** Wandora [http://www./]
Wandora是一個基于Topic Maps(ISO 13250)的通用知識抽提、管理和發(fā)布環(huán)境。Wandora支持OBO平文件v1.2格式，能夠?qū)BO文件(包括GO)和topic map進(jìn)行相互轉(zhuǎn)換。Wandora對于非常適合于顯示OBO以及結(jié)合OBO、RDF和Topic Map資源進(jìn)行知識整合(knowledge mashups)。

** WEGO:Web Gene Ontology Annotation Plot [http://wego./]
WEGO是一個簡單但有用的工具，用于繪制GO注釋結(jié)果圖。與其它的商業(yè)軟件的圖表創(chuàng)建不同，WEGO設(shè)計成處理GO的有向非循環(huán)圖(directed acyclic graph, DAG)結(jié)構(gòu)以便于為GO注釋結(jié)果創(chuàng)建直方圖。WEGO已經(jīng)在許多的生物學(xué)研究項目中得到應(yīng)用，包括水稻基因組項目和蠶基因組項目。它已經(jīng)成為一個下游基因注釋分析的有用工具，特別適合于執(zhí)行比較基因組任務(wù)。

** Whatizit [http://www./Rebholz-srv/whatizit/form.jsp]
Whatizit是一個web程序，重點突出在文檔中所有感興趣的東西。它的一個模塊標(biāo)識所有的GO術(shù)語和來自于UniProt蛋白跟基因的名稱，并分別鏈接到GO和UniProt上。