內(nèi)嵌幫助內(nèi)聯(lián)幫助可通過點擊任何地方的鏈接  中找到。內(nèi)聯(lián)幫助由來自各部分的參考手冊。 全球工具欄是從QuickGO的任何頁面訪問。下列功能可以從全局工具欄進行訪問; 1. QuickGO搜索框 - 可通過關鍵字或標識符搜索GO術語或搜索蛋白的名稱或加入。 2. Web服務 - QuickGO用品GO術語信息，并通過REST Web服務GO注釋數(shù)據(jù)。 3.數(shù)據(jù)集 - 即QuickGO包含的數(shù)據(jù)的細節(jié) 4.期限籃- GO術語可以通過點擊添加到您的籃子一詞  出現(xiàn)毗鄰GO方面的圖標。欲了解更多信息，請參見下面的期限籃“部分。 注釋工具欄無法顯示頁面的注釋，如注釋下載頁面訪問。 下列功能可在注解工具欄進行訪問; 1.顯示 - 注釋表是按客戶需要選擇顯示哪些列 2. ID映射 ??- 這種過濾器用于不同的序列標識符類型之間切換，默認為UniProtKB的加入。 3.過濾 - 注釋集可以由幾個參數(shù)，包括序列標識符，??類群，GO ID和證據(jù)碼進行過濾。 4.統(tǒng)計 - 各種統(tǒng)計信息計算當前的注解集，包括許多不同的蛋白質(zhì)，GO ID的數(shù)量，證據(jù)碼數(shù)和類群標識符的數(shù)量。統(tǒng)計上更新即時對注解數(shù)據(jù)集中的每個過濾動作。 5.下載 - 注釋集可以以多種格式，包括基因關聯(lián)的文件，蛋白質(zhì)列表和FASTA下載。的'限制'應該增加，以確保在該組的所有注解被下載（在一組注解的總數(shù)目被發(fā)現(xiàn)在注解表的左上方）。有一個選項，輸出文件gzip壓縮。 歷史記錄選項 默認GO項歷史記錄顯示過去的500修改為所有GO條款。然而，除了點擊選項卡，時間戳和走在默認的顯示標識符，用戶還可以通過添加參數(shù)輸入頁面的URL，使用歷史記錄選項的形式定制的GO長期變化的顯示。因此，用戶可以使用指定最感興趣，對他們的書簽定期更新所產(chǎn)生的URL變化的類型。 日期規(guī)格 在歷史記錄選項對話框允許用戶通過設置“從”，指定感興趣的明確日期范圍和“到”參數(shù); 這將限制顯示到（含）日期范圍內(nèi)記錄這些修改的數(shù)據(jù)。 另外，在“周期”參數(shù)，用戶可以查看指定日期之前發(fā)生過天（S），周（S），月（S）或年（S）特定數(shù)量的GO長期變化。 如果沒有“到”日期值被輸入，則周期將是相對于當前日期。然而，如果指定了“到”值，則“周期”的值將顯示在時間表記錄直到和包括該指定的日期。 例如，如果“到”設置為2011-06-01和“期間”設定為6瓦特，然后QuickGO將顯示記錄在大小周期，2011年六月結(jié)束了第一這些變化。 分類 用戶可以使用此字段來指定哪些類型的長期變化，他們愿意返回。 條款 GO條款可以在此字段中輸入限制所顯示的長期變化。請注意，只有變化做出直接列出的條款將被顯示出來，不稱之為后代。 限制 記錄返回的默認數(shù)量為500，但這個限制可以增加/減少用戶。為了防止可能的瀏覽器的問題，最大的上限為10,000。 GO術語可以通過點擊被添加到期限籃 出現(xiàn)相鄰GO術語圖標。以這種方式，一組的GO術語可以被選擇，然后可以用于檢索相關聯(lián)的注釋 QuickGO主頁。 QuickGO幫助手冊。 從的UniProt-GOA網(wǎng)站下載基因關聯(lián)的文件。 從GO術語關鍵字搜索返回的檢索GO術語列表時列的說明顯示該GO包含三個本體術語：分子功能，生物過程和細胞組分。 顯示的值表示，其中三個本體一個GO長期駐留的。 為顯示GO術語獨特的，穩(wěn)定的數(shù)值GO術語標識符 點擊一個GO標識符將帶你到GO術語詳細信息頁面，在GO來看，其中的詳細信息，以及對使用這一術語的任何注釋的列表。 單擊其中一個 圖標，使用戶可以添加鄰GO期限為期限籃這樣產(chǎn)生的GO術語列表可用于檢索包含一個或多個這些GO術語注解 為顯示GO術語主的名字 當GO期限已過時，一個紅色的“過時”的標簽會出現(xiàn)相鄰的上市GO術語。 點擊這種“過時的”標記將生成一個彈出窗口，將詳細說明原因，后面的詞的obsoletion。 當搜索返回基于匹配無論是在GO術語的描述或同義詞部分找到單詞GO術語， 然后是一個“說明”或“同”的標簽會出現(xiàn)毗鄰上市GO術語。 點擊這樣的標簽將產(chǎn)生彈出窗口示出的術語的定義或同義詞，具有匹配字（多個）突出。 從蛋白質(zhì)的關鍵字搜索返回的檢索到的蛋白質(zhì)列表時列的說明顯示從獨特的蛋白標識的UniProt知識庫 點擊加入將帶你到一個包含所有GO注釋蛋白質(zhì)的頁面。 該匹配于UniProtKB登錄號基因符號 品種的展示蛋白質(zhì)學名 通過UniProtKB提供蛋白質(zhì)名 該值的GO術語的詳細信息頁面說明術語名稱的說明 GO上長期使用的定義和言論的澄清 二級GO術語標識符列表這個詞替換 鏈接到與此GO任期GONUTS維基頁面 同義詞在意到術語名稱，與由同義詞范圍給定的名稱和同義詞之間的關系的指示密切相關的替代單詞或短語。 交叉引用外部數(shù)據(jù)庫條目相關的術語。 在GO的截面的視覺顯示器向非循環(huán)圖（DAG）的單個或一組GO術語。條款中的GO是由一個或多個“關系”聯(lián)系到父（更普遍的）條款和常子（更具體的）條款 在GO的部分替代顯示，提供連接GO方面關系的簡明視圖 兒童來講是，現(xiàn)有的時候，直接鏈接到選定的GO術語更專業(yè)的GO術語。 GO條款和蛋白質(zhì)標識之間建立關聯(lián)。 蛋白質(zhì)注解共同occurence的GO方面的統(tǒng)計。 列在表中注釋的描述此列顯示數(shù)據(jù)庫的名稱來自其注釋的基因或蛋白質(zhì)識別發(fā)送器（例如，UniProtKB，以RefSeq，MGI）。 請點擊工具欄中的“ID映射”按鈕，如果你想有顯示的標識映射到不同的序列數(shù)據(jù)庫。 該字段等同于GO聯(lián)盟的的“DB”（列1）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示已注明去序列標識符。 請點擊工具欄中的“濾鏡”按鈕，如果你想看到注解序列標識符的具體名單。 另外，點擊工具欄中的“ID映射”按鈕，如果你想有顯示的標識映射到不同的序列數(shù)據(jù)庫。 該字段等同于GO聯(lián)盟的的“DB對象ID”（第2列）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示任何亞型標識符（剪接變異體）的GO條款已明確注明為。 如果沒有同種型標識符的注釋被指定，那么就沒有在此列中顯示的值。 該字段等同于GO聯(lián)盟的的“基因產(chǎn)品形態(tài)ID”列（列17）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示相匹配的“ID”欄提供的標識符號。 一個官方批準的基因符號將被用于在該領域時可用?？商娲?，其他基因符號或基因座的名稱被應用。 如果沒有符號是可用的，該標識符在塔2施加（DB_Object_ID）將被使用。 該字段等同于“DB_Object_Symbol'的GO聯(lián)盟的中（專欄3）基因的關聯(lián)文件。 此列用于修改注釋的解釋。 當一個注解應用，值可以等于'沒'，'contributes_to“或”colocalizes_with“之一。 在預選賽進一步的細節(jié)可以發(fā)現(xiàn)這里。 如果你想明確地篩選限定值，這個注解集，請單擊工具欄中的“過濾器”按鈕。 該字段等同于“預選賽”的GO聯(lián)盟的中（專欄3）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示原始注釋的GO ID時，注釋已經(jīng)精簡到更高級別的條款。 此列顯示一個引用到一個參考，或者一個搜索PubMed引用或GO_REF標識符，它包含任一支撐所述注解或電子方法的細節(jié)的數(shù)據(jù)施加到產(chǎn)生的注釋。 該字段等同于“DB：參考”的GO聯(lián)盟的中（專欄6）基因的關聯(lián)文件。 GO術語被分配給基于不同證據(jù)蛋白質(zhì)。這是通過一個證據(jù)碼表示。又見GO聯(lián)盟文檔 該字段等同于GO聯(lián)盟的的“證據(jù)法典”（第7列）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示一個附加標識，以支持使用某些證據(jù)的代碼（包括國際能源署（IEA），工業(yè)生產(chǎn)指數(shù)，IGI，IC和ISS的證據(jù)）的注釋。 示例：UniProtKB：O00341，InterPro的：IPROO1878，ENSEMBL：ENSG00000136141，GO：0000001，EC：3.1.22.1 該字段等同于“有或從'GO聯(lián)盟的的（第8列）基因的關聯(lián)文件。 這列顯示該GO術語所屬的本體的單個字母縮寫。一的任一F（分子F油膏），P（生物P rocess）或C（蜂窩?omponent）。 該字段等同于GO聯(lián)盟的的“看點”（第9欄）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示相匹配的分類標識符被注釋的品種名稱。 此列指示其創(chuàng)建的注釋的數(shù)據(jù)庫。在GO注解可以不是沒有數(shù)據(jù)源的確認被復制。 該字段等同于“分配者”的GO聯(lián)盟的的（15列）基因的關聯(lián)文件。 此列顯示匹配在注釋中使用的GO標識的GO術語名稱。 此列顯示原始注釋時，注釋已經(jīng)精簡到更高的層次來講GO術語名稱。 該列顯示注釋序列的氨基酸長度。點擊的長度將導致包含實際序列的彈出框。 列在長期的歷史/更改日志說明變更條款顯示在根據(jù)由的UniProt-GOA數(shù)據(jù)庫中登記的時間戳日期降序排列。 點擊一個日期將顯示被記錄在該日的所有條款，這些改變。 不同的變化在GO術語重點圍繞穩(wěn)定GO標識符。 點擊一個GO標識符將提供所選擇的GO術語，其中包括記錄這個詞的所有更改的完整歷史（在更改日志選項卡），完整的數(shù)據(jù)。 相關GO標識符的GO術語名稱。 改變本體被記錄在的UniProt-GOA數(shù)據(jù)庫作為“新增”，“更新”或“刪除”動作。 請注意，在這些變化的顯示順序是由在其中的行動是在數(shù)據(jù)庫中執(zhí)行的順序決定。 這可能會導致在那里記錄為相同的整體本體更新的一部分該動作可能會被顯示在一個非直觀順序的情況; 這是不幸的是，不可避免的。 變化是通過記錄到GO術語的具體方面的變化識別。 當前審計的類別有：TERM，OBSOLETION，定義，同義詞關系，XREF??，中學和苗條。 除了“所有更改”選項卡，其中顯示的變化在所有類別中，也有對各個類別單獨的標簽。 這列包含關于變更的其他詳細信息; 它的內(nèi)容可能有所不同取決于變更類別。 例如，對于關系類別它顯示目標的GO術語的關系和所述標識符和名稱的類型。 預選賽不被用于做出明確說明該基因產(chǎn)物不與GO術語相關聯(lián)。GO 聯(lián)盟的文檔 'Contributes_to“出現(xiàn)在一個GO注釋時的蛋白復合物的功能變得容易，但不直接由它的亞基1進行。GO 聯(lián)盟的文檔 'Colocalizes_with“出現(xiàn)在一個GO注解以指示與細胞器或復雜的蛋白的一過性或外圍關聯(lián)。GO 聯(lián)盟的文檔 GO參考從應用程序中創(chuàng)建的電子標注的InterPro到GO映射
在UniProtKB。GO 協(xié)會文件 從應用程序的創(chuàng)建電子注解酶委員會號GO映射
在UniProtKB。GO 協(xié)會文件 從應用程序中創(chuàng)建的電子注解SWISS-PROT關鍵字來GO映射
在UniProtKB。GO 協(xié)會文件 手工標注創(chuàng)建時策展人已經(jīng)找遍了所有相關文獻的注釋蛋白，沒有發(fā)現(xiàn)信息支持注釋任何GO長期在一個特定的本體。這個參考只能與三個術語使用; 分子功能GO：0003674，生物制程GO：0008150和細胞組分 GO：0005575。GO 協(xié)會文件 從實驗證實手工GO注釋的數(shù)據(jù)傳送到使用ENSEMBL直向同源基因數(shù)據(jù)創(chuàng)建電子注解。 的UniProt-GOA文檔 從應用程序中創(chuàng)建的電子標注HAMAP到GO映射
在UniProtKB。GO 協(xié)會文件 從應用程序中創(chuàng)建的電子標注的UniProt亞細胞定位于GO映射
在UniProtKB。GO 協(xié)會文件 由GO聯(lián)盟的參考基因組計劃從進化樹的注解創(chuàng)建推斷標注PANTHER數(shù)據(jù)庫
。GO 協(xié)會文件 證據(jù)法從實驗推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 通過直接分析推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從物理互為作用的推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從突變表型推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從表達模式推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從遺傳相互作用推斷。見GO聯(lián)盟文檔 從審核計算分析推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從基因組上下文推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 溯源作者聲明。見GO聯(lián)盟文檔。 非溯源作者聲明。見GO聯(lián)盟文檔。 策展人推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 沒有數(shù)據(jù)。見GO聯(lián)盟文檔。 從序列或結(jié)構(gòu)相似性推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從序列直向推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從序列比對的推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 從序列模型推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 電子注釋推斷。見GO聯(lián)盟文檔。 聯(lián)合occurence術語的列表，其中最常注釋以相同的蛋白質(zhì)作為所選術語，且術語至少經(jīng)常注釋以相同的蛋白質(zhì)。 該條款在注釋選定的期限，并按概率比蛋白質(zhì)超過限額。 相比術語：這是相對于所選擇的術語 概率比 比較長期的概率比給出選擇的術語來比較長期的概率 =（＃在一起/選擇）/（＃比較/＃全） 長期的概率估計這里的注釋，以長期的蛋白質(zhì)部分。 概率相似比 這兩個詞的概率比任任期的可能性 =＃一起/（＃選定+＃compared-＃在一起） 長期的概率估計這里的注釋，以長期的蛋白質(zhì)部分。 伯爵的蛋白質(zhì)，其中既選擇和比較的術語注釋 伯爵的蛋白質(zhì)，其中較長期被標注 蛋白質(zhì)的總次數(shù)注明所選詞 蛋白質(zhì)的總計數(shù) GO注釋集可以使用一組布爾操作的定制。 輸入一個查詢（可用字段和運算符如下所示）到輸入框高級篩選對話框中的選項卡，然后按提交按鈕提交查詢。如果還設置過濾條件上的任何其他選項卡，它們也將被包括在查詢，及編著與您在高級選項卡中輸入的條件。 一般形式 查詢是做出來的標注標準，結(jié)合運營商的集合。注釋標準是表單字段= value，其中??多個字段和值可以用逗號分隔的前提。該標準匹配的注釋中任何指定的字段有任何指定的值。例如，要找到任何注釋與ISA，partof或身份關系方面去：0005515或GO：0005634： 身份，ISA，partof = GO：0005515，GO：0005634 標準相結(jié)合，與下面的運算：
查詢示例： 找到所有ISS注釋這些注釋的任何蛋白的蛋白質(zhì)結(jié)合了考研參考項： （祖先= GO：0005515＆REF =結(jié)論：*）證據(jù)= ISS 更高級查詢的例子都可以在這里 領域
現(xiàn)有運營商的更多信息點擊這里 此選項將導致注釋被精簡高達請求GO術語的所有祖先，利用一切關系的路線。 它將使用不僅is_a，part_of，調(diào)節(jié)positively_regulates和negatively_regulates的關系，但是也未定義組合關系，如：
有關GO關系的信息，請參閱GO聯(lián)盟文檔。 關系類型
有關GO關系的信息，請參閱GO聯(lián)盟文檔。 聯(lián)系goa@如果您對結(jié)果數(shù)據(jù)的查詢。 使用此選項可以查看，GO注釋的過濾器和下載集。 QuickGO可以篩選注釋集與特定的基因或蛋白質(zhì)的標識符，GO術語標識符，分類標識符或證據(jù)碼。 該頁面還為您提供了不同的序列標識符類型（例如UniProtKB，ENSEMBL，以RefSeq或MGI標識符）之間的映射，并下載注釋數(shù)據(jù)的能力。 使用此選項找出QuickGO如何幫助您創(chuàng)建自己的GO苗條，或使用預定義的GO GO財團以SLIMS產(chǎn)生本體結(jié)構(gòu)的具體意見，或注釋集。 使用此選項可以查看歷史的變遷中去，作為記錄在的UniProt-GOA數(shù)據(jù)庫。 在此頁面，您可以指定可選的過濾器來查看基于日期范圍的修改，規(guī)定的條件和/或改變的類型。 本節(jié)將選擇條款頁面顯示你的任期籃子的內(nèi)容。 您可以通過點擊它添加一個詞來選擇術語列表  圖標; 您可以通過點擊添加所有的條款，以列表的標題行中的圖標。您可以通過點擊它添加一個詞來對比圖  按鈕。執(zhí)行此操作時，該條款將被添加到圖表和列表項將用來突出圖表中的術語相同的顏色突出顯示。此外，該按鈕變?yōu)?img doc360img-src='http://image89.360doc.com/DownloadImg/2015/09/2414/59350520_5.png' src="http://image89.360doc.com/DownloadImg/2015/09/2414/59350520_5.png"/>; 點擊這個按鈕刪除從圖表中的術語。您可以通過點擊添加所有的術語來對比圖 的標題行中鍵。本節(jié)編輯條款頁面顯示您所選擇的是你苗條的一部分GO術語列表。術語列表被劃分成三個部分，每個本體。 您可以通過點擊它從列表中刪除的項  按鈕。如果你點擊了ontolgy標題行中按鈕時，將刪除從列表中本體的所有條款。您可以通過點擊它添加一個詞來對比圖 按鈕。執(zhí)行此操作時，該條款將被添加到圖表和列表項將用來突出圖表中的術語相同的顏色突出顯示。此外，該按鈕變?yōu)?img doc360img-src='http://image89.360doc.com/DownloadImg/2015/09/2414/59350520_5.png' src="http://pubimage.360doc.com/wz/default.gif"/>; 點擊這個按鈕刪除從圖表中的術語。您可以從本體通過單擊添加所有條款 的本體標題行的按鈕。關系類型項A is_a項B指這個詞一個詞是B的子類型 。例如，“轉(zhuǎn)錄”是一種“核酸代謝過程”中。 項A part_of項B指短期A始終是長期B的一部分 。例如，“轉(zhuǎn)錄”始終是“基因的表達”的一部分。 項A規(guī)定條件B指這個詞一個調(diào)節(jié)項B，但項B可能并不總是被長期A.調(diào)節(jié) 一個子關系的“調(diào)整對象”的關系。 期限一positively_regulates項B指項B正由長期A.調(diào)節(jié) 一個子關系的“調(diào)整對象”的關系。 期限一negatively_regulates項B指長期B的負面長期A.調(diào)節(jié) has_part意味著項B總是有，因為它長期A的一部分，但長期A可獨立存在長期B的 。例如，“蛋白質(zhì)結(jié)合trancription活性因子”總是作為它的一部分“蛋白結(jié)合”，而是“蛋白結(jié)合”可以獨立地發(fā)生的轉(zhuǎn)錄因子的活性。 另外，has_part不是過渡關系，意思是有否暗示基因產(chǎn)物注釋以術語A可能還與術語B或它的任何父詞條正確相關聯(lián) 。Has_part 應讀入相反的方向上的其他關系。 文件即將更新... 數(shù)據(jù)下載格式已創(chuàng)建的過濾注釋集可以從QuickGO以多種格式被下載（見'制表符分隔值'下面為用戶指定的下載格式）。
“有了'弦該GO協(xié)會的指導方針上采用了推斷的序列相似性（ISS）的證據(jù)代碼的建議“與”字段中填充了一個數(shù)據(jù)庫標識符， 凡“與”字段中填入“附：Not_supplied”，注釋組創(chuàng)建注釋沒有為這個領域的任何條目。 |
|
|
