遺傳性感覺(jué)和自主神經(jīng)病IV型是一種罕見(jiàn)的常染色體隱性遺傳疾病，也被稱為先天性無(wú)痛少汗癥（OMIM 256800），其特點(diǎn)是對(duì)有害刺激不敏感，無(wú)汗，自殘和智力遲鈍。最早的癥狀是嬰兒期由于無(wú)汗而反復(fù)發(fā)作的發(fā)熱。對(duì)疼痛不敏感導(dǎo)致反復(fù)受傷和自殘。它與自主神經(jīng)功能紊亂有關(guān)，患兒往往表現(xiàn)出各種嚴(yán)重程度精神發(fā)育遲緩。

NTRK1基因是目前已知的遺傳性感覺(jué)和自主神經(jīng)病IV型致病基因，它位于染色體1q21-q22上，含有17個(gè)外顯子，全長(zhǎng)25kb。

NTRK1基因調(diào)控對(duì)于神經(jīng)細(xì)胞（神經(jīng)元）的發(fā)育和存活至關(guān)重要的蛋白質(zhì)的表達(dá)，尤其是那些傳遞諸如疼痛，溫度和觸覺(jué)（感覺(jué)神經(jīng)元）感覺(jué)信號(hào)的蛋白質(zhì)。它起著激酶的作用，它是一種通過(guò)在特定位置添加一組氧和磷原子（磷酸基團(tuán)）來(lái)改變其他蛋白質(zhì)活性的酶。如果該基因突變喪失功能，則沒(méi)有適當(dāng)?shù)男盘?hào)傳入，神經(jīng)元會(huì)死亡，感覺(jué)神經(jīng)元的喪失導(dǎo)致人們無(wú)法感覺(jué)到疼痛。

在網(wǎng)站https://www.molgen./CMTMutations/Mutations/Mutations.cfm收錄NTRK1基因54條記錄，包括錯(cuò)義突變、無(wú)義突變、移碼突變、剪接位點(diǎn)突變。

但是有一個(gè)變異很特殊，它就是今天的主角c.851-33T>A（rs80356674，chr1:156843392），該位點(diǎn)距離內(nèi)含子外顯子交界處長(zhǎng)達(dá)33bp，常規(guī)的NGS分析肯定會(huì)遺漏該位點(diǎn)。

該位點(diǎn)首先在5例日本患者中發(fā)現(xiàn)（PMID: 10982191，抱歉SCIHUB下載不到原文），該位點(diǎn)影響了內(nèi)含子分支位點(diǎn)（branch-site），體外實(shí)驗(yàn)證明了該變異引起異常的剪切。其中在文章（PMID:11748840）這樣描述該位點(diǎn)

既然該位點(diǎn)明確致病，那我們就用HSF3預(yù)測(cè)一下是否會(huì)影響剪切。

結(jié)果如上，看來(lái)HSF準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)到了該變異影響分支位點(diǎn)，看來(lái)對(duì)于非常罕見(jiàn)的內(nèi)含子變異，HSF還是可以預(yù)測(cè)一下的。

下面我們?cè)倏纯丛谏虡I(yè)化的全外顯子捕獲產(chǎn)品中是否包括該位點(diǎn)呢（下圖兩條虛豎線中間）？

從圖上可以看到，該位點(diǎn)是覆蓋的，雖然覆蓋深度不高，但是對(duì)于胚系突變檢測(cè)足夠了，所以對(duì)于遺傳分析師來(lái)說(shuō)，關(guān)鍵就是不要在分析時(shí)遺漏掉該位點(diǎn)。

感謝上海兒童醫(yī)學(xué)中心王劍主任提供素材。