BioEdit是一個功能很強大的生物學(xué)軟件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比對，質(zhì)粒圖譜的繪制，查看DNA序列的酶切位點等等。

使用BioEdit可以方便的生成和繪制進化樹。

首先，打開序列。我們這里是一個含有6個蛋白質(zhì)的Fasta格式的文件。如下所示：

然后從菜單中選擇“ClustalW多序列比對”，會彈出下一個對話框，設(shè)置一些程序運行的參數(shù)。

我們這里采用了默認(rèn)配置，直接點擊“Run ClustalW”按鈕。ClustalW程序會以命令行的形式運行，程序運行會在多序列比對完成之后，顯示多序列比對的結(jié)果，并生成進化樹。

“進化樹”呢？別著急，進化樹已經(jīng)生成了?，F(xiàn)在，我們關(guān)閉BioEdit軟件。進化樹已經(jīng)在它該在的地方了，我們這就去把它挖出來。

我們來到了BioEdit的安裝目錄（通常是“C:\BioEdit”），這里有一個Temp臨時文件夾，打開臨時文件夾，里面就要我們要的東西了。

我這里有5個文件，你那里說不定會有別的臨時文件。如果無法確定，不妨把這些文件都刪除了，重頭運行一遍，就這剩下這5個文件了。

正如文件名昭示的那樣，第一個文件是一個log文件，第二個文件時程序運行的參數(shù)設(shè)置，第三個文件是多序列比對的結(jié)果，第四個文件時我們的蛋白質(zhì)序列的一份拷貝，最后一個就是我們需要的進化樹了。
這幾個文件其實都是文本文件，可以用“記事本”之類的軟件打開的。最后一個進化樹用TreeView軟件打開，就會得到這樣的結(jié)果。

這是一棵什么樹？葉子的標(biāo)示都不對啊。不好意思，忘記告訴你了，這個dnd文件需要修改一下。將這些“0000000XX”的編號改成我們的序列名稱“Seq1，Seq2”等等。用文本編輯器打開最前面和最后面的那個文件。按照log文件中的指示，把dnd文件中的編號改過來吧。

會變成這個樣子。

這是你想要的結(jié)果嗎？

我們還有一下幾種展示方案，敬請選擇。

好了，就這樣結(jié)束了。如果覺得有問題，請留言吧。BioEdit的，進化樹的都可以。

對了，忘記告訴你，如何安裝Treeview這個軟件了。BioEdit附帶了這個軟件，不過默認(rèn)似乎沒有安裝，在BioEdit的安裝目錄，有安裝包，自行安裝一下吧。

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