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構(gòu)建進化樹可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列進行進化樹的構(gòu)建步驟進行詳細解析： 一、利用phylip進行蛋白序列進化樹分析步驟 1. 運行Clustalw，得到protein.phy文件； 2. 運行seqboot，輸入protein.phy文件，輸出protein_1.outfile。R選擇1000，seed number： 3，然后選擇Y。將得到的protein_1.outfile改名為protein_2.infile。 3. 運行protpars，輸入protein_2.infile，輸出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J選擇3(seed number)，5(jumple number)，M值選擇D，然后輸入1000 （sets）。最后選擇Y。將得到的protein_2.outtree改為protein_3.intree. 4. 運行consense，輸入protein_3.intree，選擇Y。得到protein_3.outfile和protein_3.outtree 到此為止，利用seqboot計算的bootstrap值已經(jīng)完成，但是protein_3.outtree構(gòu)建的tree沒有branch length數(shù)據(jù)，無法直觀的顯示序列之間的差異。此時，應(yīng)該利用tree-puzzle來計算branch length。http:///en/download/index.jsp ） Tree-puzzle使用說明 利用tree-puzzle計算branch length步驟： 1． Windows下，進入tree-puzzle所在src文件夾，雙擊Puzzle，彈出對話框，輸入文件。文件為clustalW運行的protein.phy文件。 2． 然后依次選擇K、W、C，輸入4，最后輸入Y確定。 3． 輸入consense操作得到的文件protein_3.outtree。將要生成的文件改名為protein.complz。 4． 點擊enter運行。 5． 將得到的consense文件protein_3.outtree和protein.complz文件同時拷出到新文件夾。 6． 利用eATV進行bootstrap和branchlength的顯示，輸出PDF文件。 7． 將相應(yīng)的bootstrap值，算成百分比，通過Adobe illustrator 加到puzzle計算的樹上。 8． Done eATV是一個java應(yīng)用程序，需要先安裝java運行環(huán)境程序（http:///en/download/index.jsp ）
利用DNA序列建進化樹的步驟與上面大同小異，參照phylip documentation文件。（http://evolution.genetics./phylip/phylip.html ） 這些步驟均可在windows下完成。但是如果序列較大，建議在linux系統(tǒng)下操作。其中protpars步驟特別耗時，經(jīng)常需要過夜運行，請一定要耐心等待。祝大家順利！ Phylip 下載：http://evolution.genetics./phylip/getme.html Tree-puzzle下載：http://www./#download eATV下載：http://www./get/Science-CAD/ATV.shtml （rather small: 93kb） 上述方法及其參數(shù)設(shè)置得到了密蘇里大學(xué)哥倫比亞分校張學(xué)成博士的悉心指導(dǎo)，在此表示衷心的感謝！（http://www.staceylab./personnel/1232960286/ ） |
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