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Sanger測(cè)序峰圖怎么導(dǎo)出?

 微笑如酒 2017-08-16

在一些NB文章中經(jīng)??吹絊anger測(cè)序峰圖,峰圖的具體用法可以參考下面幾篇文章:Naturebiotechnology, 2015, 33(5): 445-449(下圖,左); Genome Res.2016 26: 499-509(下圖,右上); PLoS Genet 10(4): e1004274(下圖,右下)。


很多軟件都可以打開Ab1文件查看峰圖,比如常見的BioEdit、SnapGene、Chromas。但這三個(gè)軟件都沒有明確的 “圖片另存為”或 “Export Graphs” 這樣的命令。那么,該如何導(dǎo)出圖片呢?


“可以截屏啊”,朋友告訴我。


但是由于電腦屏幕的分辨率一般較低,截圖獲得的圖片太小,品質(zhì)達(dá)不到雜志要求。今天就以Chromas版本2.6.4)為例,介紹一種高質(zhì)量峰圖導(dǎo)出的方法(BioEdit和SnapGene的方法完全一樣)。


嗯,Chromas為免費(fèi)的軟件,可在官網(wǎng)http:///wp/chromas/下載。



1. ab1格式文件的準(zhǔn)備


送樣測(cè)序后,測(cè)序公司一般會(huì)給兩個(gè)格式的文件,seq格式的文件是單純的堿基序列,另一個(gè)ab1格式的文件就是這里我們所需的峰圖文件(見下圖)。



2. 峰圖的顯示與導(dǎo)出


首先,通過Open按鈕打開ab1文件,峰圖的顯示如下圖。



接下來(lái),點(diǎn)擊Print按鈕或File\Print(快捷鍵:Ctrl+P),打開打印對(duì)話框,如下圖,Printer: Name選Adobe PDF(1),接著點(diǎn)擊Propeities按鈕(2),設(shè)置打印屬性。



在布局選項(xiàng)卡將頁(yè)面的方向改為橫向(3)。



頁(yè)面大小為A4即可(注意也可以選A3或更大,使目標(biāo)序列片段不出現(xiàn)中間”換行“,以便后期截取目標(biāo)片段),其他選項(xiàng)默認(rèn)。



回到Print窗口,點(diǎn)擊“OK”按鈕,選擇導(dǎo)出PDF到桌面,下圖為部分峰圖。



等一下,這里導(dǎo)出的文件是PDF,可是我想要JPG或tif格式的圖片怎么辦?其實(shí),PDF也是一種圖片格式,這里導(dǎo)出的PDF為矢量圖,Adobe 公司的Acrobat 、Photoshop、illustrator都可以用來(lái)另存為所需格式的圖片或者進(jìn)行編輯處理。


3. 可能遇到的問題


在點(diǎn)擊Print命令后,遇到彈出安裝打印機(jī)的提示框,如下圖所示,說(shuō)明本地打印后臺(tái)處理程序服務(wù)沒有開啟(一般開機(jī)自啟動(dòng))。




本地打印后臺(tái)處理程序服務(wù)一般開機(jī)自啟動(dòng),可手動(dòng)開啟或者重啟電腦。手動(dòng)開啟的方法見下圖:



小結(jié)


主要通過序列查看軟件的print命令,生成PDF格式的矢量圖。PDF文件可用Adobe acrobat 、Ps、Ai等編輯或轉(zhuǎn)化所需的圖片格式。此外,Chromas每種堿基對(duì)應(yīng)的峰都位于單獨(dú)的圖層,可編輯。三個(gè)軟件峰圖截取效果如下圖,BioEdit導(dǎo)出的峰圖也為矢量圖,可編輯;而SnapGene導(dǎo)出的峰圖由4張位圖拼成一頁(yè),圖片可編輯性較差。



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