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髓系腫瘤中88種基因突變篩查(NGS,全外顯子)

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-05-13

目前,臨床上對惡性血液腫瘤的診斷采用“MICM”,即形態(tài)學(xué)(morphology)、免疫學(xué)(immunology)、遺傳學(xué)(cytogenetics)、分子生物學(xué)(molecular)對患者進(jìn)行綜合診斷及預(yù)后分層。近十年來,我們了解到白血病的克隆演變是一個(gè)順序性的、多步驟、多基因的突變過程。對于髓系腫瘤的預(yù)后及病因探尋需要檢測多種基因,二代測序(NGS)相較于一代測序可同時(shí)檢測成千上萬個(gè)基因突變,測序深度遠(yuǎn)高于一代測序的同時(shí),還具有相對定量等優(yōu)勢。

目前,二代測序技術(shù)在血液腫瘤的輔助診斷、預(yù)后分層、用藥指導(dǎo)等方面取得了爆發(fā)式的進(jìn)展,通過二代測序技術(shù)檢測血液腫瘤患者基因突變已成為NCCN指南、歐洲白血病網(wǎng)(ELN)的推薦,而我國在2018年11月也制定了《二代測序在血液腫瘤中的應(yīng)用中國專家共識(2018年)》。

NGS在血液腫瘤中的重要應(yīng)用

1.輔助診斷:2016年WHO髓系腫瘤分類在AML伴重現(xiàn)性遺傳異常分類亞型中定義了3個(gè)與基因突變有關(guān)的類別:AML伴NPM1突變、AML伴CEBPA雙等位基因突變及暫定類型AML伴RUNX1突變。JAK2、CALR及MPL基因突變也成為MPN診斷的主要標(biāo)準(zhǔn)之一;在MDS伴環(huán)狀鐵粒幼紅細(xì)胞的診斷標(biāo)準(zhǔn)中,對于骨髓環(huán)狀鐵粒幼紅細(xì)胞≥5%但<15%的患者,如其存在SF3B1基因突變則也歸于此亞型;BRAF V600E突變可作為鑒別HCL變異和其他B細(xì)胞白血病或淋巴瘤的可靠分子標(biāo)記;

2.預(yù)后判斷:AML是高度異質(zhì)化的疾病,隨著臨床數(shù)據(jù)的不斷積累,人們發(fā)現(xiàn)在當(dāng)前“MICM”評估分層中,患者預(yù)后仍存在很大的差異。正常核型的AML患者并非都是中危的,也有部分是低危或高危的。NGS結(jié)果表明,正常核型AML患者存在大量基因突變,不同基因突變組合決定其預(yù)后是不同的。

3. 指導(dǎo)治療:目前已有基于突變基因的靶向藥物應(yīng)用于臨床或處于臨床試驗(yàn)階段,其中FLT3、IDH1/2、BRAF 及 JAK-STAT 信號通路相關(guān)的突變基因已有靶向藥物上市;另一方面,基因突變,例如TP53、ABL激酶突變,可以導(dǎo)致對某些藥物的敏感或者耐受,及時(shí)檢測有助于治療方案的調(diào)整。

4. 微小殘留病的監(jiān)測:基因突變是MRD監(jiān)測的分子標(biāo)志物之一。雖然實(shí)時(shí)定量PCR方法和流式細(xì)胞學(xué)是目前主流的 MRD 監(jiān)測方法,但是由于NGS靈敏度隨測序深度加深可進(jìn)一步提高,在MRD監(jiān)測方面具有更大的優(yōu)勢。

5. 克隆演變監(jiān)測:血液腫瘤在發(fā)展過程中會伴隨動態(tài)的克隆演變,或是基因突變負(fù)荷的改變,或是新的突變基因的出現(xiàn),及時(shí)監(jiān)測基因改變,有助于了解疾病進(jìn)展并調(diào)整治療方案。

髓系腫瘤88種基因突變篩查(NGS,全外顯子)

Panel攘括了血液腫瘤診斷、預(yù)后及指導(dǎo)治療相關(guān)的88個(gè)基因,基因集合了國內(nèi)外血液病臨床專家推薦檢測的熱點(diǎn)基因(NCCN、ELN及中國共識基因)。

采用雜交探針捕獲法檢測每個(gè)基因全外顯子區(qū)域保證了建庫的質(zhì)量;

測序平均深度在1500-2000X,確保1%以上突變檢出率;

臨床應(yīng)用

1

急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)精確預(yù)后分層與治療方案決策支持;

2

急性淋巴細(xì)胞白血病(ALL)精確預(yù)后評估及治療方案決策支持;

3

骨髓異常增生綜合征(MDS)精確預(yù)后評估及治療方案決策支持;

4

骨髓增值性腫瘤(MPN)輔助精確診斷及預(yù)后評估;

5

復(fù)發(fā)難治疾病查因;

6

格列衛(wèi)耐藥位點(diǎn)檢測;

適用人群

1

AML、ALL、MDS、MPN初診患者;

2

疑似血液腫瘤但尚未明確疾病類型患者;

3

復(fù)發(fā)難治患者:排查病因、制定治療方案、監(jiān)控亞克隆低頻突變,作為治療方案的決策支持依據(jù),預(yù)防復(fù)發(fā)或疾病亞型轉(zhuǎn)變、靶向藥物相關(guān)及耐藥位點(diǎn)檢測;

4

誘導(dǎo)治療/鞏固治療后MRD監(jiān)測;

華銀健康血液病理診斷中心

為向臨床提供精準(zhǔn)的血液疾病病理診斷服務(wù),華銀健康充分依托南方醫(yī)科大學(xué)病理學(xué)系、“廣東省分子腫瘤病理學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、南方醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)教研室、美國賓夕法尼亞大學(xué)醫(yī)學(xué)部病理學(xué)與檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)系等國內(nèi)外知名高等醫(yī)學(xué)院校專家及技術(shù)資源,并邀請美國資深血液病理學(xué)和分子病理學(xué)專家王夏教授擔(dān)任學(xué)科負(fù)責(zé)人,建立起血液病理綜合性診斷平臺,采用國際主流的以形態(tài)學(xué)、免疫學(xué)、細(xì)胞遺傳學(xué)及分子生物學(xué)檢測為一體的“MICM”綜合診斷模式,從而為臨床提供準(zhǔn)確可靠的診斷結(jié)果及預(yù)后信息。

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