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【略微升級】復現(xiàn)cancer cell:cellchat及cellphonedb細胞互作結果可視化函數(shù)

 TS的美夢 2025-04-25
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書接上文(復現(xiàn)cancer cell圖表:【函數(shù)】Edge bunding可視化cellchat及cellphonedb細胞互作結果),先說一下那個關子,我本來準備賣個關子,結果把自己賣了,忘記說了。這個圖應該很熟悉是因為我們介紹過一個包,關于cellphonedb的ktplots包,針對cpdb結果的R可視化:其中功能也有一個互作網(wǎng)絡圖是這樣的:是不是特別像呢?

Plotting CellPhoneDB results · ktplots
ktplots github:https:///zktuong/ktplots/
沒錯,這篇cancer cell的作圖和ktplots包作圖是一樣的,只是數(shù)據(jù)整理不一樣。為什么ktplots包的圖不咋用呢?一個圖展示了太多的信息了,而且plot需要scRNA data,展示的越多圖越亂。這個圖信息完整,展示了互作強度。
這也是我們函數(shù)略微升級的原因,小伙伴說這個圖沒有表示互作強度,其實我們也考慮過,但是不同線條粗細展示強度只會讓圖更亂,還不如現(xiàn)在這樣的小清新。所以我們想到了一種折中的辦法,展示互作也并不是所有都是重點,往往研究的也就是那么幾個,所以可以將重點的互作顯目標記,不就ok了?
函數(shù)使用解說見B站(KS科研分享與服務):
https://www.bilibili.com/video/BV1AULgzsEVj/?spm_id_from=333.1387.homepage.video_card.click&vd_source=05b5479545ba945a8f5d7b2e7160ea34
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setwd('D:\\KS項目\\公眾號文章\\復現(xiàn)cancer cell-【函數(shù)】邊綁定圖展示cellchat以及cpdb互作結果可視化\\edge_bunding_cellchat結果可視化函數(shù)')

#=======================================================================library(CellChat)library(dplyr)library(ggraph)library(tidyr)library(ggplot2)

# ks_CC_bdPlot(cellchat_obj = HD.cellchat, source_cells = c("Kers","ECs","Tcell"),#              target_cells= c("Kers","ECs","Tcell"),comm_cut=0)
#強調LRempLR <- read.csv('empLR.csv', header = T)ks_CC_bdPlot(cellchat_obj = HD.cellchat, source_cells = c("Kers","ECs","Tcell"),             target_cells= c("Kers","ECs","Tcell"),comm_cut=0,             cols = c("#BEBADA","#f3c89d""#8cc598"),             emp=empLR)
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