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巧用Matplotlib動(dòng)畫,讓你的Python可視化大放異彩

 風(fēng)聲之家 2019-09-17

作者 | Tony Yiu
翻譯 | Hanz
整理 | Lemonbit
譯文出品 | Python數(shù)據(jù)之道

前言
如果你對本文的代碼感興趣,可以去 Github (文末提供)里查看。第一次運(yùn)行的時(shí)候會(huì)報(bào)一個(gè)錯(cuò)誤(還沒找到解決辦法),不過只要再運(yùn)行一次就正常了。
這篇文章雖然不是篇典型的數(shù)據(jù)科學(xué)類文章,不過它涉及到數(shù)據(jù)科學(xué)以及商業(yè)智能的應(yīng)用。Python 的 Matplotlib 是最常用的圖表繪制以及數(shù)據(jù)可視化庫。我們對折線圖、柱狀圖以及熱力圖都比較熟悉,但你知道用 Matplotlib 還能做簡單的動(dòng)畫嗎?
下面就是用 Matplotlib 制作動(dòng)畫的例子。展示的是 John Conway 的 《The Game of Life》,這是一個(gè) Metis(數(shù)據(jù)科學(xué)夏令營)中的編程挑戰(zhàn)題目,同時(shí)給了我一個(gè)機(jī)會(huì)來制作我的第一個(gè) Python 動(dòng)畫??纯唇Y(jié)果的動(dòng)圖:

這篇文章的重點(diǎn)還是主要放在 python 中如何用 Matploylib 制作動(dòng)畫。
但如果你不太熟悉模擬游戲的話(它更像是可以看的模擬動(dòng)畫,而非可以玩的游戲),我來給大家介紹一下規(guī)則:
  • 一開始先設(shè)置一個(gè) N×N 的網(wǎng)格(我的動(dòng)畫中用的是 50×50 );

  • 接著隨機(jī)地向格子中填充“小細(xì)胞”(一開始隨機(jī)地從 2500 個(gè)格子中選取 1500 個(gè)進(jìn)行填充);

  • 如果鄰居小細(xì)胞少于等于 1 個(gè),那格子中的小細(xì)胞會(huì)死掉;

  • 如果鄰居大于等于 4 個(gè)的也會(huì)死掉;

  • 只有 2 個(gè)或 3 個(gè)鄰居時(shí)可以生存;

  • 空的格子中如果正好有 3 個(gè)鄰居,則會(huì)長出 1 個(gè)新的“小細(xì)胞”。

建立網(wǎng)格
我們首先導(dǎo)入所需的庫。
import time

from IPython import display

import matplotlib.pyplot as plt

import matplotlib.animation as animation
我們會(huì)利用 Matploylib 動(dòng)畫模塊中的 FuncAnimation() 函數(shù)。 FuncAnimation()是通過多次調(diào)用一個(gè)函數(shù)并逐次更新圖片來實(shí)現(xiàn)讓圖片動(dòng)起來的。 我們來一步步地實(shí)現(xiàn)這個(gè)過程。
但首先,我們需要先初始化我們的網(wǎng)格。下面的幾行代碼用來存儲(chǔ)我們輸入的數(shù)據(jù):
  • 我們需要一個(gè) 50×50 大小的網(wǎng)格;

  • pad 變量可以使得計(jì)算鄰居變得更容易。通過在邊界外添加一層空白格子,我們就不需要額外再寫一個(gè)邏輯來處理網(wǎng)格的邊界。因此我們 50×50 的網(wǎng)格其實(shí)是被一圈空白格子包圍著,這使得實(shí)際的 numpy 序列的大小為 52×52;

  • initial_cels 變量表示在網(wǎng)格啟動(dòng)的時(shí)候我們想要多少“小細(xì)胞”。他們會(huì)被隨機(jī)地分布在網(wǎng)格上。

# Input variables for the board

boardsize = 50        # board will be X by X where X = boardsize

pad = 2               # padded border, do not change this!

initial_cells = 1500  # this number of initial cells will be placed

                      # in randomly generated positions
接下來我們隨機(jī)地生成一系列“小細(xì)胞”的初始坐標(biāo)(上面我們選擇了 1500 個(gè))。把這些坐標(biāo)存儲(chǔ)在 pos_list 變量中。
# Get a list of random coordinates so that we can initialize

# board with randomly placed organisms

pos_list = []

for i in range(initial_cells):

    pos_list.append([random.randint(1, boardsize),

                     random.randint(1, boardsize)])
然后我們是時(shí)候該初始化網(wǎng)格了。我們會(huì)用一組叫 my_board 的 numpy 序列來代表我們的網(wǎng)格——我們先生成一個(gè) 52×52 數(shù)值為 0 的矩陣序列作為開始(比 50×50 大是由于增加了空白邊緣),然后調(diào)用 init_board() 函數(shù)來根據(jù) pos_list 中的坐標(biāo)把“小細(xì)胞”填充到網(wǎng)格中。輔助函數(shù)的具體細(xì)節(jié)我不再展開講了,不過我把他們都整理到我的 Github 上了。
# Initialize the board

my_board = np.zeros((boardsize+pad, boardsize+pad))

my_board = init_board(pos_list, my_board)
制作網(wǎng)格動(dòng)畫
這是我們最期待的部分——?jiǎng)赢?!首先,我們需要完善一些配置。下面的幾行代碼用來生成展示我們動(dòng)畫的 mtplotlib 圖框。
# Required line for plotting the animation

%matplotlib notebook

# Initialize the plot of the board that will be used for animation

fig = plt.gcf()

接下來制作我們的第一幀。 mtplotlib 中的 imshow() 函數(shù)可以接收一組 numpy 矩陣然后返回一張圖片。很酷吧!

# Show first image - which is the initial board

im = plt.imshow(my_board)

plt.show()
傳入 imshow() 的變量是我們的初始的網(wǎng)格 my_board。生成的圖片長這樣:

現(xiàn)在我們需要寫一個(gè)可以給 FuncAnimation() 調(diào)用的輔助函數(shù)。 animate() 函數(shù)接受一幀畫面作為輸入充當(dāng)計(jì)數(shù)器。這個(gè)畫面計(jì)數(shù)器就是 FuncAnimation() 和 animate() 函數(shù)溝通的橋梁——在每一個(gè)時(shí)間點(diǎn)(也就是每一幀),它都會(huì)調(diào)用一次 animate()。然后 animate() 會(huì)逐次使用輔助函數(shù) update_board() 來對網(wǎng)格進(jìn)行迭代。最后, set_data() 函數(shù)將圖片更新為迭代后的網(wǎng)格,這就完成了。
# Helper function that updates the board and returns a new image of

# the updated board animate is the function that FuncAnimation calls

def animate(frame):

    im.set_data(update_board(my_board))

    return im,
一切順利!我們準(zhǔn)備調(diào)用 FuncAnimation() 函數(shù)了。注意輸入的參數(shù):
  • fig 是我們在前面創(chuàng)建的用來裝載我們的動(dòng)畫的圖形變量;

  • animate 是 FuncAnimation() 用畫面計(jì)數(shù)器進(jìn)行溝通的函數(shù)(自動(dòng)傳入,不需要特別聲明)

  • frames 表示我們希望動(dòng)畫持續(xù)多少幀,在這里我們想要?jiǎng)赢嫷拈L度為 200 幀;

  • interval 表示每一幀之間間隔的毫秒數(shù)。我們想要每幀之間間隔 50 毫秒。

# This line creates the animation

anim = animation.FuncAnimation(fig, animate, frames=200,

                               interval=50)

就這么簡單!不是很難吧?為了慶祝我們成功制作動(dòng)畫,我再送大家一個(gè)動(dòng)畫:

總結(jié)

希望這篇文章能幫到大家。在結(jié)束之前,讓我來幫助大家腦補(bǔ)更多我們今天學(xué)到的動(dòng)畫功能在數(shù)據(jù)科學(xué)上的應(yīng)用:

  • 一個(gè)個(gè)地畫出蒙特卡洛模擬數(shù)據(jù),你能觀察到最終的分布是如何逐步形成的;

  • 按順序遍歷時(shí)間序列數(shù)據(jù),可以描繪你的模型或數(shù)據(jù)在新的觀察角度下有什么表現(xiàn);

  • 當(dāng)你改變輸入?yún)?shù)時(shí),比如族群數(shù),可以展現(xiàn)你的算法是如何劃分族群的;

  • 根據(jù)時(shí)間或不同的數(shù)據(jù)子集生成關(guān)聯(lián)熱力圖,用于觀察不同的樣本是如何影響你的模型的預(yù)期參數(shù)的。

Github: https://github.com/yiuhyuk/game_of_life
來源:
https:///spice-up-your-python-visualizations-with-matplotlib-animations-d437d7e98e67

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