草莓（Fragaria）具有重要的經(jīng)濟(jì)和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值。現(xiàn)代八倍體栽培草莓（F. × ananassa）起源于兩個(gè)八倍體野生種弗州草莓（F. virginiana）和智利草莓（F. chiloensis）的種間雜交。然而，由于草莓屬系統(tǒng)發(fā)育解析涉及未知的祖先，同源染色體交換和不完全譜系分選等問(wèn)題，學(xué)術(shù)界至今關(guān)于八倍體草莓的二倍體祖先的問(wèn)題仍存在較大爭(zhēng)議。此外，關(guān)于八倍體草莓在馴化過(guò)程中的亞基因組的同源偏向性表達(dá)及轉(zhuǎn)變模式并不明確。

近日，中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所中國(guó)西南野生生物種質(zhì)庫(kù)云南省作物野生近緣種現(xiàn)代組學(xué)朱安丹專(zhuān)題組，解析了八倍體草莓的起源和遺傳分化特征。該研究提出了一套適用于多倍體的ALLHiC迭代掛載流程，構(gòu)建了兩個(gè)八倍體野生草莓智利草莓（F. chiloensis）和弗州草莓（F. virginiana）染色體水平的高質(zhì)量分型基因組。研究基于kmer-based的方法完成了八倍體草莓亞基因組的分離，并在此基礎(chǔ)上采用不同的分析方法（如phylogeny-free、genetic distance matrix等）重新追溯了八倍體草莓的二倍體祖先，糾正了國(guó)外學(xué)者在亞基因組分配上錯(cuò)誤，并進(jìn)一步確定了森林草莓（F. vesca）和飯沼草莓（F. iinumae）是八倍體草莓是現(xiàn)存的二倍體祖先種。此外，研究還探討了八倍體草莓在馴化過(guò)程中的同源偏向性表達(dá)分化，并基于空間四聯(lián)體方法完成了八倍體草莓的靜態(tài)和動(dòng)態(tài)的同源偏向性分析，鑒定到一些重要的轉(zhuǎn)錄因子在馴化過(guò)程中發(fā)生了表達(dá)偏倚/轉(zhuǎn)變。

相關(guān)研究成果以Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry為題，在線(xiàn)發(fā)表在《自然-植物》（Nature Plants）上。研究工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃和國(guó)家自然科學(xué)基金等的資助。該研究由昆明植物所、美國(guó)內(nèi)布拉斯加大學(xué)和云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院花卉研究所合作完成。

昆明植物所等揭示八倍體草莓的起源和遺傳分化特