首先我們要對(duì)測(cè)序過程有個(gè)基礎(chǔ)的了解，下圖為擴(kuò)增子測(cè)序流程，結(jié)題報(bào)告包括下圖的序列聚類與數(shù)據(jù)分析兩部分。后續(xù)所有的數(shù)據(jù)分析都是基于OTU表進(jìn)行的，這張表中包括我們測(cè)的所有序列中，有多少類型序列（OTU聚類或ASV降噪），然后將聚類完的類型序列與物種數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，得到我們測(cè)的所有序列中有哪些物種，每個(gè)物種有多少，即豐度的概念。

      下圖是16s測(cè)序的分析內(nèi)容，展現(xiàn)了主要的分析內(nèi)容，每個(gè)主要分析內(nèi)容下有更細(xì)致的分析內(nèi)容，這些小的分析內(nèi)容，其實(shí)是可有選擇的使用，例如物種組成分析中有物種組成柱狀圖、分類等級(jí)樹圖、GraPhlAn進(jìn)化樹圖、Krona物種組成圖，這幾個(gè)分析的內(nèi)容都是在解決樣本中有哪些細(xì)菌，細(xì)菌的相對(duì)豐度是多少。一般文章中常用的是物種組成柱狀圖。有的老師會(huì)認(rèn)為，文章中要包含所有的分析內(nèi)容，其實(shí)不然，我們只需要結(jié)合自己的研究預(yù)期目的選擇合適的分析內(nèi)容即可，并不是多多益善。下面我們就按照SCI文章的要求和寫作結(jié)構(gòu)順序，一一跟大家介紹重點(diǎn)分析內(nèi)容。

1. 文章在材料方法描述完以后進(jìn)入結(jié)果部分，首先我們要交代一下這次測(cè)序的情況。例如我們測(cè)得的原始數(shù)據(jù)有多少，質(zhì)控后的有效數(shù)據(jù)有多少，每個(gè)樣本質(zhì)控后的有效數(shù)據(jù)占原始數(shù)據(jù)的百分比均高于百分之多少（90%），當(dāng)然所占百分比越高，本次測(cè)序的效果越好。

    分類學(xué)組成分析，主要關(guān)注物種組成柱狀圖即可，這是測(cè)序中最基本的分析，通過該分析可以得到，每個(gè)樣本中有哪些物種組成，每個(gè)物種的相對(duì)豐度是多少。需要注意的是，該分析需要在具體的分類水平上看（門、綱、目、科、屬），由于二代測(cè)序在種水平上的準(zhǔn)確率相對(duì)較低，所以在種水平上分析的較少，一般常在門和屬水平分析。描述可以從兩方面描述，一方面看主要的物種組成是什么（有哪些菌，在某一分類的具體水平），不同的比較組之間物種組成是否有差異。另一方面看同一物種的豐度在不同組間的差異，具體描述為升高或降低。從物種組成柱狀圖中就可以來(lái)比較不同組間物種組成是否有差異，但這個(gè)差異不具有顯著性之說。 

圖2. 物種組成柱狀圖

1. Alpha多樣性分析

1. 韋恩圖

4. 功能預(yù)測(cè)分析

圖9. 預(yù)測(cè)的KEGG二級(jí)功能通路豐度圖

    關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)分析，可以用來(lái)展示樣本與物種之間的分布情況，通過對(duì)不同樣本間的物種豐度信息進(jìn)行相關(guān)性分析。在微生物生態(tài)學(xué)的關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)圖中，每個(gè)點(diǎn)可以代表群落中的一個(gè)ASV/OTU，兩個(gè)點(diǎn)之間是正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)可以通過連線的顏色進(jìn)行區(qū)分。此分析的作用是探究樣本中是否存在關(guān)系緊密的微生物，發(fā)揮特定的功能，并影響整個(gè)群落的組成變化，所以文章中是否選擇此分析必須要結(jié)合老師的研究思路。

    微生物擴(kuò)增子測(cè)序中還有許多其它分析內(nèi)容，以上是一些常用的基礎(chǔ)分析，在文章結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)時(shí)，可以選擇其中幾個(gè)分析進(jìn)行組合，有些是必須要有的，有些則需要結(jié)合實(shí)驗(yàn)研究目的進(jìn)行選擇。對(duì)于初次接觸測(cè)序的老師，一定不要被分析圖片的美貌所引誘，看起來(lái)復(fù)雜和精美的圖片可能并不能很好的解釋我們要討論的結(jié)果，反而會(huì)增加分析難度，根據(jù)文章目的取材，掌握最基礎(chǔ)的分析內(nèi)容，足以支撐起一篇文章的結(jié)構(gòu)。