抗原肽指具有免疫原性的多肽或抗原衍生肽。根據(jù)它們?cè)谶M(jìn)入加工途徑前所處的位置,將抗原肽分為內(nèi)源性抗原肽和外源性抗原肽的。在胞質(zhì)內(nèi)加工的任何抗原，無(wú)論是自己的，還是非已的都稱為內(nèi)源性抗原；而進(jìn)入內(nèi)體加工的都稱為外源性抗原。

外源性抗原與APC（抗原提呈細(xì)胞）結(jié)合、內(nèi)化，形成內(nèi)體，在內(nèi)體或溶酶體中，抗原被蛋白酶降解成多肽，少部分多肽與MHC分子結(jié)合，形成抗原肽-MHC分子復(fù)合物，其中降解成的多肽即為抗原肽。

因此，自身的蛋白質(zhì)，如可溶性MHC分子，或細(xì)胞膜結(jié)合的蛋白質(zhì)分子，如被APC攝入后進(jìn)入內(nèi)體加工，則雖然為自身蛋白，也稱為外源性抗原，反之，在宿主細(xì)胞中復(fù)制的病毒、在宿主細(xì)胞中產(chǎn)生的病毒蛋白和胞內(nèi)感染的病原體等雖屬非自身蛋白，但由于存在于胞質(zhì)內(nèi)，也稱為內(nèi)源性抗原。外源性抗原和內(nèi)源性抗原在細(xì)胞內(nèi)加工的部位，所結(jié)合的MHC種類(lèi)以及與MHC分子發(fā)生結(jié)合的區(qū)室是截然不同的，加工過(guò)程中涉及的酶、細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)過(guò)程中所需要的信號(hào)或伴隨蛋白等也是不同的。