原文作者：Jeffrey M. Perkel

像參考文獻管理軟件這種實用性工具都能讓用戶產生很大的反響。拿醫(yī)生Ben Goldacre的例子來說，他在自己的推特上提到過至少五次Paperpile（一種與谷歌文檔高度集成的訂閱型文獻管理器），稱贊它“太棒了”“妙極了，史上最佳”“好用到讓人不·敢·相·信”。Goldacre是英國牛津大學循證醫(yī)學中心數據實驗室的主任，他解釋說：“Paperpile不會讓我經常因為出離憤怒而想給自己的臉上來那么一拳，我還是第一次用到這樣的文獻管理器。它杰出而完美?！?/p>

繪圖：The Project Twins

這是因為Paperpile與Goldacre團隊的工作流程非常契合。參考文獻管理軟件，又稱引文管理器，可以執(zhí)行一系列互相關聯(lián)的功能：檢索文獻、儲存與整理論文及其補充材料的PDF文件、生成參考文獻、培養(yǎng)合作關系。該類軟件的數量有幾十種之多，如EndNote、Mendeley Reference Manager、ReadCube Papers、RefWorks、Sciwheel和Zotero。（ReadCube Papers是由Digital Science提供支持的，Digital Science是《自然》出版商施普林格·自然的大股東霍爾茨布林克出版集團旗下的一員。）

Goldacre團隊用谷歌文檔合作撰寫文章，因此對他而言，Paperpile與谷歌之間的無縫銜接讓他把選擇的天平傾向了這款軟件。而對于研究微生物組如何影響妊娠的博士生Emily Wissel來說，較之其它選項，Zotero免費、開源的特性使她對其青眼有加。

為了在她美國埃默里大學的博士項目中取得進展，Wissel需要通過系里要求的資格考試，那時她在引文方面遇到了困難。她之前用的一直都是谷歌學術搜索，但它只能導出少數幾種參考文獻的引用格式，而她的考試則要用到一種谷歌學術不支持的格式。Wissel沒有時間去學習使用新的軟件了，因此，她求助于在線參考文獻生成器，并且“盡可能地少引用，以減輕自己的痛苦”。數周以后，在一位大學圖書館員的建議下，她開始用Zotero在一份網絡雜志里插入引文，當時她在推特上有感而發(fā)：“我為何時至今日才開始使用引文管理器？？”

Michael Francavilla是美國費城兒童醫(yī)院放射科的一名兒科醫(yī)生，他把文獻管理器當作電子大腦——用它儲存自己從經手的病例中學到的東西，還能保存可用來與病人和實習醫(yī)生共享的圖像化信息?！坝谢驔]有這樣的軟件簡直是天差地別。”他說。

Francavilla在2018年發(fā)表的一篇綜述（M. L. Francavilla Pediatr. Radiol. 48, 1393–1398; 2018）里，列舉了在選擇文獻管理器時應考慮的一些基本指標（各文獻管理器測評匯總詳見附表）。這些變量包括：花費、云存儲的限制、操作系統(tǒng)兼容性以及對PDF文件添加注釋的支持。

一般來說，文獻管理器是擁有對應網絡界面的桌面應用程序，它允許研究者遠程訪問自己的個人“學術文獻庫”，即經過整理的參考文獻及其PDF文件的列表。此外，用戶還能通過瀏覽器插件輕松地從期刊頁面或其它的網上來源導入參考文獻。有些文獻管理器（包括Paperpile、RefWorks和Sciwheel）是完全基于網絡的，這意味著用戶不需要安裝或云同步。它們之中的大多數都提供移動端應用程序，讓用戶可以在自己的智能手機或平板電腦上閱讀及添加文獻。

Juliana Soares Lima是巴西塞阿拉聯(lián)邦大學的一名參考咨詢圖書館員，她還是Mendeley的軟件顧問，即志愿為Mendeley文獻管理器從事地方推廣的工作。Lima在使用其移動應用的時候發(fā)現(xiàn)，它可以便捷地保存自己在推特上找到的文獻，這對她的博士論文有所助益（其它文獻管理器也有此功能）。“該軟件有助于追蹤學界新近發(fā)表且經過整理的文獻。”她說。

大多數文獻管理器都允許用戶使用文件夾與標簽來管理自己的文獻庫，它們還能通過作者名、關鍵詞、正文和注解進行檢索。內置的PDF查看器讓用戶可以瀏覽文件，并以突出顯示關鍵段落及做筆記的方式對它們做注釋。外部搜索功能則可以讓用戶從PubMed或谷歌學術之類的地方導入文章，或者拿Mendeley來說，它自己就擁有一個超過1億篇論文的專門目錄。ReadCube Papers提供一項名為“增強式PDF”的體驗，它用補充材料和超鏈接來對PDF文件進行完善。

一些文獻管理工具會根據用戶文獻庫中已有的內容，來向用戶推薦他們可能感興趣的論文。Sciwheel可以在檢索中標記出被一項叫作Faculty Opinions的評級服務推薦過的文章，還能根據作者正在寫的文本提出建議。RefWorks則是與一個名為Leganto的文獻推薦工具集成在一起，Leganto能讓用戶將編制好的閱讀清單直接導入到RefWorks的文獻庫中。Zotero提供的插件是通過開放獲取數據庫Unpaywall來查找PDF文件的，Zotero還與博客“撤稿觀察”（Retraction Watch）合作，因而能標記已被撤稿的論文；ReadCube也有此功能。根據艾利貝斯集團（Ex Libris）產品經理Shalhevet Bar-Asher的說法，RefWorks正在添加對Unpaywall的集成。艾利貝斯集團是RefWorks的開發(fā)者，總部位于以色列耶路撒冷。

文獻管理器主要是組織管理工具，但對許多用戶而言，它們真正不可或缺的功能與組織管理無關。

例如，文獻管理器與文字處理軟件的集成，能讓用戶在寫作的過程中查找引文并將其插入到文檔里；此外，只需輕點鼠標，用戶就能以數千種期刊格式中的任意一種建立參考文獻列表并排版。如果沒有這樣的工具，即便只是小幅度的修改都可能讓文稿變得一團糟，更不用說為不同的期刊修改論文格式了?！澳钦嬗锌赡芟褙瑝粢粯?。”烏干達Busitema大學的生物化學家Yahaya Gavamukulya如是說。

Gillian Neff是美國費城科睿唯安（Clarivate）負責EndNote桌面版的產品經理，據她說，該軟件自從1993年開始就提供微軟Word的插件了。很多其它產品也紛紛效法：Paperpile、Sciwheel、Zotero、ReadCube Papers和RefWorks全部支持谷歌文檔，其中后兩者和Mendeley文獻管理器還支持網頁版的Word。Sciwheel則正在開發(fā)這項功能。

Barbara Rochen Renner是美國北卡羅來納大學教堂山分校的圖書館員，她認為文獻管理器為團隊工作提供的支持正變得越來越重要。“我一定會強烈建議研究者好好考慮某件產品在他們所做的、預期要做的、或是希望做的那類協(xié)作上，能提供多大的幫助?！?/p>

通常，文獻管理器允許研究者將自己的整個文獻庫或者其中一部分與同行共享，這在他們以團隊或共享知識庫的形式共同撰寫論文的時候可以派上用場。盧森堡大學的Sean Takats自2006年開始就負責Zotero的開發(fā)工作，據他介紹，截至今年五月，Zotero的用戶已經創(chuàng)建了大約200萬個公共和私人群組。像PDF文件這樣的附件共享一般來說是為私人團隊保留的功能，這類群組的大小可以從Mendeley的25人到Sciwheel的150人，而Paperpile、RefWorks和Zotero的群組大小則沒有上限。

Sciwheel的執(zhí)行董事Tiago Barros稱，除了文獻庫共享，他們的軟件還包括了項目共享、論文共享以及稿件的版本控制這些功能。另外，根據ReadCube Papers和EndNote的公司代表們的說法，他們的產品正著手開發(fā)在參考文獻庫中加入主題討論的功能。因為新冠疫情，“當下正值每個人都需要齊心協(xié)力做研究的時刻，而且我們還得在無法比鄰而坐的情況下做到這一點?！盢eff說道。

文獻管理器每項功能的重要性因人而異。2018年，Renner與他人合著的一篇論文（L. Murphree et al. Med. Ref. Serv. Q. 37, 219–233; 2018）顯示了不同用戶是如何對同一款軟件產生不同的功能需求的。舉例來說，醫(yī)生比較重視的功能可能有通過移動端的訪問、以及在下班回家后也可以使用的參考文獻庫，而濕實驗室的研究人員則更青睞團隊寫作、文獻推薦和程序的離線使用這些功能。

對Gavamukulya來說，文獻管理器的選擇主要取決于花費。在撰寫碩士論文的時候，他試用過EndNote，但因為Mendeley能夠滿足他的需求，而且還是免費的，他最終選擇了后者?！爸匾氖?，它集成有不同的文字處理器，而且用它從網上導入參考文獻也很容易?！盙avamukulya說，他現(xiàn)在也是Mendeley的軟件顧問。

Francavilla用的是Sciwheel——他所在的系里選用的文獻管理軟件。這是同時基于價格與實用性所做的決定：因為Sciwheel是網頁式工具，團隊成員無需安裝就可以隨時隨地使用它。不過他向其他人推薦的是Mendeley：它和Zotero一樣是免費的，但還提供2GB的網絡存儲空間（Zotero將附件大小限制在300MB，用戶可以通過每年最少20美元的付費來獲取額外的儲存空間）。

至于那些只想創(chuàng)建參考文獻列表的研究者，他們還有其它選擇：BibTeX用于以LaTeX排版系統(tǒng)生成的文檔，而基于GitHub的編寫工具Manubot則用于以格式化語言Markdown寫出來的文件。

此外，還有在線參考文獻生成器。例如，免費的網頁工具ZoteroBib可以讓用戶從將近一萬種期刊格式里選取一種，來建立文獻列表并對其進行排版，然后他們就可以把結果復制到剪貼板上或是直接發(fā)布在網上。

在選擇參考文獻管理工具時，請考慮你和你的合作伙伴的工作流程。需要考慮的其它因素還有易用性、客戶支持以及在不同軟件之間轉移資料的難易度。而Renner給出的建議是咨詢圖書館員?！叭绻闶切率?，而且不是凡事都喜歡單干的那類人，那么你大概想要了解你可以得到哪些支持、什么是免費的，還有大部分實驗室用的又是什么工具。”