天后宮即天妃圣母靈祠。相傳宋代福建莆田姓林的女子，在海難中勇救漁民，死后人們立廟祭祀她。自宋朝開始，一直到明朝，累有封賜。到清康熙十九年，加封為“海神天妃”，民間稱作“海神娘娘”。旅順天后宮，當(dāng)?shù)乩习傩樟?xí)慣上稱“大廟”。

旅順天后宮原址位于旅順港灣街，建于元代，是旅大地區(qū)最早建的天后宮之一。它既是官方祠祭的寺廟,也是民眾信仰的場所。有文字記載明清時期進行了三次大修，其中明朝兩次，清末一次。

據(jù)《旅大文獻征存》（卷六）記載：旅順口舊有的天妃圣母靈祠，在明代永樂年間便已“歲久倒塌不堪”。永樂乙酉（公元1405年）春三月，武臣保定侯孟善巡視旅順口時，參拜天后宮，見到祠廟年久失修，決定重修天妃圣母祠。永樂丙戌（公元1406年）二月廿六日動工，次年八月十五竣工。孟善及遼東都指揮徐剛于永樂六年（戊子，公元1408年）四月立“天妃廟記”石碑，詳述重修的經(jīng)過。

明嘉靖年間又重修一次，有“大明嘉靖二十四年，乙巳仲秋月重修”的碑文可證。

清光緒十二年（公元1886年）候補道員北洋前敵營務(wù)處兼船塢工程總辦劉含芳也曾整修一次。據(jù)《創(chuàng)修天后宮序》記載，那時的天后宮“如來菩薩諸佛殿，參錯掩映，官民祈禱，靈應(yīng)如響。香火由是鼎盛”。

康熙年間，旅順水師營官兵，每年春秋兩季乘木帆船出海巡哨。每次出海前，主帥帶領(lǐng)官兵到天后宮祈福祭祀，祈求護海之神保佑巡海平安。

光緒廿四年（公元1889年），俄國強租旅大，俄軍要在天后宮一帶修建海軍俱樂部。殖民當(dāng)局逼迫住持心一禪師拆毀廟宇。心一和尚姓李，安徽壽州人，原是清軍一個哨官。甲午戰(zhàn)后，落發(fā)出家。他秉性剛直，不畏強暴，具有愛國之心。為抗議俄軍拆廟，他組織廟里僧人搬運柴草，置于寺廟周圍。俄軍若強行毀寺，便與廟宇共存亡。俄軍見心一法師態(tài)度強硬，擔(dān)心引起眾怒，便拿出兩萬盧布做動遷補償。這筆補償費根本不夠用，沒辦法，佛家遇上俄國兵，有理說不清。歷經(jīng)元明清3個朝代的天后宮，只能另選地方，重建廟宇。