|
昨天給大家推薦了一本2區(qū)4分的生信友好型雜志Epigenomics（點(diǎn)擊查看），那么今天一起學(xué)習(xí)一篇2019年8月發(fā)表于Epigenomics的文章。標(biāo)題是Identification of long noncoding RNA RP11-169F17.1 and RP11-669N7.2 as novel prognostic biomarkers of stomach adenocarcinoma based on integrated bioinformatics analysis。文章利用多個(gè)網(wǎng)頁工具對(duì)STAD進(jìn)行研究，找到作用ceRNA，借鑒之前的結(jié)果，落實(shí)了與幽門螺桿菌感染相關(guān)的靶基因的表達(dá)差異，對(duì)ceRNA感興趣但對(duì)R不熟悉的同學(xué)可以借鑒這篇文章的思路。 01 研究思路 · 確認(rèn)差異表達(dá)lncRNA并進(jìn)行生存曲線繪制，找出影響生存的2個(gè)lncRNA（circlncRNAnet+GEPIA） · 構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)，lncRNA->miRNA->mRNA（UCSC，LncBook，lncLocator，AnnoLnc，miRTarBase） · 對(duì)靶基因進(jìn)行富集分析（Metascape） · 基于先前研究，確認(rèn)與幽門螺桿菌感染相關(guān)的基因 · 對(duì)確認(rèn)的靶基因進(jìn)行表達(dá)差異的探索(GEPIA) 02 結(jié)果 2.1差異表達(dá)lncRNA生存分析 利用circlncRNAnet網(wǎng)頁工具探索TCGA-STAD，閾值設(shè)定為|Log2 fold change|>4 and p-adjusted<0.01，篩選出47個(gè)上調(diào)和5個(gè)下調(diào)的lncRNA；然后利用GEPIA對(duì)以上差異表達(dá)的lncRNA進(jìn)行生存分析的研究，找到影響STAD生存的lncRNA，進(jìn)行OS和DFS生存分析曲線繪制；  2.2構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò) ceRNA發(fā)揮作用一般是在細(xì)胞質(zhì)，因此需要對(duì)lncRNA亞細(xì)胞定位進(jìn)行確認(rèn)，先從UCSC和LncBook獲得lncRNA序列，在lncLocator得到對(duì)于亞細(xì)胞定位的得分；利用AnnoLnc獲取對(duì)lncRNA靶向的miRNA，并在GEO胃癌數(shù)據(jù)集GSE54397進(jìn)行miRNA差異分析，最終確認(rèn)了8個(gè)miRNA；利用miRTarBase獲取8個(gè)miRNA的靶基因，最終確認(rèn) RP11-169F17.1的78個(gè)靶基因和RP11-669N7.2的154個(gè)靶基因。    2.3富集分析 利用Metascape對(duì)確認(rèn)的靶基因進(jìn)行富集分析，以柱狀圖和網(wǎng)絡(luò)圖展示每個(gè)lncRNA的靶基因富集的前20個(gè)term；   2.4分析靶基因與幽門螺桿菌 這里利用了作者之前研究的內(nèi)容，將靶基因與先前結(jié)果進(jìn)行對(duì)比繪制了維恩圖，并繪制相關(guān)的lncRNA、miRNA和mRNA網(wǎng)絡(luò)圖；  2.5驗(yàn)證潛在靶基因的表達(dá) 對(duì)兩個(gè)lncRNA與幽門螺桿菌感染相關(guān)的靶基因取交集，作相關(guān)分析，確認(rèn)出CDK6、CDK4、E2F3、CDC25A這4個(gè)基因并利用GEPIA研究其在TCGA-STAD中腫瘤和正常組的表達(dá)差異；  結(jié)語 文章研究TCGA-STAD從lncRNA入手，找到對(duì)應(yīng)靶向miRNA和靶基因，進(jìn)行富集分析，結(jié)合先前的幽門螺桿菌研究，梳理出4個(gè)潛在靶基因；在TCGA-STAD中確認(rèn)4個(gè)基因在正常和腫瘤樣本中具有表達(dá)差異 |
|
|
