TCGA的差異分析往往都能得到很多的差異基因，足以讓我們進(jìn)行后續(xù)的分析，這里要介紹的套路就是同時(shí)利用TCGA的mRNA，lncRNA，miRNA發(fā)揮作用，構(gòu)建ceRNA，這樣的結(jié)果一般都不會(huì)太差。這里可以給大家介紹一篇比較新的文章，這篇文章發(fā)表在Pathology & Oncology Research，該期刊的IF為1.935，也就是準(zhǔn)兩分的SCI。這篇文章的鏈接為：https://doi.org/10.1007/s12253-019-00655-8

這篇文章主要思路就是利用TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行構(gòu)建ceRNA，然后對(duì)差異基因進(jìn)行功能分析，對(duì)關(guān)鍵的lncRNA進(jìn)行生存分析，同時(shí)分析lncRNA與相關(guān)的mRNA的相關(guān)性，并且利用GEO數(shù)據(jù)進(jìn)行了一下驗(yàn)證。

文章摘要：

lncRNA-miRNA-mRNA的整合中心軸在腫瘤發(fā)展和進(jìn)展中起關(guān)鍵作用。然而，lncRNA-miRNA-mRNA在食管癌中的調(diào)節(jié)作用仍然難以捉摸。利用TCGA數(shù)據(jù)庫研究食管癌（ESCA）和正常食管組織中l(wèi)ncRNA，miRNA和mRNA的差異表達(dá)，并利用GEO數(shù)據(jù)庫進(jìn)一步驗(yàn)證關(guān)鍵基因的表達(dá)譜。將TCGA數(shù)據(jù)庫中的差異lncRNA提交給Starbase，并使用Kaplan-Meier和log-rank檢驗(yàn)分析與總體存活相關(guān)的lncRNA。我們發(fā)現(xiàn)145個(gè)lncRNAs，112個(gè)miRNA和2000個(gè)蛋白質(zhì)編碼mRNA在ESCA樣本中差異表達(dá)，這些樣本緊密參與染色體分離，通過GO測定進(jìn)行細(xì)胞外基質(zhì)組裝，KEGG測定揭示差異表達(dá)基因與細(xì)胞周期，細(xì)胞凋亡和細(xì)胞凋亡的相關(guān)性。 cGMP-PKG信號(hào)通路。此外，在ceRNA網(wǎng)絡(luò)中有291個(gè)節(jié)點(diǎn)，其由40個(gè)lncRNA，28個(gè)miRNA和233個(gè)mRNA組成，并形成677個(gè)關(guān)系。此外，TCGA數(shù)據(jù)庫中10個(gè)lncRNA中的6個(gè)與GEO數(shù)據(jù)庫一致，TCGA數(shù)據(jù)庫中10個(gè)mRNA的表達(dá)與GEO數(shù)據(jù)庫均表現(xiàn)出相同的趨勢(shì)。值得注意的是，我們發(fā)現(xiàn)8個(gè)lncRNA（WDFY3-AS2，CASC8，UGDH-AS1，RAP2C-AS1，AC007128.1，AC016205.1，AC092803.2和AC079949.2）與ESCA患者的總體存活率相關(guān)。關(guān)鍵的差異表達(dá)基因參與ESCA的發(fā)展和進(jìn)展，因此闡明lncRNA-miRNA-mRNA的功能將為ESCA患者提供新的治療靶點(diǎn)。