腫瘤基因組圖譜 (The Cancer Genome Atlas，TCGA) 計(jì)劃是由美國(guó)國(guó)家癌癥研究院（National Cancer Institute，NCI）和美國(guó)國(guó)家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年聯(lián)合啟動(dòng)的項(xiàng)目，目前共計(jì)研究33種癌癥類型。
TCGA利用大規(guī)模測(cè)序?yàn)橹鞯幕蚪M分析技術(shù)，從基因組、表觀遺傳組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組等多個(gè)層析解析癌癥的分子機(jī)制。最終完成一套完整的與所有癌癥基因組改變相關(guān)的圖譜以提高人們對(duì)癌癥發(fā)病分子基礎(chǔ)的科學(xué)認(rèn)識(shí)及提高我們?cè)\斷、治療和預(yù)防癌癥的能力。作為目前最大的癌癥基因信息的數(shù)據(jù)庫(kù)，TCGA蘊(yùn)藏著難以想象的寶貴信息。
通過(guò)整合分析TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中33種癌癥的基因組、表觀遺傳組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組等多組學(xué)數(shù)據(jù)，生物和醫(yī)學(xué)研究與應(yīng)用的利器AIPuFu平臺(tái)（www.）為廣大用戶開發(fā)了各種相應(yīng)的免費(fèi)應(yīng)用，能幫助用戶深度挖掘多種癌癥的多組學(xué)數(shù)據(jù)，探究腫瘤發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制（更多精彩請(qǐng)關(guān)注微信公眾號(hào)：AIPuFuBio）。
目前，AIPuFu平臺(tái)提供的TCGA數(shù)據(jù)挖掘應(yīng)用有：
1、《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》
2、《查詢各種癌癥與對(duì)照中基因的甲基化差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》
3、《查詢各種癌癥與對(duì)照中基因的差異表達(dá)情況（TCGA數(shù)據(jù)）》
4、《查詢各類腫瘤中兩個(gè)蛋白的表達(dá)水平相關(guān)性（CPTAC或TCGA數(shù)據(jù)）》
5、《查詢各類癌癥中不同類型基因變異情況總結(jié)（TCGA數(shù)據(jù)）》
6、《繪制各類腫瘤中給定基因/miRNA的表達(dá)或甲基化熱圖（TCGA數(shù)據(jù)）》
7、《查詢各類腫瘤中基因表達(dá)或甲基化水平相關(guān)性最高的前15個(gè)基因（TCGA數(shù)據(jù)）》
8、《查詢各類腫瘤與正常組織中基因的甲基化差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》
9、《查詢各類腫瘤與正常組織中基因的表達(dá)差異情況（TCGA數(shù)據(jù)）》
10、《查詢各類腫瘤中兩個(gè)基因啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化水平相關(guān)性（TCGA數(shù)據(jù)）》
11、《查詢各類腫瘤與對(duì)照的基因表達(dá)或miRNA表達(dá)火山圖（TCGA數(shù)據(jù)）》
12、《查詢各類腫瘤中基因的甲基化與表達(dá)水平之間的相關(guān)性（TCGA數(shù)據(jù)）》
13、《查詢各類腫瘤中基因突變的轉(zhuǎn)換和顛換比率情況（TCGA數(shù)據(jù)）》
14、《查詢各類腫瘤中基因突變與病人生存時(shí)間的關(guān)系（生存曲線，TCGA數(shù)據(jù)）》
15、《查詢各類腫瘤中基因突變對(duì)蛋白功能域的影響（TCGA數(shù)據(jù)）》
16、《查詢各類腫瘤中不同基因突變類型在臨床分期中的分布（TCGA數(shù)據(jù)）》
17、《查詢各類腫瘤中突變?cè)诨蛏系姆植技坝绊懀═CGA數(shù)據(jù)）》
18、《查詢各類腫瘤中不同基因突變之間的互斥和共現(xiàn)關(guān)系（TCGA數(shù)據(jù)）》
19、《繪制不同腫瘤中給定基因/miRNA的表達(dá)或甲基化熱圖（TCGA數(shù)據(jù)）》
20、《查詢各類腫瘤中兩個(gè)基因/miRNA的表達(dá)或甲基化相關(guān)性（TCGA數(shù)據(jù)）》
21、《查詢各類腫瘤中病人生存時(shí)間與基因表達(dá)的關(guān)系（生存曲線，TCGA數(shù)據(jù)）》
使用示例：
《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》
一、首先可通過(guò)兩種不同方式找到如下產(chǎn)品：
1、首頁(yè)（www.）–>所有產(chǎn)品分類–>動(dòng)物–>人–>TCGA-各類腫瘤數(shù)據(jù)–>查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）；
2、首頁(yè)（www.）–>搜索框–>輸入相關(guān)的關(guān)鍵詞“TCGA”–>查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）。
產(chǎn)品地址：****http://www./goods-507.html
二、功能和使用方法
**產(chǎn)品功能：****《查詢各類腫瘤不同性別、年齡、種族、臨床分期的生存曲線（TCGA數(shù)據(jù)）》**產(chǎn)品利用TCGA數(shù)據(jù)集中腫瘤的各種臨床信息，繪制特定腫瘤中選定屬性（如年齡、性別、種族、分期等）的生存曲線。
使用方法：
1、設(shè)置參數(shù)：
**(i)**在“TCGA腫瘤”中選擇您感興趣的一種腫瘤，有33種腫瘤可供選擇，示例中選擇了BRCA(Breast invasive carcinoma,乳腺浸潤(rùn)性癌)；
**(ii)**在“標(biāo)題”處輸入您想在圖中顯示的標(biāo)題，示例中為BRCA；
**(iii) **在“**屬性”**中選擇您感興趣的層面，有age（年齡），gender（性別），race（人種）和stage（臨床分期）四個(gè)層面可供選擇，示例中為stage；
**(iv)在“時(shí)間單位”**處選擇一種您想要您想在圖中使用的病人生存時(shí)間單位，目前僅支持month（月），示例中選擇了month；
**(v)**在“**時(shí)間范圍(month)****”**中選擇您想在圖中顯示的病人生存時(shí)間范圍，有60，120，240和不限四種選擇，示例中選擇了120；
**(vi)**若您勾選了“發(fā)送到郵箱”，結(jié)果將會(huì)同時(shí)發(fā)送到您的郵箱。
**(vii)**單擊“立即運(yùn)行”，結(jié)果圖片將在下方顯示。
具體如下圖所示：
**2、**上面的參數(shù)設(shè)置運(yùn)行的結(jié)果如下圖所示，結(jié)果顯示了乳腺癌中四個(gè)臨床分期的患者的生存時(shí)間存在顯著差異（P-value=2.28e-19）。您可在右上角“下載圖片”處下載該結(jié)果的PDF文件，從而可進(jìn)一步轉(zhuǎn)換為jpg、tiff、png等其他格式。
