但也有人不相信，這里面就有一個叫做路德的神學教授，1517年的一天他將所寫對贖罪券的九十五條看法，張貼在威登堡大學的教堂門口。在這九十五條看法中他完全否定了贖罪券的作用，并提出，每個人都可以和上帝直接溝通；《圣經(jīng)》才是信仰的唯一源泉；每個信徒都可以以自己的方式自由理解和解釋《圣經(jīng)》。

這九十五條看法迅速的傳遍了歐洲，很多人都有相同的想法。教皇知道后非常震驚，他命令路德承認錯誤，但路德當著許多人的面把教皇的命令燒了，很多人都站在了路德一邊，他們高呼路德萬歲。

教皇終于下令革除路德的教籍，但一個新的基督教在路德引領下逐步形成，我們稱為新教。另外路德還把圣經(jīng)翻譯稱德文，讓德國的普通人都可以自己閱讀圣經(jīng)。路德直接建立的宗教我們稱為路德會。

新教還有其他的杰出人物，如加爾文，加爾文不僅發(fā)展了新教的教義，還創(chuàng)立了一個新教的共和國，日內(nèi)瓦共和國。在共和國中加爾文廢除天主教的主教制，建立長老制；教會教職只包括牧師、長老和執(zhí)事；長老一般由有威信的信徒擔任。長老會議，由各教區(qū)民主選舉的代表組成。將日內(nèi)瓦劃分為數(shù)教區(qū)，各教區(qū)均由長老和教區(qū)的牧師團體處理政務，日內(nèi)瓦市議會由長老、牧師和上層市民組成，是最高的行政機構，擁有司法權。教會設立由長老會議和6名牧師組成的宗教法庭，審理各種案件。取締演戲和賭博，提倡節(jié)儉，反對奢侈，嚴禁一切浮華享樂的行為；鼓勵經(jīng)商致富，宣稱做官執(zhí)政，蓄有私產(chǎn)，貸錢取利，同擔任教會職務一樣，均可視為受命于“上帝”。加爾文的教義后來發(fā)展成為新教的主流，其中長老會發(fā)展的又快有多。

在宗教改革的運動中，印刷術起了重要的作用。宗教改革的起因當中有一個原因，即是《圣經(jīng)》很稀少只能由圣職人員閱讀。一般信徒無法閱讀到《圣經(jīng)》。然而印刷術的發(fā)明幫助改變了這種情況，圣經(jīng)被大量印刷，普通人都可以有機會閱讀，而這對于新教而言是必不可少的。