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實(shí)操:通過(guò)SEER數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)一篇SCI系列(七)

 大壯歌 2019-09-08

本周發(fā)現(xiàn)比特幣突破9萬(wàn)啦,這就是一個(gè)很小的圈子,不過(guò)“區(qū)塊鏈”、“比特幣”字眼逐漸開始進(jìn)入人們的視野,人們也許會(huì)好奇這是什么東西,也許從來(lái)都是不屑一顧,真的很少有人去真正了解并實(shí)踐。

通過(guò)過(guò)去9個(gè)月的每周定投,我也是擁有一枚比特幣的人了,如果我能一直持有20年,將會(huì)是怎樣一個(gè)畫面?

有時(shí)感覺人生好艱苦,尤其是在自己年輕的時(shí)候,總是向往著財(cái)富自由、心靈自由。但如果站在20年后回看現(xiàn)在的自己,會(huì)不會(huì)感激現(xiàn)在的自己雖然日子過(guò)得很苦逼,但至少還是個(gè)有信仰、有追求的人。

年輕時(shí)至少為一件事付出過(guò)深情,這才是最有意義的。

不說(shuō)了不說(shuō)了,還是老老實(shí)實(shí)寫我的SEER文章吧,雖然很苦,但是也要假裝很幸福嘛。

本周學(xué)習(xí)收獲是進(jìn)一步熟悉了R語(yǔ)言,以及一些簡(jiǎn)單的操作。還有就是利用R來(lái)進(jìn)行PSM(propensity score matching)傾向評(píng)分匹配。

在回顧性研究中,常常出現(xiàn)實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組基線不齊,容易產(chǎn)生選擇偏移,導(dǎo)致數(shù)據(jù)分析結(jié)果可靠性不佳。而傾向評(píng)分匹配,它能剔除掉兩個(gè)組基線差異較大的病例,剩下的進(jìn)行1:1匹配,從而將兩組基線數(shù)據(jù)匹配整齊。

本人碩士畢業(yè)論文也就是套用這個(gè)方法,當(dāng)時(shí)用的是SPSS來(lái)操作的,但是SPSS本身并不自帶PSM功能,必須自己安裝相應(yīng)的軟件(R軟件、SPSS R插件、PS matching插件),網(wǎng)評(píng)難度系數(shù)5顆星!渣渣我光是這個(gè)安裝過(guò)程就花了三個(gè)多月時(shí)間。

R語(yǔ)言的出現(xiàn),就沒有那么麻煩了,只需兩個(gè)安裝包及幾個(gè)程序命令就可以搞定,不得不說(shuō),想要更快更高效,還是得花更多時(shí)間去學(xué)習(xí)高大上的東西。

關(guān)于R及R studio的下載在系列二中已介紹過(guò),這里不再實(shí)操。接下來(lái)重點(diǎn)操作的是關(guān)于PSM的R studio實(shí)操。

實(shí)操:利用R studio來(lái)做PSM

1.打開R studio軟件,導(dǎo)入處理后的EXCEL數(shù)據(jù)表。

2.安裝PSM程序包:install-輸入“matchit”-install-再在matchit框框??,表示程序包已安裝好。

3.附上我的數(shù)據(jù)庫(kù)

命令:attach(肺癌數(shù)據(jù)處理xlsx)

4.賦值分組變量,例如研究腫瘤遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移與非遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移中,兩組病例的基線比較,此時(shí)需要賦值Mstage變量(注:這個(gè)變量只能用0或1表示,否則程序會(huì)報(bào)錯(cuò)),并執(zhí)行matchit的語(yǔ)句,進(jìn)行PSM計(jì)算。

命令:Mstage=as.factor(Mstage)

m.out=matchit(Mstage~Tstage+Nstage+gender,data =肺癌數(shù)據(jù)處理xlsx,method='nearest',ratio=1)

5.將結(jié)果輸出到新的data,我們可以看到數(shù)據(jù)處理前是20791例,匹配之后還剩下13154例。

命令:m.data1<-match.data(m.out)

6.輸出結(jié)果到EXCEL表格,將EXCEL后綴改為“csv”數(shù)據(jù)才能完整看到,最后可以進(jìn)一步行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。

命令:write.table(m.data1,'lungcancer1.csv',sep=',')

搞定這六步,利用R語(yǔ)言就可以完成PSM就成功啦,聽起來(lái)就很牛逼。但我還是有點(diǎn)疑惑,就是關(guān)于卡鉗的取值,R語(yǔ)言似乎沒有,這似乎不太合理,我有時(shí)間問(wèn)問(wèn)牛人。

自己寫了這么多,基本的套路我大概都掌握了,是不是應(yīng)該嘗試考慮下我的第一篇SCI題目方向了?

清晨毒雞湯來(lái)一碗:你唯一的對(duì)手,就是昨天的自己。

早安,各位!

END



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