局灶感染理論上可發(fā)生在人體的任一器官，明確感染病原體是疾病診斷及患者預(yù)后的關(guān)鍵之一 。近來已有多篇mNGS用于血流、呼吸系統(tǒng)、中樞神經(jīng)系統(tǒng)以及骨關(guān)節(jié)感染方面的文章發(fā)表。目前缺乏mNGS用于局灶感染方面探究，因此，本文重點(diǎn)探究mNGS在局灶感染方面的臨床應(yīng)用及診斷價值。

局灶感染可發(fā)生在人體的不同部位

本研究納入2017年3月-12月在華山醫(yī)院就診的98位疑似局灶感染的患者，局灶感染的判斷標(biāo)準(zhǔn)如下：

局灶感染的判定標(biāo)準(zhǔn)

所有采集的樣本進(jìn)行培養(yǎng)、涂片或組織樣本進(jìn)行組織病理或細(xì)胞學(xué)檢測，另外，臨床醫(yī)生可按需進(jìn)行其它傳統(tǒng)微生物檢測如Xpert MTB/RIF，同時送檢mNGS檢測，對于mNGS陽性樣本進(jìn)行PCR復(fù)核。根據(jù)檢測結(jié)果，最終分為確診的、可能的、以及非局灶性感染三類，具體臨床的診斷標(biāo)準(zhǔn)如下：

局灶感染最終診斷標(biāo)準(zhǔn)

98例入組患者中，確診的局灶感染67例，可能的局灶感染6例，非局灶感染22例，具體各方法學(xué)的檢測結(jié)果見下圖：

入組患者的最終診斷結(jié)果

與培養(yǎng)、其它傳統(tǒng)方法學(xué)相比，mNGS陽性率一致率顯著提高，不同方法學(xué)聯(lián)合可進(jìn)一步提高局灶感染的陽性率。

不同方法學(xué)在檢測局灶感染方面的結(jié)果對比

本研究中，肺炎克雷伯菌檢出的樣本個數(shù)位居第一，mNGS首次協(xié)助臨床診斷了豬皰疹病毒的跨物種傳播，也檢出了培養(yǎng)陽性率很低或耗時的病原體如創(chuàng)傷弧菌、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群等，具體檢出病原體的分布可參見下圖：

mNGS與培養(yǎng)檢出的病原菌分布

與傳統(tǒng)微生物方法如涂片、培養(yǎng)相比，mNGS的TAT在31-55個小時之間。雖然部分病原體傳統(tǒng)方法可以在24小時以內(nèi)給出革蘭氏染色結(jié)果，但陽性率相對較低而且難以鑒定到具體菌種，因此mNGS對于特定的菌種有一定的時間優(yōu)勢。

mNGS與培養(yǎng)、涂片方法學(xué)的TAT對比

本文進(jìn)行了一項(xiàng)mNGS用于局灶感染的單中心研究，結(jié)果表明mNGS可用于多種局灶樣本類型的檢測以及為局灶感染提供有價值的檢測結(jié)果。

文章作者之一，微遠(yuǎn)基因李永軍認(rèn)為，既往研究成果主要集中在案例報道和小樣本的方法學(xué)評估，2019年關(guān)于方法學(xué)評估的研究將會持續(xù)進(jìn)行，將會進(jìn)一步細(xì)分到不同的感染領(lǐng)域。未來方向以大樣本和大數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，對mNGS的現(xiàn)有流程進(jìn)行不斷的優(yōu)化和標(biāo)準(zhǔn)化，進(jìn)一步提高mNGS的檢測性能。

[1]??Hao-Cheng Zhang , Jing-Wen Ai , Peng Cui , Yi-Min Zhu ,

Yong-Jun Li , Wen-Hong Zhang , Incremental value of metagenomic next generation sequencing

for the diagnosis of suspected focal infection in adults, Journal of Infection (2019), doi:

https:///10.1016/j.jinf.2019.08.012