洪武十三年（1380年），朱元璋廢除丞相制。將丞相的全部工作攬下，于是全國各地的文書如雪花般飛進(jìn)了朱無璋的案新首。為了減輕負(fù)擔(dān)，朱元璋引用四輔官，但這些人行政經(jīng)驗(yàn)不足，后二年又調(diào)用翰林院的學(xué)士、編修等官員在殿閣辦事，協(xié)助皇帝處理一些文字工作。因?yàn)樗麄兂３鋈氲铋w，故時人稱之為內(nèi)閣學(xué)士。

明成祖即位后，繼續(xù)使用翰林官輔政，調(diào)用翰林院侍讀黃淮、胡廣等人入值文淵閣，代皇帝起草詔敕，審訂文書。因成祖非常勤政，事必躬親，這些閣員的作用不大，官品也很低，僅為五品官。

原本內(nèi)閣只是皇帝的咨詢機(jī)構(gòu)，最后的決定還是在皇帝手中。可做為一個大統(tǒng)一王朝，每天的奏章可謂如星海，一天接著一接，源源無絕。如此情況在太祖與成祖二位“工作狂”手里，還算順利。可傳到他們子孫手里，情況就越發(fā)不對了。新任皇帝往往沒有與祖先般的精力，如此往往下，“內(nèi)閣”的性質(zhì)就開始變味了。

明仁宗時，調(diào)禮部侍郎楊士奇、太常卿楊榮為大學(xué)士，入閣辦事。以后，以侍郎、尚書身份入閣的官員越來越多，隨著這些朝廷高官的入閣，以及他們事權(quán)的擴(kuò)大，內(nèi)閣地位越來越顯赫，尤其是原本由皇帝批閱的奏本，開始由內(nèi)閣代替皇帝批閱，并以“票擬”的形式，提出初步的處理意見，供皇帝參考。

至明中葉，遂以大學(xué)士為內(nèi)閣長官，替皇帝起草詔令，批答奏章，承辦政務(wù)，其本身官階在尚書、侍郎下，但實(shí)權(quán)甚重。稍后，以尚書、侍郎入閣辦事，兼大學(xué)士，加官至一品，位望益尊，貴極人臣。雖無宰相之名，而有宰相實(shí)權(quán)，號稱輔臣。

內(nèi)閣權(quán)力的擴(kuò)大在弘治以后尤其明顯。這時的內(nèi)閣地位已躍居六部之上。弘治四年（1491），丘濬以禮部尚書的身份進(jìn)入內(nèi)閣，吏部尚書王恕也同時加官太子太保，兩人都官居一品，按理吏部為六部之首，王恕地位應(yīng)該高于丘濬，但是因?yàn)榍馂F為內(nèi)閣大學(xué)士，結(jié)果在朝廷宴會上，丘濬位次卻在王恕之上，王恕為此大發(fā)脾氣。

后來明確規(guī)定，內(nèi)閣班列六部之上，六部成為內(nèi)閣之下的具體辦事機(jī)構(gòu)。同時內(nèi)閣中出現(xiàn)了首輔、次輔、群輔等稱謂。如此，以后的內(nèi)閣中，有一人主持內(nèi)閣事務(wù)，專門應(yīng)對皇帝召見詢問，稱為首輔。

首輔如何鑒定，一般依進(jìn)閣時間而定，還有依資歷深淺（如是那年進(jìn)士，三甲名次等等），還有皇帝親定。如此困難，做首輔自然有好處——票擬權(quán)。

所謂“票擬”先就奏章問題，提出多種初步的處理意見，供皇帝參考。然后皇帝選擇一條，用紅筆批點(diǎn)文字，稱“批紅”，意味著可以照這條辦。后來的皇帝連內(nèi)閣處理意見都不看，“批紅”就交給太監(jiān)辦，如此才出現(xiàn)閹黨橫行的情況。

票擬權(quán)只有首輔有，其它閣員不得染指。從而出現(xiàn)了一批權(quán)臣，如世宗時期的首輔楊廷和，曾經(jīng)4次封還皇帝的御批。嚴(yán)嵩做首輔時期，更是唯我獨(dú)尊，攬政擅權(quán)，威福自專。徐階繼任首輔之后，他曾營救因上疏指責(zé)皇帝過失而被定為死罪的戶部主事海瑞。又在景王死后，他上奏將景王霸占的陂田數(shù)萬頃還給了百姓，使老百姓歡欣鼓舞，奔走相告。人們稱他為“名相”。

做首輔最有名的未過于明未名相——張居正。

張居正居首輔之位，理政十年。實(shí)行一系列改革措施。財(cái)政上，清仗田地、推行“一條鞭法”，總括賦、役，皆以銀繳，"太倉粟可支十年，周寺積金， 至四百余萬"；軍事上，任用戚繼光、李成梁等名將鎮(zhèn)北邊，用凌云翼、殷正茂等平定西南叛亂；吏治上，實(shí)行綜核名實(shí)，采取“考成法”考核各級官吏，“雖萬里外，朝下而夕奉行”，政體為之肅然。

續(xù)了明朝近六十年國運(yùn)

自張居正死后，首輔權(quán)力過重，更加招致皇帝不滿。“威權(quán)日盛，則謗議日積；謗議日積，則禍患愈深，故自世宗以來，宰相未有能保全身名而去者。”

萬歷從張居正死后就沒有上過朝，君臣互不相識，皇帝往往將朝政委之于宦官，宦官首領(lǐng)可以代替皇帝“批紅”，內(nèi)閣職權(quán)漸為宦官所奪，這種情形直至明朝滅亡。

雖然內(nèi)閣曾經(jīng)權(quán)重一時，但是明朝的內(nèi)閣大學(xué)士并不等同于前朝的宰相。首先它沒有辦事的治所，也沒有屬官，其權(quán)力來自于“票擬”，并且“票擬”也必須符合皇帝的心意，否則就會失去皇帝的信任。同時六部的職權(quán)并沒有被內(nèi)閣所侵奪，仍然是執(zhí)行政務(wù)的最高機(jī)構(gòu)。