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cBioPortal整合了來自TCGA,CCLE以及幾個(gè)獨(dú)立的大型腫瘤研究項(xiàng)目的數(shù)據(jù)，構(gòu)建了一個(gè)易于使用的網(wǎng)站，不需要有深厚的計(jì)算機(jī)功底，也可以通過該網(wǎng)站查詢，分析，可視化腫瘤的相關(guān)結(jié)果。 針對該網(wǎng)站的使用，官方專門發(fā)布了對應(yīng)的文章，鏈接如下
該網(wǎng)站的網(wǎng)址如下
在該網(wǎng)站中，存儲了腫瘤的多種組學(xué)數(shù)據(jù)，列表如下
將每個(gè)腫瘤研究的相關(guān)結(jié)果作為一個(gè)study, 可以方便的針對一個(gè)或者多個(gè)study的數(shù)據(jù)進(jìn)行探究。以探究單個(gè)study的分析結(jié)果為例，過程如下 需要經(jīng)過4個(gè)步驟，第一步選擇感興趣的study,第二步選擇需要查看的組學(xué)數(shù)據(jù)，在一個(gè)study中，可以包含突變， CNV, 表達(dá)譜等多種組學(xué)數(shù)據(jù)，支持篩選其中的部分?jǐn)?shù)據(jù)進(jìn)行查看，第三步對樣本進(jìn)行選擇，在數(shù)據(jù)庫中有定義好的樣本列表，也支持自定義，第四步選擇需要查看的基因，數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)有定義好的腫瘤中研究的通路對應(yīng)的基因列表，當(dāng)然也支持自定義了，圖示如下 經(jīng)過上述四步之后，點(diǎn)擊submit query就可以查看結(jié)果了。以下列study為例，
結(jié)果頁面包含的內(nèi)容如下 1. OncoPrint以熱圖的形式展現(xiàn)樣本中mutations和CNAs的分布情況，每一行為一個(gè)基因，每一列代表一個(gè)樣本，示意如下 2. Cancer Type Summary以堆積柱狀圖的形式，展示mutations和CNAs的構(gòu)成，示意如下 3. Mutual Exclusivity將一個(gè)基因上存在變異的樣本個(gè)數(shù)作為一個(gè)集合，通過對兩個(gè)基因?qū)?yīng)的集合進(jìn)行分析，來分析兩個(gè)基因在腫瘤中的是互斥還是共發(fā)生，結(jié)果示意如下 4. Plots通過多組學(xué)數(shù)據(jù)對樣本的分布進(jìn)行可視化，結(jié)果示意如下 5. Mutations查看每個(gè)基因上突變位點(diǎn)的詳細(xì)信息，示意如下 6. Co-expression根據(jù)基因表達(dá)量的數(shù)據(jù)，分析共表達(dá)的基因，結(jié)果示意如下 7. Enrichments富集分析的結(jié)果，示意如下 8. Survival根據(jù)在查詢基因上有無變異將樣本分為兩類，比較兩類樣本生存數(shù)據(jù)的差異，結(jié)果示意如下 9. CN Segments通過IGV基因組瀏覽器，查看CNAs在染色體上的分布情況，示意如下
10. Network展示基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，示意如下
11. Download下載數(shù)據(jù)，示意如下
cBioPortal功能非常的強(qiáng)大，更多用法請參考官方的幫助文檔。 ·end· |
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