基于TCGA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘發(fā)表的文章是層出不窮，也有一波優(yōu)秀的TCGA數(shù)據(jù)分析網(wǎng)頁工具涌現(xiàn)出來。DNA甲基化是目前研究得較為深入的表觀遺傳學(xué)修飾，研究時(shí)采用最多的是illumina的450K芯片。今天給大家介紹的是一款針對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫450K甲基化芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的工具—MethSurv（https://biit.cs./methsurv/）。

進(jìn)入網(wǎng)頁后，網(wǎng)頁左邊欄目的選項(xiàng)解讀如下：   

以STAD的ALK基因在island的1st Exon區(qū)域cg02355885探針為例進(jìn)行分析。我們可以看到分組時(shí)的方法，不同的選項(xiàng)表示分組時(shí)所選擇的切割點(diǎn)不一樣，其中best表示為5種切割方法中p-value最顯著的點(diǎn)。

下圖所示的是密度圖，根據(jù)分割點(diǎn)的值不一樣，將其進(jìn)行分組。

Splitting of methylation bymedian

可以看到生存分析結(jié)果。

我們還可以對(duì)不同的臨床因素進(jìn)行分析，分析不同因素對(duì)甲基化的影響。

以clinical_stage為例，展示在不同等級(jí)的腫瘤中的甲基化的情況。

該網(wǎng)頁也顯示了生存分析結(jié)果的總結(jié)，提供圖形的下載，也提供超鏈接可以在其他數(shù)據(jù)庫中查看到該基因的信息。

用戶也可以自行選擇癌種和染色體，然后直接查看該染色體上探針的生存分析結(jié)果。

選擇一個(gè)探針后，也可以顯示生存曲線圖。

最后，網(wǎng)頁提供每個(gè)基因所有探針的熱圖。用戶可以自行選擇癌種和基因。

如下圖所示的熱圖中，網(wǎng)頁對(duì)樣本的信息和探針的信息進(jìn)行了注釋。

怎么樣，學(xué)會(huì)了嗎？趕緊去研究一下自己感興趣的基因吧！