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在科研界的江湖中，流傳著兩大神器——Graphad和 ImageJ，堪稱數(shù)據(jù)圖像分析處理的“倚天劍”和“屠龍刀”。確實，它倆一經(jīng)問世，就翻著花樣包裝處理著實驗結(jié)果（原數(shù)據(jù)及圖片），使其從屌絲瞬間逆襲為高富帥，這才能榮登高大上的期刊雜志?，F(xiàn)如今，已鮮有軟件能奪其鋒芒了。

尤其就ImageJ（官網(wǎng)：https://imagej./ij/ , 不受電腦系統(tǒng)限制）這個圖像分析大殺器，WB灰度定量、細(xì)胞計數(shù)等完全不在話下，傻瓜式操作可簡單粗暴對圖像進(jìn)行抽絲剝繭般的分析，讓實驗結(jié)果所暗藏的規(guī)律清晰明了地呈現(xiàn)你的面前。

然而，這還僅僅只是ImageJ小試牛刀，不少潛能還隱藏在深海之下。最近，ImageJ再次按捺不住一腔熱血，劍芒所指，誓要把細(xì)胞劃痕實驗以及細(xì)胞共定位收入囊下。各位科研志士們，還不速速習(xí)來，為自己苦心撰寫論文再添一抹亮色。

再說這細(xì)胞劃痕實驗（Wound Healing），它在細(xì)胞遷移/腫瘤侵襲方面確是一把好手。

在人為的給鋪板的單層細(xì)胞劃開一個空白無細(xì)胞地帶后，劃痕邊緣的細(xì)胞便會努力遷移并逐漸覆蓋空白區(qū)域來使劃痕愈合，在一定程度上模擬了體內(nèi)細(xì)胞遷移過程。

因而只需統(tǒng)計劃痕面積（Scratch Area）隨著時間的變化率以及傷口愈合百分比（Wound healing percentage），即可對細(xì)胞的侵襲性了如指掌。

A549劃痕實驗

ImageJ分析細(xì)胞劃痕面積

那么如何在ImageJ中實現(xiàn)上圖劃痕面積和傷口愈合百分比的分析呢？且小編娓娓道來。

打開ImageJ軟件，其界面如下：

File，Open，選擇待分析圖片（A549），界面如下：

增強(qiáng)對比：Process，Enhance Contrast，出現(xiàn)如界面：

勾上Normalize，Saturated pixels：0.3%，點擊OK，效果如下：

Process，Smooth（平滑），效果如下：

Process，F(xiàn)ind Edges（尋找邊緣），效果如下：

Image，Adjust，Threshold，閾值選定，選中為紅色，調(diào)節(jié)閾值為0—20。點擊Apply。

效果如下：

選擇魔棒工具，魔棒工具位于下圖右下角：

點擊黑色的劃痕部分，效果如下：

點擊Analyze，Measure，結(jié)果如下，劃痕面積Area為43328平方像素。根據(jù)最開始的劃痕面積，跟某一時間愈合的那一部分面積（最開始面積-某時間點的面積）與最初面積的比值即可得到傷口愈合的百分比。

由此我們得到了劃痕面積（Scratch Area）隨著時間的變化、傷口愈合百分比（Wound healing percentage），進(jìn)行后續(xù)統(tǒng)計分析即可。

將劃痕面積輪廓添加到原圖片（見下圖），如何實現(xiàn)？

Analyze，Tools，ROI Manager，出現(xiàn)以下界面：

將魔棒選中的ROI添加添加進(jìn)ROI Manager，點擊Add，選擇右下方的Show All和Labels。

重新打開A549圖片原圖，點擊Image，Overlay，F(xiàn)rom ROI Manager，得到如下界面：

PS：關(guān)于面積單位，如果不進(jìn)行標(biāo)尺校正，得到的長度單位為pixel像素，面積單位為平方像素pixel2。

上圖的左上角可以看見圖片的大小為347x236 pixels，即A549圖片未進(jìn)行標(biāo)尺校正。如何進(jìn)行標(biāo)尺校正：

打開一張帶有標(biāo)尺的圖片，如下圖（標(biāo)尺見右下角）：

選擇直線工具：

沿著標(biāo)尺畫一條直線，如下圖：

點擊Analyze，Set Scale

點擊Click to Remove Scale，在Known distance下填入已知的長度50μm，Unit of length填入對應(yīng)單位，選擇Global為對之后打開的圖片都有效，否則只對當(dāng)前圖片有效。

點擊OK

此時圖片左上角的圖片大小長和寬變?yōu)榱宋⒚祝缦聢D：

若此時再進(jìn)行面積或長度的計算，單位就是已經(jīng)校準(zhǔn)的單位了。

細(xì)胞共定位

File , Open打開想要分析的兩張熒光圖片。如下圖

將兩幅圖片變成圖像棧，image， stacks ， images to stack，彈出以下界面：

點擊OK,即可通過滾動條在同一個圖像棧查看兩幅圖片。

選擇直線工具：，在圖像棧中的一幅圖片中的目標(biāo)區(qū)域畫一條直線，我們發(fā)現(xiàn)兩幅圖都會出現(xiàn)相同的直線。

Analyze菜單下，點擊Plot Profile，可彈出一個關(guān)于以線起點到終點為距離的X軸以及相應(yīng)的灰度值的窗口。圖像棧中每一幅圖片都有對應(yīng)結(jié)果，當(dāng)滾動滾動條轉(zhuǎn)換不同圖片的時候，點擊“l(fā)ive”，結(jié)果就會彈出來。

圖像棧中每幅圖對應(yīng)的距離與灰度值二維的結(jié)果圖

點擊“l(fā)ist”按鈕，可以彈出具體X、Y數(shù)值的結(jié)果窗口，也可以點擊“Save”按鈕，保存以excel文件的數(shù)據(jù)。

分別點擊“l(fā)ist”，得到相應(yīng)的X， Y軸數(shù)據(jù)

點擊Save保存excel數(shù)據(jù)

可以利用excel作圖，使圖形更加美觀（這里沒有具體調(diào)節(jié)圖形，只調(diào)節(jié)個別細(xì)節(jié)，excel作圖不再贅述，見下圖）。圖中，我們可以看出代表red，blue兩種染料有共定位的現(xiàn)象。

excel對結(jié)果的作圖