MicroRNA（miRNA）屬于smallncRNAs，是單鏈的短RNA，長度在22nt左右。MicroRNA是基因表達(dá)的主要調(diào)節(jié)分子。MicroRNA以序列互補(bǔ)的方式與特異靶mRNA結(jié)合，通過降解靶mRNA或抑制其蛋白翻譯調(diào)控靶基因的表達(dá)。MicroRNA不但在基本的生物過程，如發(fā)育、應(yīng)激反應(yīng)、代謝和基因組完整性維持等方面有基本而重要的調(diào)控作用；在疾病的發(fā)生發(fā)展全過程中，也發(fā)揮重要的調(diào)控作用。

今天小編來給大家講一下常規(guī)microRNA表達(dá)譜芯片分析，大家注意作好記錄奧，流程如下：

分步流程：

1. 芯片預(yù)處理與標(biāo)準(zhǔn)化

2. 篩選差異表達(dá)microRNA

3. microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等

4. microRNA靶基因預(yù)測，基于多數(shù)據(jù)庫整合的靶基因預(yù)測以及上海豐核自主知識產(chǎn)權(quán)的預(yù)測軟件同時(shí)識別

5. 對預(yù)測的microRNA的靶基因進(jìn)行GO富集分析通路富集分析等

同時(shí)，常見個(gè)性化分析如下：

1. microRNA網(wǎng)絡(luò)分析：

a)        microRNA靶基因失調(diào)網(wǎng)絡(luò)，在疾病發(fā)生的過程中，某些microRNA可能失調(diào)了它的靶基因造成正常的調(diào)控功能異常，從而造成疾病的發(fā)生

b)       microNRA功能協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò)，正常機(jī)體中多個(gè)microRNA同時(shí)調(diào)控某一靶基因很常見，從而達(dá)到共同調(diào)控某種生命過程的目的，而在疾病個(gè)體中可能出現(xiàn)調(diào)控同一功能的microRNA同時(shí)出現(xiàn)了差異的表達(dá)，這種異常的協(xié)同作用可能是疾病發(fā)生的原因。下圖為一個(gè)示例協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò)：

2. microRNA與其他芯片整合分析：

a)    microRNA芯片與lncRNAs芯片結(jié)果聯(lián)合分析（ceRNA Analysis）。根據(jù)ceRNAs（competingendogenous RNAs，競爭性內(nèi)源RNAs）假說，mRNAs和長鏈非編碼RNAs（long non-codingRNAs，LncRNAs）間通過使用microRNA響應(yīng)元件（microRNA responseelements，MREs）作為一種“語言”彼此間進(jìn)行“通信”，形成一個(gè)復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，在病理?xiàng)l件下（例如癌癥），發(fā)揮著重要的作用。通過聯(lián)合microRNA表達(dá)譜和Arraystar LncRNA芯片結(jié)果，能夠找出最有可能的ceRNA，并繪制ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。上海豐核信息科技有限公司通過分析尋找感興趣的lncRNA 的ceRNAs，進(jìn)而構(gòu)建miRNA、lncRNA和ceRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從而揭示ceRNA通過競爭性結(jié)合miRNA來調(diào)控目的lncRNA的新的調(diào)控模式。適用范圍：同時(shí)具有miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)和LncRNA芯片數(shù)據(jù)的樣品。

b)   microRNA與mRNA芯片整合分析。根據(jù)表達(dá)譜芯片結(jié)果和miRNA芯片結(jié)果聯(lián)合分析，進(jìn)一步定位差異miRNA發(fā)揮功能的途徑以及相應(yīng)的差異表達(dá)靶基因可能引起的生物學(xué)通路變化。首先利用差異表達(dá)的miRNA找尋靶基因，將其與表達(dá)譜中的差異表達(dá)基因取交集。這樣能找到既是差異miRNA的靶基因又在表達(dá)譜芯片中差異表達(dá)的基因，可以進(jìn)一步縮小miRNA可能影響的基因的范圍，能夠更加準(zhǔn)確地研究這些基因所發(fā)揮的生物學(xué)功能。適用范圍：同時(shí)具有mRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)和microRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)的樣品，一般情況下用于分析的差異miRNA數(shù)目應(yīng)小于10個(gè)。

c)   microRNAs與DNA甲基化芯片結(jié)果聯(lián)合分析。DNA甲基化和microRNA調(diào)控是兩種重要的表觀遺傳現(xiàn)象。研究表明，特定microRNA能夠作為腫瘤抑制microRNA靶向DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNAmethyltransferase，DNMT）。例如miR-29家族microRNA靶向DNMT 3A和3B，導(dǎo)致全基因組DNA甲基化的改變。同時(shí)，抑癌microRNA的啟動子甲基化程度的改變也會影響癌癥（例如多發(fā)性骨髓瘤）的發(fā)生。聯(lián)合 microRNAs和DNA甲基化芯片結(jié)果能夠研究兩者之間的復(fù)雜調(diào)控關(guān)系，更好地理解癌癥發(fā)生的機(jī)制。適用范圍：同時(shí)具有microRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)和甲基化譜數(shù)據(jù)的樣品。

3. 與臨床數(shù)據(jù)整合分析