解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1842天

ceRNA是真核生物體內(nèi)存在的一種具有相同miRNA反應結(jié)合元件的多個RNA分子競爭性的與miRNA結(jié)合，從而形成的一種相互調(diào)節(jié)機制。

由于miRNA調(diào)控的RNA（可以是mRNA、lncRNA或者circRNA）非常的多，而一個RNA又受多個miRNA調(diào)控，這就使得ceRNA調(diào)控在細胞內(nèi)非常的普遍。

今天給大家介紹通過starbase這個超好用的數(shù)據(jù)庫工具尋找ceRNA。網(wǎng)址還是http://starbase./ 哦！

通過這個工具，可以搜索mRNA-mRNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)，lncRNA與lncRNA或mRNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)，假基因pseudogene與lncRNA或mRNA的網(wǎng)絡(luò)。

與前面兩期介紹的左邊的過濾欄不一樣，尋找ceRNA機制主要篩選條件是包含的miRNA數(shù)目、p或FDR值，然后就是在TCGA中的數(shù)據(jù)支持情況。

需要說明的是，盡管在starbase中ceRNA網(wǎng)絡(luò)有3種尋找形式，但展示結(jié)果的界面一樣，使用和查看的方法也就一樣了。

以“HOTAIR”為例，看看lncRNA的ceRNA網(wǎng)絡(luò)如何。

如果你現(xiàn)在手上有正在做的基因，如果想看看有沒有ceRNA機制可以挖掘，可以試試這個功能。輸入基因，然后在結(jié)果內(nèi)再搜索！

點擊“HitMiRnum”可以查看包含的miRNA家族及其包含的具體miRNA。

點擊“Pan-Cancer”可以查看該ceRNA在TCGA 32個腫瘤中的相關(guān)性情況，并可查看

關(guān)于如何使用starBase這個工具尋找潛在的ceRNA機制就介紹到這里了，如果你對如何做實驗驗證，以及更深入的研究方法感到困惑，歡迎加入解螺旋40周體系化課程，讓解螺旋助你一臂之力！

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