日韩黑丝制服一区视频播放|日韩欧美人妻丝袜视频在线观看|九九影院一级蜜桃|亚洲中文在线导航|青草草视频在线观看|婷婷五月色伊人网站|日本一区二区在线|国产AV一二三四区毛片|正在播放久草视频|亚洲色图精品一区

分享

我讀書少,你表騙我——最清楚的QPCR原理講解

 ypgao 2018-04-07


本文介紹QPCR的檢測(cè)以及相對(duì)定量原理。
我讀書少,你表騙我——最清晰的QPCR講解(一)
在前面我們介紹過QPCR結(jié)果如何分析作圖(可以查看歷史消息或者登錄科研狗網(wǎng)站http://www.),接下來(lái)我們將分幾次逐步介紹QPCR的原理和注意事項(xiàng)。
(一) QPCR定量原理
1 理解PCR
PCR簡(jiǎn)單來(lái)說就是一變二,二變四的等比增長(zhǎng)的過程,如下圖:

圖1: 理想情況下PCR產(chǎn)物與循環(huán)數(shù)關(guān)系


但是,這里面存在一個(gè)問題,并不是每次循環(huán)都會(huì)翻倍,比如說每次擴(kuò)增只有90%的底物參與了擴(kuò)增(擴(kuò)增效率為0.9),這是理論情況下的PCR反應(yīng):

圖2 理論情況下PCR產(chǎn)物量與循環(huán)數(shù)關(guān)系。


但是由于上面都是在酶,buffer等都是足量,且不存在其他抑制反應(yīng)的情況下的曲線,所以實(shí)際PCR曲線如下:

圖3 實(shí)際情況下PCR產(chǎn)物數(shù)與循環(huán)數(shù)的關(guān)系


剛開始的時(shí)候酶,緩沖液,能量,dNTP等都是充足的,PCR按照理論情況下的擴(kuò)增(A: 指數(shù)期),限速因子為底物的量;

隨著時(shí)間的增加,產(chǎn)物越來(lái)越多,每次循環(huán)所需要的酶也就越來(lái)越多,當(dāng)達(dá)到B(線性期)階段的時(shí)候,所有的酶都參與了擴(kuò)增,因此每個(gè)循環(huán)之后產(chǎn)物增加量是恒定的,和酶的數(shù)量相關(guān),此時(shí)限制產(chǎn)物增加的因素是酶;

當(dāng)達(dá)到C(衰退期)階段時(shí)候,酶逐漸失活,dNTP消耗殆盡,產(chǎn)物增加量逐漸減少;

直至到D階段,沒有任何產(chǎn)物生成,數(shù)目保持恒定。

2. QPCR簡(jiǎn)單原理

我們可以將每條PCR產(chǎn)物帶上一個(gè)熒光標(biāo)記(具體怎么回事下節(jié)講解),這樣的話有多少個(gè)PCR產(chǎn)物就有多少單位的熒光,因此:


熒光 正比于 DNA產(chǎn)物數(shù)目 某種關(guān)系于 DNA初始量


因此我們通過機(jī)器收集熒光的量就能知道DNA初始量了,那么機(jī)器如何收集熒光呢?


有兩種方式可以收集熒光
第一種是我們固定一個(gè)循環(huán)數(shù)C1(比如25個(gè)循環(huán)),然后循環(huán)結(jié)束之后我們分別收集每管的熒光,這種情況下,R2處于對(duì)數(shù)期,R1處于衰退期

圖4 固定循環(huán)數(shù)測(cè)定熒光強(qiáng)度值


第二種是我們固定一個(gè)熒光強(qiáng)度值,看達(dá)到這個(gè)熒光強(qiáng)度值需要多少個(gè)循環(huán)

圖5 固定熒光強(qiáng)度測(cè)試循環(huán)數(shù)


只要我們把R0設(shè)置合適,R0這條水平線就能切割到所有的處于對(duì)數(shù)期的曲線,我們qPCR采用的就是這種模式,下面我們來(lái)看下為什么這種模式能夠反映出DNA初始量(以下推導(dǎo)中l(wèi)g代表以2為底的對(duì)數(shù))。

一大波推導(dǎo)公式來(lái)襲~可直接看最后公式


所以當(dāng)我們知道每個(gè)樣品達(dá)到一定熒光強(qiáng)度閾值時(shí)所需要的循環(huán)數(shù)n(qPCR里面稱作Ct)時(shí),就能知道初始濃度的對(duì)數(shù)值。假設(shè)我們做了細(xì)胞內(nèi)p53mRNA和GAPDH的qPCR,那么我們得到了Ct(p53)和Ct(GAPDH)
lgN(p53)= K1 X Ct(p53) +K2,
lgN(GAPDH)=K1 X Ct(GAPDH) + K2
我們想看p53相對(duì)于內(nèi)參的表達(dá)量時(shí):

如果你有一個(gè)實(shí)驗(yàn)組和一個(gè)對(duì)照組,那么實(shí)驗(yàn)組比對(duì)照組的比值就是2^-△△Ct,意思就是說實(shí)驗(yàn)組的mRNA水平是對(duì)照組的多少倍(Fold change)。


那么為什么不能用圖4(固定循環(huán)數(shù),測(cè)最終熒光強(qiáng)度值)的方式來(lái)衡量初始濃度呢?那是因?yàn)楣潭ㄑh(huán)數(shù)的情況下,有很多樣品不處于對(duì)數(shù)期,熒光的量與初始濃度沒有特定的關(guān)系,無(wú)法計(jì)算初始濃度。


好了,不知道你是否已經(jīng)明白其中的原理,我們下一節(jié)將介紹qPCR儀器運(yùn)行的原理,讓你真正理解qPCR~


“這哪是最清晰的QPCR講解???”

“客官請(qǐng)息怒,科研狗會(huì)努力做好,希望提出寶貴意見!汪汪汪”


科研狗新增投稿項(xiàng)目啦!

    本站是提供個(gè)人知識(shí)管理的網(wǎng)絡(luò)存儲(chǔ)空間,所有內(nèi)容均由用戶發(fā)布,不代表本站觀點(diǎn)。請(qǐng)注意甄別內(nèi)容中的聯(lián)系方式、誘導(dǎo)購(gòu)買等信息,謹(jǐn)防詐騙。如發(fā)現(xiàn)有害或侵權(quán)內(nèi)容,請(qǐng)點(diǎn)擊一鍵舉報(bào)。
    轉(zhuǎn)藏 分享 獻(xiàn)花(0

    0條評(píng)論

    發(fā)表

    請(qǐng)遵守用戶 評(píng)論公約

    類似文章 更多