根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈出口貨物勞務(wù)增值稅和消費(fèi)稅管理辦法〉的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第24號(hào)）第八條規(guī)定，出口企業(yè)和其他單位購(gòu)進(jìn)出口貨物勞務(wù)取得的增值稅專用發(fā)票，應(yīng)按規(guī)定辦理增值稅專用發(fā)票的認(rèn)證手續(xù)。進(jìn)項(xiàng)稅額已計(jì)算抵扣的增值稅專用發(fā)票，不得在申報(bào)退（免）稅時(shí)提供。出口企業(yè)和其他單位丟失增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，經(jīng)認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)退（免）稅。出口企業(yè)和其他單位丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復(fù)印件向主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)退（免）稅。

因此，你公司雖然丟失了一張用于出口退稅的增值稅專用發(fā)票，但并不影響申報(bào)退稅，只要按上述規(guī)定進(jìn)行處理仍可享受優(yōu)惠政策。