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作者：顧衛(wèi)紅 丁銘（顧大夫研究生） 張占輝（北京金準基因科技有限責任公司技術(shù)支持） 本文針對一個不自主運動家系患者的臨床表型，分析總結(jié)核心表型，轉(zhuǎn)化為CHPO；由北京金準基因科技有限責任公司進行基因檢測；結(jié)合CHPO（中文人類表型標準用語）梳理基因檢測報告流程。供同行參考，希望推動行業(yè)建立更加完善的流程和連接平臺，盡微薄之力。
1、臨床資料 2、核心表型轉(zhuǎn)化為CHPO 3、基因檢測項目的選擇 4、基因檢測及其質(zhì)控 5、生信分析 6、遺傳學(xué)分析 （1） 分別使用Phenomizer， 明鑒軟件關(guān)聯(lián)候選基因 （2） 遺傳變異位點分析 （3） 遺傳變異位點解讀 （4） 初步基因檢測結(jié)果 （5） 家系驗證 7、候選致病基因簡介 8、表型相似度分析 9、先證者雙基因致??？FTL、MAPT
1、臨床資料 病史：先證者（III-1），男性，44歲，因“言語不清伴左上肢痙攣9個月”就診?；颊?個月前自覺“舌頭大”，曾在口腔科就診，無明確診斷。3個月來出現(xiàn)流涎，言語不清，飲水嗆咳，不自覺咬牙，雙顳疼痛，服用鹽酸硫必利100mg QD有效。3個月來左手持物痙攣。 查體：智能無明顯異常，中度構(gòu)音障礙，眼動充分未見眼震，四肢肌力V級，肌張力適中，腱反射對稱引出，左手反復(fù)握拳過程中痙攣，Babinski 征（-），指鼻-跟膝脛試驗穩(wěn)，輪替動作無明顯異常，步態(tài)無明顯異常。余未見異常。 生活史：最近7-8年，每周飲酒一次，每次1斤；吸煙5年，每天20支。 家族史：外祖父（I-1）、外祖母（I-2）信息無法查證；母親（II-2）與舅舅（II-3）、姨母（III-5）均出現(xiàn)行走不穩(wěn)，易向后倒。先證者表妹（III-2），41歲。1年來記憶力下降，行走向后倒，言語無力，咬牙，流涎，雙手痙攣，書寫時痙攣。查體：中度構(gòu)音障礙，頭面部及四肢小幅度不自主運動，書寫痙攣，余未見明顯異常。 先證者頭顱MRI：基底節(jié)對稱異常信號（模糊），額葉皮層欠飽滿 先證者表妹頭顱MRI：基底節(jié)對稱異常信號 2、核心表型轉(zhuǎn)化為 CHPO http://www./ 左側(cè)選框選擇“表型”，輸入核心表型，檢索相應(yīng)的CHPO 3、基因檢測項目的選擇 根據(jù)患者臨床表型的分析與整理，初步判斷該患者為常染色體顯性遺傳模式，且根據(jù)患者書寫痙攣、流涎、不自主咬牙以及基底節(jié)對稱異常信號，初步排除常見的導(dǎo)致動態(tài)突變的基因，因此選擇亞全外顯子組測序項目，進行分子遺傳學(xué)檢測。 4、基因檢測及其質(zhì)控 亞全外顯子組測序，質(zhì)量控制。 5、生信分析 將原始序列數(shù)據(jù)（FASTQ）去除接頭及低質(zhì)量序列，經(jīng)BWA-0.7.12軟件比對至人類基因組參考序列（GRCh37）上，Picard去除重復(fù)序列，使用GATK檢測SNV與Indel變異，北京金準基因科技有限責任公司采用自行開發(fā)軟件對變異位點進行注釋。 6、遺傳學(xué)分析 （1）分別使用Phenomizer， 明鑒軟件關(guān)聯(lián)候選基因：
在左側(cè)選框中逐一輸入HPO詞，雙擊后詞匯進入右側(cè)列表（按照表型異常分類），右下角選擇遺傳模式，點擊“Get diagnosis”。 Phenomizer計算相關(guān)疾病的p值，由小至大排序。關(guān)聯(lián)基因列表排名前五的候選基因包括 FTL, TBP, MAPT, ATP1A3, PDGFB
關(guān)聯(lián)74個基因：排名前五的候選基因包括 FUS, FTL, ATP1A3, SPG11, ATXN2
（2）遺傳變異位點分析： 在明睿單病云管家www.mono-mr.com 對患者變異位點進行數(shù)據(jù)分析，初始變異位點357個。輸入74個候選基因，采用以下條件進行計算：
相關(guān)變異位點：
（3）遺傳變異位點解讀：根據(jù)2015年5月ACMG聯(lián)合美國分子病理學(xué)學(xué)會（Associationfor Molecular Pathology，AMP）發(fā)布的遺傳變異分類標準與指南，進行變異位點解讀。
FTL的變異位點解讀: likely pathogenic （根據(jù)正常人數(shù)據(jù)庫無攜帶PM2，移碼突變PVS1，尚未參考家系驗證結(jié)果） PM2 中等：ESP數(shù)據(jù)庫、千人數(shù)據(jù)庫、EXAC數(shù)據(jù)庫中正常對照人群中未發(fā)現(xiàn)的變異（或隱性遺傳病中極低頻位點）。 PVS1 極強致病性變異: 某些特定類型的變異（比如無義突變、移碼突變、經(jīng)典剪接位點±1或2點突變、起始密碼子變異、單個或多個外顯子缺失）被認為因無轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物或由無義突變引起的轉(zhuǎn)錄子降解，導(dǎo)致基因產(chǎn)物完全缺失而破壞基因功能。 備注： 1. gnomAD為目前已知的最大規(guī)模人群頻率數(shù)據(jù)庫。 2. InterVar為哥倫比亞大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)王凱教授開發(fā)的疾病變異分析解讀工具，wInterVar為在線版本。（InterVar可以對SNV&INDEL進行分析解讀，wInterVar目前只應(yīng)用于錯義突變解讀）。 （4）初步基因檢測報告：
（5）家系驗證：
FTL的變異位點解讀：pathogenic（根據(jù)正常人數(shù)據(jù)庫無攜帶PM2，移碼突變PVS1，家系共分離PP1) 7、候選致病基因簡介 FTL: FERRITIN LIGHT CHAIN, 鐵蛋白輕鏈
神經(jīng)退行性病伴腦鐵沉積癥(Neurodegenerationwith brain iron accumulation, NBIA)，包括一組遺傳性神經(jīng)退行性疾病，基底節(jié)鐵沉積，臨床表現(xiàn)為進行性加重的肌張力障礙，痙攣，帕金森病樣表現(xiàn)，神經(jīng)精神異常，可伴有視神經(jīng)萎縮或者視網(wǎng)膜變性。發(fā)病年齡可從嬰幼兒到中年后期，進展速度不一。部分類型出現(xiàn)認知功能下降，大多數(shù)病例認知障礙相對輕微。部分類型存在小腦萎縮。迄今已發(fā)現(xiàn)10種致病基因的突變可引起NBIA：PANK2, PLA 2G6,C19orf12, FA2H, ATP13A2, WDR45,COASY, FTL, CP, DCAF17。 8、表型相似度分析 OMIM # 606159
9、先證者雙基因致??？FTL、MAPT 先證者攜帶的MAPT基因c.14G>A (鳥嘌呤>腺嘌呤)，導(dǎo)致氨基酸改變p.R5H(精氨酸>組氨酸)。HGMDpro數(shù)據(jù)庫報道情況:此突變位點報道為致病突變(DM，報道疾病:Frontotemporal dementia)。 Clinvar
Hayashi S,et al.Late-onsetfrontotemporal dementia with a novel exon 1 (Arg5His) tau genemutation. Ann Neurol. 2002;51(4):525-30. Abstract：We report a case of frontotemporal dementiaand parkinsonism linkedto chromosome 17 of 5 years' duration in an 81-year-oldman whose brother haddied at age 86 years with dementia. In this patient, wefound frontal andtemporal neuronal loss, glial-predominant tau deposits,progressive supranuclearpalsy-like straight tubules, accumulation of4-repeat-predominantSarkosyl-insoluble tau, and a novel exon 1 (Arg5His) taugene mutation. Thismutation decreased microtubule-promoting capacity andincreased fibrillation oftau in vitro. Thus, we consider that the Arg5His mutation is anauthentictau gene abnormality responsible for the patient's tau pathology andlate-onsetdementia.
FTD clinical synopsis
先證者頭顱MRI：基底節(jié)對稱異常信號（模糊），額葉皮層欠飽滿 先證者表妹頭顱MRI：基底節(jié)對稱異常信號 先證者MAPT基因錯義突變來自父親，其未就診，家人反映其無疾病表現(xiàn)。建議來診，做神經(jīng)系統(tǒng)檢查和頭顱MRI，以明確是否存在認知障礙和皮層萎縮。 先證者是否存在FTL和MAPT雙基因致??？ 罕見病是我們的老師。。。 |
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