歷史上道教曾發(fā)三次重大變革，第一次是魏晉至六朝之際，從原始道教正統(tǒng)道教的理性化轉(zhuǎn)變，第二次是唐末五代時期丹道主導(dǎo)學(xué)說，從外丹到內(nèi)丹的轉(zhuǎn)變，第三次是金元之際全真道的產(chǎn)生。以唐末五代為中線，以生命的終極存在情態(tài)為最高關(guān)懷的道教丹道理論，大致可分為兩種主導(dǎo)性質(zhì)，即此前的外丹信仰，其中占據(jù)主導(dǎo)地位的是人與外部自然之間的張力，以探索外部世界為核心的自然科學(xué)得到推進；此后的內(nèi)丹信仰中，人與自我之間的張力占據(jù)主導(dǎo)地位，對于人類生命內(nèi)部結(jié)構(gòu)和現(xiàn)象的觀察和思考繼續(xù)得到發(fā)展，與此同時，精神領(lǐng)均的問題、心身關(guān)系問題，占據(jù)越來越多的討論空間，進而吸收理學(xué)的心性論、道德決定論，神仙煉學(xué)說越來越深地朝著主觀世界回歸。

　　內(nèi)在化的趨，劫雖然在早期階段就已有其基礎(chǔ)，但是由于對即身成仙理想的強烈渴望所致外丹成仙的追，求抑制了內(nèi)在化的過程，從而直到唐，代道教科技發(fā)展的基本特點都表現(xiàn)出對于外部世界的激情，試圖假求外部世界某種玄妙之物獲得以自堅固，從而推動了道教信仰者們對于自然科學(xué)與技術(shù)的探索。

　　關(guān)于外丹衰落與內(nèi)丹崛起的原因，有些研究者認(rèn)為，因唐代服食丹藥中毒致死的事件屢有發(fā)生，遂使盛一時的外丹術(shù)受到挫折，某些好道之士逐漸重視在自身體內(nèi)下功夫的內(nèi)丹修煉。這看到了唐代以后道教外丹術(shù)向內(nèi)丹術(shù)轉(zhuǎn)變的一個原因。這是一外在因素。

　　考諸道教歷史，在此漫長的道士煉丹服餌歷史上，早有諸多對外丹藥物毒性的明確闡述和警告，如漢末魏初的《古詩十九首》中，也有這樣的詩句∶“服食求神仙，多為藥所誤，不如飲美酒，被服紈與素。”但是此前卻從未成為人們排斥外丹藥物的有力依據(jù)。葛洪著《神仙傳》，就以魏伯陽丹成后試其弟子的傳說，對那些以毒性懷疑服用外丹成仙之可能性的人們進行反擊。與此同時，基于對伏煉技術(shù)進行總結(jié)的丹藥煉制方法逐漸成熟，并對中國醫(yī)藥學(xué)的發(fā)展和成熟做出了重大貢獻(xiàn)。如陳國符先生曾經(jīng)指出∶“外丹與醫(yī)術(shù)，初無區(qū)別，二者分派，疑始自金未耳。”二者的分離為什么發(fā)生在這一時期？很清楚，這正與道教丹道學(xué)說從外丹向內(nèi)丹的轉(zhuǎn)變過程相吻合（而絕非巧合）。有趣的是，唐末五代以后道士對內(nèi)丹術(shù)之推重導(dǎo)致的結(jié)果，真如《列子．說符》所謂“見其內(nèi)而忘其外”及《淮南子．精神訓(xùn)》所謂“或求之于外者，失之于內(nèi)∶有守之于內(nèi)者，失之于外?！卑殡S著成仙手段及相應(yīng)的興趣轉(zhuǎn)移，道士們對煉取外丹之需求衰落，昔日道人棉囊之秘，至此紛紛流入俗間矣。

　  唐代以后道教外丹術(shù)向內(nèi)丹術(shù)轉(zhuǎn)變、內(nèi)丹術(shù)逐漸占據(jù)主導(dǎo)地位的根本原因，在于道教科學(xué)哲學(xué)與科學(xué)思想的演變。前曾論及，外丹還煉過程本身在實質(zhì)是一種“通過儀式”。在外丹向內(nèi)丹轉(zhuǎn)變過程中，這個儀式結(jié)構(gòu)中所有構(gòu)成性的象徵符號，包括爐火、鉛汞、時空條件、藥性及大丹令人成仙之功效等等，均被平移到內(nèi)煉系統(tǒng)當(dāng)中；這種轉(zhuǎn)變并不意味著由于外丹的毒性而完全否定外丹藥物使人成仙的功能，而是試圖超越外丹藥物的有限性。事實上，直到后期道教，仍可見內(nèi)外二藥并重的思想。如《性命主旨．內(nèi)外二藥說》∶

　　凡修煉者，先修外藥，后修內(nèi)藥。若高上之士，夙植靈根，故不煉外藥，便煉內(nèi)藥。內(nèi)藥無為無不為，外藥有為有以為。內(nèi)藥無形無質(zhì)而實有，外藥有體有用而實無。外藥可以治病，可以長生久視。內(nèi)藥可以超越，可以出有入無。外藥外陰陽往來，內(nèi)藥內(nèi)坎離輻轃。以外藥言之，文感之精，先要不漏；呼吸之氣，更要微微，思慮之神，貴在安靜。以內(nèi)藥言之，煉精者煉元精，抽坎中之元陽也；元精固，則交感之精自不泄漏。煉氣者煉元氣，補離中之元陰也，元氣住，則呼吸之氣自不出入；煉神者煉元神，坎離合體，而復(fù)乾元，元神凝，則思慮之神自然泰定，內(nèi)外兼修，成仙必矣。

　　這里將外藥最終落在“實無”的判斷，是煉丹過程作為通過儀式之證，也是丹藥的重要性轉(zhuǎn)向內(nèi)在之證。而且，這里的“坎離合體，而復(fù)乾元”內(nèi)煉結(jié)構(gòu)及其指向，其實同作為從宇宙間凝聚“道”的外丹燒煉過程完全一樣，都是藥物的“返還”結(jié)過程，只是外丹見諸外，內(nèi)丹秘于內(nèi)而已。

　　隨著道教對自然規(guī)律的認(rèn)識的逐步加深，導(dǎo)致了道教科學(xué)哲學(xué)的內(nèi)在化轉(zhuǎn)變。這種內(nèi)在化的表現(xiàn)，不僅在于對丹藥性質(zhì)的認(rèn)識進一步深入，而且還在于對人體自身的認(rèn)識有了長足的進展，向著人類自身存在及其內(nèi)部規(guī)律探索的能力和激情都較之過去遠(yuǎn)為增強。譬如解剖學(xué)的巨大成就就是一個重要例證。如前所述，醫(yī)學(xué)史上的第一幅解剖圖，保存在五代道士煙夢子的《煙夢子體殼歌》中。道士們對人體內(nèi)部圖景的把握，已達(dá)到前所未有的高度，即使以日之醫(yī)學(xué)科學(xué)觀之，仍具有一定的科學(xué)價值。在這歷史條件下，以人類自身生命的終極自由為理想的道教科學(xué)的發(fā)展，自然而然地向著這一方向縱深發(fā)展。這也是以張伯端等為代表的未代以內(nèi)丹學(xué)說迅猛發(fā)展的哲學(xué)根源。

　　內(nèi)丹學(xué)說的基石，則是道教據(jù)其對宇宙和人類自身的系統(tǒng)觀察和把握，而建立起來的一獨特的具有豐富科學(xué)精神的認(rèn)識論體系。沒有這個認(rèn)識論體的支撐，道教內(nèi)丹學(xué)就失去存在，發(fā)展和解釋的依據(jù)。而且，常為人所忽視的一個邏輯問題是∶如果外丹之衰落只是緣于藥物的毒性，使人望而卻步，從而導(dǎo)致了人們對丹藥的恐懼和排斥，那么，這應(yīng)當(dāng)意味著道教神仙理想的破產(chǎn)，此后亦將難以令人置信。雖然，事實并非如此，而是如眾所周知的，外丹的理想和理論，并未被放棄，它的主要內(nèi)容被逐漸轉(zhuǎn)化進入內(nèi)丹學(xué)說，繼續(xù)成為道教神仙理想的支撐系統(tǒng)；道教信仰者在逐漸放棄外丹的同時，繼承和揚棄了外丹學(xué)說體系中試圖援外物以化人的觀念，而回到人自身內(nèi)部去求索生命之延續(xù)與不死，建立起一套與外丹時期既具思想連續(xù)性又有創(chuàng)新性的解釋系統(tǒng)。其中，科學(xué)思想向著更加棈致、內(nèi)在化的演變，主體在條道證真過程中的作用進一步受到強調(diào)，是一個極為重要的原因。忽視這一點，將難以正確理和解作為道教史上第二次重大變革的這一變過程。

　　有研究者指出∶“來自古代印度的自然觀最后都被宣揚頓悟成佛的宗教教義湮沒了。從歷史的角度來看，印度的自然觀并沒有在中國科學(xué)的發(fā)展過中起到多大作用。所以，佛教文化對中國的影響與其說是在科學(xué)上，還不如說是在文學(xué)藝術(shù)上表現(xiàn)得更為明顯?！边@一評論可謂得失參半。其中，在與佛教爭訟過程中形成的道教科學(xué)思維方式的內(nèi)在化，除了繼承儒道傳統(tǒng)外，受佛教心性論影響尤深。因為它改造了中國傳統(tǒng)的認(rèn)識論方向，而引導(dǎo)中國人最終走向并耽溺于內(nèi)部世界。這個過程的最明顯起點，就在唐代道教獲得崇高社會和政治地位時期。那時，由于道教得到官方的大力支持和肯定，無論在教團規(guī)模還是在思想理論上均發(fā)展迅速。這時期，一批水平相當(dāng)高的道士出現(xiàn)，他們在發(fā)展道教思想理論的過程中，明顯借鑒吸收佛教思想。而唐代以前的佛道論爭，則在實際上早已為這種吸收提供了充分的分析和思考，為這種吸收奠定了基礎(chǔ)。這時期道教思想家們就“道性”、“重玄”等問題的哲學(xué)論述，成為外丹衰變、內(nèi)丹崛起、道教證仙方法由外而內(nèi)的轉(zhuǎn)變的理論基礎(chǔ)。