小林子經(jīng)常說，他聽人說只要看完一篇文獻(xiàn)的摘要就算是看過一篇文獻(xiàn)了。好吧，如果真的是這樣……那該有多好呢！整個(gè)SCI的世界，就變得一片祥和。說到這里，如果你還是有這樣的想法，我覺得你可能沒必要看我今天這篇思（hú）維（shuō）縝（b?。┟埽╠ào）的文獻(xiàn)導(dǎo)讀了。

這是一篇Cell的文獻(xiàn)，看得我那個(gè)累啊。前前后后耗時(shí)估計(jì)有一個(gè)月，當(dāng)然真正加在一起看的時(shí)間有兩天。不是因?yàn)檫壿嬘卸鄰?fù)雜，是因?yàn)樵绞巧钊肟丛绞遣涣私庵v了什么玩意。文章的題目叫做：RNA Exosome-Regulated Long Non-Coding RNA Transcription Controls Super-Enhancer Activity，發(fā)表在Cell上。

為啥會(huì)看這篇呢？因?yàn)槲矣⑽牟缓脝h……

剛開始我只是想隨便搜一篇Cell上的外泌體的文獻(xiàn)看看，于是一看，很好！RNA外泌體，還有l(wèi)ncRNA還轉(zhuǎn)錄調(diào)控。有必要看一下。但打開就發(fā)現(xiàn)自己傻了，跟外泌體沒有毛線關(guān)系。這玩意雖然是“Exosome”，但其實(shí)應(yīng)該叫做“RNA外切體”。只能怪自己英文不好唄！

有人不是吹牛說看完摘要就算是看完一篇CNS了么？那我就試試看哈。

看完這篇的摘要，在我的內(nèi)心只出現(xiàn)了兩個(gè)問題：1）這特么是啥？2）這特么又是啥？

那該怎么辦呢？只能老老實(shí)實(shí)看文獻(xiàn)了。剛開始倒是難度不大的，他們做了一種Cre/LoxP的構(gòu)建，大概就是這樣的：

雖然人家就是做一個(gè)誘導(dǎo)的敲除，但就是要做得這么講究！ps：光看摘要能知道這些的話，我也真的是服了。

敲除的這兩個(gè)基因，都是RNA外切體的組件核心。那問題又來了，啥是RNA外切體？

簡單點(diǎn)說就是能把RNA從3'>5'降解的一個(gè)玩意，一般是降解沒有終止子，或者轉(zhuǎn)錄出問題的mRNA。

當(dāng)然，我們接著看吧，他們做了個(gè)測序分析。發(fā)現(xiàn)敲除RNA外切體后，lncRNA表達(dá)量顯著升高。由于TSS-aRNA是RNA外切體的底物，于是同樣的發(fā)現(xiàn)TSS-aRNA表達(dá)也升高了。呃，啥是TSS-aRNA？就是結(jié)合在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近的lncRNA。于是我發(fā)現(xiàn)，lncRNA什么的真心是亂七八糟的多，只要有DNA序列，就能很草率地轉(zhuǎn)錄出來一個(gè)什么lncRNA。

接著經(jīng)過了測序，發(fā)現(xiàn)，除了常見的TSS-aRNA之外，還有大量的eRNA是RNA外切體的底物。

文獻(xiàn)上說，eRNA是外切體敏感的，呃，等等，eRNA又是蝦米挖糕啊？好吧，繼續(xù)查文獻(xiàn)，Enhancer RNAs and regulated transcriptional programs，Enhancer RNA也就是eRNA，是一種在基因的enhancer區(qū)域雙向表達(dá)的一種lncRNA，可以對(duì)基因進(jìn)行順式或者反式的調(diào)控。反正就是特別草率地轉(zhuǎn)錄出來一堆東西……

好吧，這篇文獻(xiàn)講的就是enhancer RNA。接著就要稍微講一下機(jī)制了，因?yàn)樗麄儼l(fā)現(xiàn)，敲除RNA外切體后，高表達(dá)的這些eRNA也好，lncRNA也好，其實(shí)都屬于RNA外切體的底物。這些底物過表達(dá)附近都會(huì)形成DNA的結(jié)構(gòu)變化，也就是形成R-loop環(huán)。次奧，啥是R-loop？摘要里咋啥都沒說?。。-loop其實(shí)指的是RNA和DNA形成雜交后，產(chǎn)生了DNA的突起：

于是他們研究了一下這些高表達(dá)的enhancer RNA確實(shí)會(huì)影響到周邊DNA以及染色體的變化。

接著他們發(fā)現(xiàn)，這些eRNA所在的位置，很有可能是一種super Enhancer，他們做了個(gè)CRISPR敲減了作為RNA外切體底物的eRNA高表達(dá)，導(dǎo)致了下游基因的一個(gè)低表達(dá)，然后他們分析了一下這樣的RNA外切體底物的eRNA序列和后邊的TSS的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)還是有大量相關(guān)的，雖然距離不一定，但確實(shí)有關(guān)。

接著實(shí)際是文章的關(guān)鍵，既然研究的是B細(xì)胞，那應(yīng)該分析一下免疫球蛋白吧，于是研究了和IgH相關(guān)的eRNA和TSS-RNA。首先是這兩者都收到了RNA外切體調(diào)控，接著，這兩個(gè)區(qū)域的eRNA和lncRNA，可以調(diào)節(jié)CSR。

夠了，啥又是CSR？呃，其實(shí)就是各種免疫球蛋白的同種系轉(zhuǎn)化，這個(gè)是免疫學(xué)相關(guān)的內(nèi)容，更加復(fù)雜，反正摘要里是看不懂的。同一物種所有個(gè)體免疫球蛋白分子所共有的抗原特異性標(biāo)志，存在于Ig的C區(qū)。通過3'RR區(qū)，可以進(jìn)行調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)化，大概就是這么個(gè)意思，不要在意這些細(xì)節(jié)了。于是他們產(chǎn)生了一個(gè)這樣的模式圖：

RNA外切體可能是通過降解掉那些eRNA之類的lncRNA底物，促進(jìn)了Super Enhancer結(jié)合到TSS位置，調(diào)控基因表達(dá)的。

看完這篇真心是累啊……為啥累？我給你舉個(gè)例子，這篇文獻(xiàn)里的lengend很省事：

看完圖，我真心一頭霧水，前后矛盾……要哭了……大家自己去體會(huì)吧，不過還是要說一句，尼瑪看摘要真的不靠譜……

…華麗麗的分割線…

李莫愁博士：這篇文章其實(shí)結(jié)構(gòu)并不是特別復(fù)雜，也是有主線劇情的：

雖然文獻(xiàn)一頭霧水，但是要是理清楚思路的話，應(yīng)該還是能看懂的。當(dāng)然還有一點(diǎn)很重要，因?yàn)槲墨I(xiàn)中不可能都是你很熟悉的名詞，或者一些機(jī)制，所以光是看摘要，我們能獲得的信息還是很少的，這就需要我們?cè)陂喿x文獻(xiàn)的過程中不斷地查詢相關(guān)文獻(xiàn)，才能了解他們做的到底是什么。好啦，今天就策到這里吧。

最近萬事屋有兩個(gè)殘疾人，一個(gè)斷了手，一個(gè)瞎了眼，斷手的故事告訴我們胖子肉多能保護(hù)骨頭是不科學(xué)的，瞎眼的故事，你以為是校對(duì)書稿看多了電腦么？太小看我深邃的靈魂了，瞎眼的故事告訴們給腳丫子涂完達(dá)克寧不要急著揉眼睛。但是我們輕傷不下火線，依然勤勞地工作著.....此次應(yīng)該有掌聲....能再勤勞一點(diǎn)么？當(dāng)然能，萬事屋最近要開分子生物學(xué)培訓(xùn)班啦，11月19-22日和11月26-29日兩期（具體詳情這里）。還能再勤勞一點(diǎn)么？當(dāng)然能，吉?jiǎng)P家（慢病毒那家）在萬事屋送東西（具體詳情點(diǎn)擊這里）。能再勤勞一點(diǎn)么？.....大叔大媽，饒了我們倆吧。