清初沿明舊制，“章疏票擬，主之內(nèi)閣。軍國機(jī)要，主之議政處”。到雍正七年（公元1729年）因西北用兵，往返軍報頻繁，內(nèi)閣距內(nèi)廷太遠(yuǎn)，皇帝不便親授機(jī)宜，故在這年元月，在內(nèi)廷設(shè)立軍機(jī)處，其全稱為“辦理軍機(jī)事務(wù)處”。初設(shè)時名為“軍機(jī)房”，雍正十年（公元1732年）改名辦理軍機(jī)處。 
　　 
　　軍機(jī)處是分割內(nèi)閣之權(quán)，所以說它是“內(nèi)閣之分局”。軍機(jī)處在清代統(tǒng)治了180余年，成為大政所出的宰輔之區(qū)。它的體制特殊，職官簡煉，有官而無吏。它的全部工作，由軍機(jī)大臣主持，軍機(jī)章京辦理。 
　　 
　　軍機(jī)大臣俗稱“大軍機(jī)”，分設(shè)滿、漢員，由滿、漢大學(xué)士、各部尚書、侍郎、總督等奉特旨應(yīng)召入值，為兼差，人員無定額；由親王或大學(xué)士滿、漢各一員為首領(lǐng)，當(dāng)時稱為“揆首”、“領(lǐng)袖”。依清制，親王不能入軍機(jī)。嘉慶四年一月，曾以軍機(jī)處事繁，命成親王永瑆在軍機(jī)處行走。同年十月，又以“非祖制”罷值。至咸豐三年（公元1853年）以后，始有親王任軍機(jī)大臣。初期，凡應(yīng)皇帝召見商議政務(wù)，或依皇帝旨意起草詔諭等，均為領(lǐng)班軍機(jī)大臣之責(zé)。凡經(jīng)皇帝選調(diào)到軍機(jī)處工作的軍機(jī)大臣，則稱為“軍機(jī)處行走”或“軍機(jī)大臣上行走”。初入值軍機(jī)處者，若因其資歷或能力尚淺，則命在“軍機(jī)大臣上學(xué)習(xí)行走”，即是見習(xí)之意，其地位稍低，排班時列于后。一、二年后，再由領(lǐng)班軍機(jī)大臣專折奏請皇帝，除去“學(xué)習(xí)”二字。各軍機(jī)大臣之間，也有資格、品位高低之分，權(quán)力各不相同。例如有的滿洲大臣只準(zhǔn)閱看滿文奏折，或新任大臣不準(zhǔn)閱看皇帝朱批的奏折。這些不同待遇都是由皇帝親定。 
　　 
　　據(jù)《光緒會典》卷1017記載，嘉慶五年（公元1800年）規(guī)定：軍機(jī)大臣只準(zhǔn)在軍機(jī)處承寫當(dāng)曰所奉上諭，部院稿案不準(zhǔn)在軍機(jī)處辦理（因軍機(jī)大臣為兼職，仍保留部院原職實缺）。各部司員不準(zhǔn)至軍機(jī)處“回事”（找他們本衙門堂官請示事務(wù)）。軍機(jī)章京辦事之處，不準(zhǔn)閑人窺視。自王以下滿、漢文武大臣，都不準(zhǔn)到軍機(jī)處找軍機(jī)大臣談話，“違者重處不赦”。為了嚴(yán)格執(zhí)行這些規(guī)定，每天派都察院御史一人到軍機(jī)處旁邊的內(nèi)務(wù)府值房監(jiān)視，軍機(jī)大臣散值后，才準(zhǔn)他們退值。 
　　 
　　軍機(jī)處初設(shè)時，所掌僅限軍務(wù)?！肚迨犯濉ぼ姍C(jī)大臣年表序》說：“初只承廟謨商戎略而已?！钡院笫聶?quán)逐漸擴(kuò)大，以至軍國大計莫不總攬。其具體職掌有如下幾方面： 
　　 
　　一、負(fù)責(zé)皇帝下達(dá)諭旨的撰擬和參預(yù)官員上報之奏折文書的處理。官員上報的文書，凡折奏“請旨”者歸軍機(jī)處，照例的題本歸內(nèi)閣，直到清末未變。 
　　 
　　二、辦理皇帝交議的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁決的，或交軍機(jī)處議奏，或密議，或交軍機(jī)處會同關(guān)系衙門議奏。特交的，由軍機(jī)處查議其可否，密擬辦法上奏；會同議奏的，或由軍機(jī)處主稿，或由所會衙門主稿，臨時酌定。 
　　 
　　三、某些重大案件，皇帝特交軍機(jī)大臣審理擬定，或由軍機(jī)大臣會同三法司審擬。軍機(jī)大臣可在軍機(jī)處提訊，也可使用刑訊。應(yīng)刑訊時，選用內(nèi)務(wù)府公所或于步軍統(tǒng)領(lǐng)衙門進(jìn)行。凡秋審案件，軍機(jī)大臣也參預(yù)。 
　　 
　　四、重要文武官員之任免及各部尚書、侍郎、各省總督、巡撫、以至道、府、學(xué)政、關(guān)差、鹽政以及駐防將軍、都統(tǒng)、駐各邊疆地區(qū)之領(lǐng)隊大臣、辦事大臣等官員的補(bǔ)放，均由軍機(jī)大臣負(fù)責(zé)開列應(yīng)補(bǔ)人員名單，交皇帝選擇任用。遇科考，也由軍機(jī)大臣開列主考、總裁名單，奏請皇帝選用。復(fù)試或殿試，軍機(jī)大臣負(fù)責(zé)核對試卷、檢查筆跡或任命閱卷官。 
　　 
　　五、考查行軍之山川、道里與兵馬錢糧：凡有行軍，軍機(jī)處根據(jù)有關(guān)圖書，考查山川險要，道里遠(yuǎn)近，如系邊遠(yuǎn)地區(qū)，圖書中沒有記載的，要考查新舊檔案并加諮訪。應(yīng)用的兵馬、錢糧，則由戶部、兵部、理藩院等衙門取簡明確數(shù)備查。遇有皇帝查訊的問題，即時呈遞。 
　　 
　　六、軍機(jī)大臣可奉皇帝旨意，以“欽差”身分，往各地檢查或處理一些政事。 

　　軍機(jī)章京，俗稱“小軍機(jī)”，早期也稱為“司員”。最初，章京無一定額數(shù)，在內(nèi)閣中書等官員中選調(diào)。乾隆初，改由內(nèi)閣、各部、理藩院等衙門調(diào)派。自嘉慶四年（公元1799年）始，定軍機(jī)章京分滿、漢各兩班，每班8人，共32人。各班設(shè)領(lǐng)班、幫領(lǐng)班章京各1員，由軍機(jī)大臣于章京中選資深望重者任之。軍機(jī)章京的選任，據(jù)《樞恒紀(jì)略》卷7載：“漢軍機(jī)章京由內(nèi)閣中書、六部郎中、員外郎、主事、七品小京官由進(jìn)士、舉人出身者兼充；滿軍機(jī)章京以內(nèi)閣中書、六部、理藩院郎中、員外郎、主事、筆帖式兼充”。光緒三十二年（公元1906年）確定漢章京額缺為20人。 
　　 
　　軍機(jī)章京也是兼差，凡承旨入值軍機(jī)處的官員，仍為原衙門的實缺并照例升轉(zhuǎn)。軍機(jī)章京一般為五、六品，領(lǐng)班章京為從三品或正四品。軍機(jī)章京按例不參加京察，其獎敘升轉(zhuǎn)由軍機(jī)大臣酌情保奏，平時每屆三年奏保，凡遇修補(bǔ)檔案，編修方略等事結(jié)束時，均照例特保，故章京的提升較快，當(dāng)時人視之為升官的捷徑。光緒三十二年（公元1906年）十二月初十曰奏定變通軍機(jī)章京升補(bǔ)章程，定軍機(jī)章京為實缺，其領(lǐng)班章京秩視三品，幫領(lǐng)班章京秩視四品，以下各章京俱按原品實授。并規(guī)定了三年遞升一級的升補(bǔ)辦法。軍機(jī)章京辦理軍機(jī)處的曰常工作，處理文書，記注檔冊，撰擬文稿等。自乾隆時傅恒任領(lǐng)班軍機(jī)大臣始，軍機(jī)章京亦同時負(fù)撰擬諭旨之責(zé)；還參預(yù)軍機(jī)處新承辦案件之審理；跟隨軍機(jī)大臣或單獨奉派往各省查辦和處理政務(wù)。 
　　 
　　軍機(jī)處設(shè)于禁廷隆宗門內(nèi)靠北、乾清門外西側(cè)，軍機(jī)大臣辦公處名為軍機(jī)堂。軍機(jī)處內(nèi)部組織，不見記載。從軍機(jī)處檔案的《交片檔》看，有滿、漢軍機(jī)處之分，或簡稱“滿屋”、“漢屋”，由滿、漢章京分別任事。又《行文檔》中有“清檔案處”、“漢檔案處”之設(shè)，或稱“清檔房”、“漢檔房”，這是管理滿、漢檔案的分工。在宮廷之內(nèi)，滿屋的辦公處設(shè)在隆宗門內(nèi)之南，在軍機(jī)堂對面之左，右為漢屋。其職掌據(jù)《光緒會典》卷3所載，滿屋分管在京旗營及各省駐防和西北兩路軍營官員的補(bǔ)放事務(wù)，負(fù)責(zé)內(nèi)、外蒙古、藩部及喇嘛等朝貢時擬賞單，并掌管軍機(jī)處本身的一切事務(wù)性工作；漢屋辦理在京部院及各省文職官員、綠營武職官員的補(bǔ)放進(jìn)單，王公內(nèi)外大臣賞單及擬給外國朝貢使臣賞單，辦理皇帝交下的應(yīng)當(dāng)查考和應(yīng)當(dāng)辦理的一切事情，以及負(fù)責(zé)軍機(jī)處的對外聯(lián)系，管理軍機(jī)處的檔案等工作。 
　　 
　　軍機(jī)處的設(shè)立，是清王朝對中央行政機(jī)構(gòu)的一次重大變革，表現(xiàn)出清代前期政治制度高度集權(quán)的趨向。軍機(jī)處成立以后，逐漸代替了清建國以來所依靠的滿洲親王，貝勒參預(yù)議政的制度，廢除了議政處；同時也削弱了內(nèi)閣參預(yù)國政的權(quán)力。軍機(jī)處以“君權(quán)附庸”的地位，成為凌駕于內(nèi)閣及各部、院之上的全國政務(wù)的總匯機(jī)關(guān)，軍國大計，無不總攬。