1621年，后金已經(jīng)攻陷了整個遼東半島，開始對遼西推進。

明朝派遣王化貞為遼東巡撫，鎮(zhèn)守廣寧；熊廷弼為遼東經(jīng)略。兩人將相不和，給努爾哈赤提供了可趁之機。

1622年正月，帶領(lǐng)金軍攻打廣寧，廣寧陷落。此后，熊廷弼和王化貞都被處決。

然而，努爾哈赤攻下廣寧后，有四年的時間沒有對遼西發(fā)動進攻，這給明朝的反攻提供了機會。

這四年的時間內(nèi)，遼東大亂，努爾哈赤無暇西顧。原來努爾哈赤非常仇視漢人，他占領(lǐng)遼東后，就將他們遷徙，圈占漢人的土地，強制漢人剃發(fā)，甚至將漢人淪為奴婢。

在這樣的情況下，遼東的漢人大多數(shù)選擇了逃亡。根據(jù)文獻記載，當(dāng)時逃亡到關(guān)內(nèi)的百姓大約百萬，涌入朝鮮的也多達(dá)幾十萬，還有幾十萬逃到沿海的島嶼上，從遼東渡海到了山東的也有數(shù)萬之多。

沒有能夠逃走的就據(jù)守城池、山林，向水井投毒，消極生產(chǎn)。當(dāng)時遼東的生產(chǎn)遭到了毀滅性的破壞，后金出現(xiàn)了糧食危機。而努爾哈赤則采取屠殺的方式來鎮(zhèn)壓漢民的反抗。

1621年，王化貞派遣毛文龍到遼東去接應(yīng)漢人起義，對東北的戰(zhàn)局造成了很大的影響。

毛文龍，浙江杭州府錢塘縣人，從小“恥學(xué)舉子業(yè)，好孫吳兵法”。9歲的時候，其父親去世，母親只好寄居娘家，得到舅舅沈光祚的照顧。

1605年，在沈光祚的推薦下，毛文龍得以參軍，加入了李成梁的軍隊。當(dāng)時遼東進行武舉考試，毛文龍取得第六名的好成績。1608年，他成為叆陽守備。

毛文龍接到王化貞的命令，帶著197人乘船出發(fā)。六月，毛文龍到達(dá)遼東海岸，開始不斷招撫遼東舊將和漢人，將他們安置在遼東半島以東的各個島嶼上。

當(dāng)時，后金尚未建立海軍，因而無法威脅島嶼。七月二十日，毛文龍偷襲了鎮(zhèn)江（丹東），在遼東引起了轟動，遼東的漢人以為“王師”將至，紛紛投靠毛文龍。一時間，遼東四州紛紛暴動，響應(yīng)毛文龍。

隨后，后金派遣大軍鎮(zhèn)壓遼東起義，擊潰了毛文龍的軍隊。不得已，毛文龍?zhí)拥搅顺r境內(nèi)。當(dāng)時，逃亡朝鮮的遼東漢人也多達(dá)百萬，他們都以毛文龍為依靠，明朝也任命了毛文龍為都司。

此后，袁可立為登萊巡撫，提拔毛文龍為總兵。但是毛文龍進駐朝鮮，使得朝鮮頗感危機，于是朝鮮讓毛文龍轉(zhuǎn)移到皮島。皮島，現(xiàn)在被稱為“椵島”，當(dāng)時是無人居住的島嶼。因此，該島既不屬于朝鮮，也不屬于明朝。

毛文龍到了皮島后，建立了東江鎮(zhèn)，成為了遼東后方的游擊根據(jù)地。至此，明朝在海外多了一塊島嶼。此后，袁可立和毛文龍相互配合，在遼東取得了一些戰(zhàn)績。

袁可立曾經(jīng)策反后金女婿劉愛塔，毛文龍聯(lián)兵策應(yīng)，夜襲金州，收復(fù)旅順，連克金、復(fù)、蓋三衛(wèi)，后金“四衛(wèi)已空其三，沿海四百余里之地奴盡棄之而不敢據(jù)，所余者酉虜千人而已?！边@樣的勝利，這是明朝在薩爾滸之戰(zhàn)后的第一次反攻。

但是，就在朝廷以為毛文龍大有可用的時候，毛文龍卻打起了自己的小算盤。他經(jīng)常謊報戰(zhàn)功、殺良冒功，以獲得朝廷的物資支持。

實際上，這些物資大多進了個人的腰包。毛文龍還在明朝、后金、朝鮮之間搞起了中轉(zhuǎn)貿(mào)易，自己大發(fā)橫財，實際上就是國難財。

自己的財富增加了，抗金斗志卻下降后。此后，毛文龍基本上不主動出擊，使得自己的牽制價值有名無實。

因此，在1626年，努爾哈赤得以鎮(zhèn)壓遼東之亂，然后帶領(lǐng)大軍進攻寧遠(yuǎn)。這一年，努爾哈赤去世，皇太極上臺。

為了打擊毛文龍的勢力，皇太極于1627年派遣5萬大軍東征朝鮮，迫使朝鮮停止對毛文龍的援助，并鏟除了毛文龍在朝鮮半島上的基地。此后的毛文龍只能龜縮于皮島。

鑒于后金不斷強大，毛文龍開始成為了朝秦暮楚。一方面，他繼續(xù)擔(dān)任明朝的將軍，另一方面又暗中和皇太極通信，甚至談?wù)撏督档臈l件。

就在毛文龍準(zhǔn)備投降皇太極的時候，他卻意外被袁崇煥給殺了。實際上，袁崇煥并不知道他已經(jīng)暗中投降后金，只是覺得他空有牽制之名，實際上耗費巨大，應(yīng)該調(diào)回遼西。

1628年5月，袁崇煥以閱兵為由會見毛文龍，并趁機將他殺害。袁崇煥殺毛文龍后，為了安撫其部下，又增加了東江軍的糧餉。

但是東江軍的部將孔有德、尚可喜、耿仲明對此非常不滿。這些將領(lǐng)此后大多數(shù)都投靠了山東的登萊巡撫孫元化。

1631年，祖大壽受困大凌河城，孫元化派遣孔有德等前往支援。然而，孔有德到達(dá)吳橋后，立即發(fā)動了兵亂，在山東境內(nèi)連陷數(shù)城，史稱“吳橋兵變”。

孔有德攻陷了登州后，得到了舊兵六千人、援兵千人、馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大炮二十余位，西洋炮三百位。1632年，孔有德、尚可喜、耿仲明等正式投降后金。

孔有德等給后金帶去了急需的艦隊、紅夷大炮及匠人，所以皇太極親率諸貝勒出盛京十里迎接。此后，孔有德的一萬軍隊被設(shè)置為“天佑兵”。

在之后清朝的征戰(zhàn)中，孔有德、尚可喜、耿仲明發(fā)揮了重要的作用，地位也非常重要。自從有了先進的火炮，明軍的優(yōu)勢也就不復(fù)存在，清兵的作戰(zhàn)能力進一步提升。

毛文龍被殺后，皮島防御陷入了混亂狀態(tài)。1631年，皇太極調(diào)遣騎兵1500人，步兵4500人，進攻皮島。但是由于后金軍船只匱乏，士兵習(xí)水戰(zhàn)，最終失敗。

1637年，皇太極派遣孔有德、耿仲明等漢軍進攻皮島，終于將皮島拿下。此戰(zhàn)，標(biāo)志著清朝完全取得了對遼東和沿岸的控制權(quán)。

皮島淪陷后，明朝曾經(jīng)多次出兵試圖收復(fù)。1643年，明朝海軍到達(dá)皮島，然而被朝鮮守軍擊退。第二年，明朝就滅亡了。因此，皮島就被朝鮮占據(jù)了。