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關(guān)于細胞互作可視化，我們的內(nèi)容已經(jīng)很多了，小伙伴依然有其他中意的內(nèi)容，這里復現(xiàn)一篇cancer cell圖表，使用Edge bunding plot展示互作結(jié)果，ligand和receptor分別用不同形狀展示，不同細胞之間用不同顏色展示，看到這個圖，不知道您有沒有很熟悉，我們賣個關(guān)子，你一定見過。這篇cancer cell的作者非常nice，原文提供了詳細的代碼可以學習：https:///aliceygao/pan-Fibroblast。原文代碼可以運行，但是應(yīng)該不是作者最終版本的代碼，所以細節(jié)上有點問題，此外，我們對代碼也做了一些精簡！ 
（reference：Cross-tissue human fibroblast atlas reveals myofibroblast subtypes with distinct roles in immune modulation）雖然提供了代碼，但是流程很繁瑣。所以我們封裝了簡單的函數(shù)。也考慮到常用的工具，cellchat和cpdb都進行了分析，其他互作結(jié)果整理成需要的格式參照函數(shù)整理即可。函數(shù)使用解說參照B站<KS科研分享與服務(wù)>。library(CellChat)library(dplyr)library(ggraph)library(tidyr)library(ggplot2)
ks_CC_bdPlot(cellchat_obj = HD.cellchat, source_cells = c("Kers","ECs","Tcell"), target_cells= c("Kers","ECs","Tcell"),comm_cut=0)
ks_CC_bdPlot(cellchat_obj = MDA.cellchat, source_cells = c("Fibs","ECs","Tcell"), target_cells= c("Fibs","ECs","Tcell"),comm_cut=0)
setwd('D:\\KS項目\\公眾號文章\\函數(shù)-弦圖展示cellphonedb細胞互作結(jié)果受配體\\示例數(shù)據(jù)')GO_pvals <- read.delim("./statistical_analysis_pvalues_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)GO_means <- read.delim("./statistical_analysis_means_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)
cpdb_anno <- read.csv('D:/KS項目/公眾號文章/函數(shù)-弦圖展示cellphonedb細胞互作結(jié)果受配體/cpdb_anno.csv', header = T, row.names = 1)
ks_cpdb_bdPlot(file_pvals = GO_pvals, file_means = GO_means, cpdb_anno = cpdb_anno, source_cells = c("Adipocytes", "Endothelial"), target_cells = c("Adipocytes", "Endothelial"), comm_cut = 1)
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