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?【視頻講解】下載TCGA數(shù)據(jù)庫中突變數(shù)據(jù) ? R代碼合并TCGA體細(xì)胞突變數(shù)據(jù) ? maftools包分析突變數(shù)據(jù)，繪制瀑布圖 ? 【R實(shí)戰(zhàn)】使用maftools復(fù)現(xiàn)SCI文章中的體細(xì)胞突變瀑布圖 用過maftools這個(gè)R包的小伙伴應(yīng)該都知道，這個(gè)R包的輸入文件是maf格式的文件但是我們一般call完突變，得到的是VCF格式的文件，是沒辦法直接用maftools包來分析突變，繪制瀑布圖的。那么怎么才能將VCF格式的文件轉(zhuǎn)換成maf格式呢？今天小編給大家分享兩個(gè)工具https://github.com/mskcc/vcf2maf工具是用perl寫的，需要事先安裝Ensembl's 的VEP工具使用起來也比較方便，調(diào)用vcf2maf.pl腳本就可以了perl vcf2maf.pl --input-vcf tests/test.vcf --output-maf tests/test.vep.maf --vep-path /opt/vep --vep-data /srv/vep
運(yùn)行完vcf2maf.pl腳本就可以得到maf格式的文件了https://github.com/CCICB/vcf2mafR這個(gè)是R版本的vcf2maf，不過只能實(shí)現(xiàn)vcf2maf的部分功能。有條件的還是建議直接使用vcf2maf。為了方便大家交流學(xué)習(xí)，共同進(jìn)步，我特地創(chuàng)建了微信交流群
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