相信大家對Y叔的clusterprofiler這個R包并不陌生，一般做基因富集分析的時候都會用到這個R包。這個包非常實(shí)用，并且畫出來的圖也很不錯。

其實(shí)小編前面已經(jīng)花了不少篇幅給大家介紹過如何使用這個R包做GO富集分析和結(jié)果可視化，以及如何將富集結(jié)果中的gene ID轉(zhuǎn)成基因名字

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol

還有計算富集倍數(shù)的三種方法

?GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算

對于沒有太多基礎(chǔ)的小伙伴，小編還特地錄制了視頻進(jìn)行了詳細(xì)的講解

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

當(dāng)然使用clusterprofiler這個R包也可以進(jìn)行KEGG富集分析

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

當(dāng)然小編也將以上所有內(nèi)容整理成了一個系統(tǒng)的線上課程

? 【推文匯總】GO和KEGG富集分析及可視化

    我們知道一般做富集分析，都需要有一個注釋數(shù)據(jù)庫。里面存放了對每個基因的注釋信息，告訴我們這個基因?qū)儆谀且粭lKEGG通過，參與到那些生物學(xué)過程（BP），有那些生物學(xué)功能（MF）以及屬于哪一種細(xì)胞成分（CC）。一般我們對人這個物種中的基因做富集分析的時候，都會用到org.Hs.eg.db這個注釋數(shù)據(jù)庫，Hs代表的是human。小編也討論過如何安裝這個注釋數(shù)據(jù)庫。

下面列舉了19個OrgDB，物種對應(yīng)的全基因組注釋R包，方便根據(jù)EntreZ進(jìn)行基因的注釋分析和富集分析等等

| 物種 | OrgDB |
| 按蚊（Anopheles） | org.Ag.eg.db |
| 擬南芥（Arabidopsis） | org.At.tair.db |
| 牛（Brovine) | org.Bt.eg.db |
| 蠕蟲（Worm） | org.Ce.eg.db |
| 犬（Canine） | org.Cf.eg.db |
| 蒼蠅（Fly) | org.Dm.eg.db |
| 斑馬魚（Zebrafish） | org.Dr.eg.db |
| 大腸桿菌 strain K12（E coli strain K12） | org.EcK12.eg.db |
| 大腸桿菌strain Sakai(E coli strain Sakai) | org.EcSakai.eg.db |
| 雞（Chicken） | org.Gg.eg.db |
| 人（Humanm) | org.Hs.eg.db |
| 小鼠（Mouse） | org.Mm.eg.db |
| 恒河猴（Rhesus） | org.Mmu.eg.db |
| 瘧原蟲（Malaria） | org.Pf.plasmo.db |
| 黑猩猩（Chimp） | org.Pt.eg.db |
| 大鼠，褐家鼠（Rat) | org.Rn.eg.db |
| 酵母（Yeast) | org.Sc.sgd.db |
| 豬（Pig) | org.Ss.eg.db |
| 爪蟾(Xenopus) | org.Xl.eg.db |