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大家好，我是鄧飛。 前幾天一直學(xué)習(xí)孟德爾隨機(jī)化的理論知識(shí)，寫了幾篇博客，迷迷糊糊感覺入門了，今天跑代碼試了試，看著結(jié)果和圖表，感覺理解更深入了。果然，看書百遍，不如一練，今天分享一下實(shí)操代碼。 前幾天的博客： 孟德爾隨機(jī)化的術(shù)語理解
孟德爾隨機(jī)化：工具變量三大假設(shè)
從一篇孟德爾隨機(jī)化文章看MR常見結(jié)果形式
示例數(shù)據(jù)使用官網(wǎng)的數(shù)據(jù)，進(jìn)行了一點(diǎn)補(bǔ)充，對(duì)結(jié)果進(jìn)行了可視化。（https://mrcieu./TwoSampleMR/articles/introduction.html）
整個(gè)步驟： 
步驟1：提取暴露數(shù)據(jù)的GWAS
> ## 1, 安裝TwoSampleMR，如果已安裝，可以忽略> > # library(remotes)> # install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")> > ## 2， 載入TwoSampleMR包> library(TwoSampleMR)> > ## 3，從數(shù)據(jù)庫中提取暴露的GWAS summary數(shù)據(jù)> exposure_dat = extract_instruments("ieu-a-2")> dim(exposure_dat)[1] 79 15
共有79行15列的暴露數(shù)據(jù)結(jié)果。
步驟2：提取結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)的GWAS 
> ## 4，從數(shù)據(jù)庫中提取結(jié)局變量的的GWAS summary數(shù)據(jù)，SNP用暴露數(shù)據(jù)的結(jié)果> # Get effects of instruments on outcome> outcome_dat = extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")Extracting data for 79 SNP(s) from 1 GWAS(s)> dim(outcome_dat)[1] 79 16
共79行15列的結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)，注意，這里直接使用暴露數(shù)據(jù)質(zhì)控后的SNP，提取結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)得到的結(jié)果，所以位點(diǎn)數(shù)是一樣的。 步驟3：合并暴露數(shù)據(jù)和結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù) 
> ## 5，將暴露數(shù)據(jù)和結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)合并> # Harmonise the exposure and outcome data> dat = harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)Harmonising Body mass index || id:ieu-a-2 (ieu-a-2) and Coronary heart disease || id:ieu-a-7 (ieu-a-7)> dim(dat)[1] 79 36
合并的數(shù)據(jù)，共79行，36列，這些數(shù)據(jù)可以用于孟德爾隨機(jī)化的分析。
步驟4：孟德爾隨機(jī)化分析及結(jié)果可視化 
> ## 6，進(jìn)行孟德爾隨機(jī)化分析> res = mr(dat)Analysing 'ieu-a-2' on 'ieu-a-7'> ## 7，異質(zhì)化分析> mr_heterogeneity(dat) id.exposure id.outcome outcome exposure method Q1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 Body mass index || id:ieu-a-2 MR Egger 143.30462 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 Body mass index || id:ieu-a-2 Inverse variance weighted 143.6508 Q_df Q_pval1 77 6.841585e-062 78 8.728420e-06> ## 8，水平多效性分析> mr_pleiotropy_test(dat) id.exposure id.outcome outcome exposure egger_intercept se pval1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 Body mass index || id:ieu-a-2 -0.001719304 0.003985962 0.6674266> ## 9，留一法分析> res_loo = mr_leaveoneout(dat)> mr_leaveoneout_plot(res_loo)$`ieu-a-2.ieu-a-7`
attr(,"split_type")[1] "data.frame"attr(,"split_labels") id.exposure id.outcome1 ieu-a-2 ieu-a-7> ## 10，散點(diǎn)圖> > p1 = mr_scatter_plot(res, dat)> p1$`ieu-a-2.ieu-a-7`
attr(,"split_type")[1] "data.frame"attr(,"split_labels") id.exposure id.outcome1 ieu-a-2 ieu-a-7> > ## 11，森林圖> res_single = mr_singlesnp(dat)> mr_forest_plot(res_single)$`ieu-a-2.ieu-a-7`
attr(,"split_type")[1] "data.frame"attr(,"split_labels") id.exposure id.outcome1 ieu-a-2 ieu-a-7Warning messages:1: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range (`geom_errorbarh()`). 2: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range (`geom_point()`). > > ## 12，漏斗圖> mr_funnel_plot(res_single)$`ieu-a-2.ieu-a-7`
attr(,"split_type")[1] "data.frame"attr(,"split_labels") id.exposure id.outcome1 ieu-a-2 ieu-a-7
下圖是留一法的森林圖： 
下圖是孟德爾隨機(jī)化的森林圖：
下圖是孟德爾隨機(jī)化的散點(diǎn)圖： 
下圖是孟德爾隨機(jī)化的漏斗圖： 
還有哪些需要研究的？
如何讀取自己的GWAS summary結(jié)果，并將格式整理為TwoSampleMR的格式？ 如何對(duì)暴露數(shù)據(jù)GWAS結(jié)果進(jìn)行質(zhì)控，包括LD質(zhì)控，F(xiàn)值質(zhì)控，R2質(zhì)控等？
怎么對(duì)已發(fā)表的文章進(jìn)行結(jié)果圖標(biāo)的復(fù)現(xiàn)？
這些都是細(xì)枝末節(jié)，等我后續(xù)一一完成博客的文章，歡迎繼續(xù)關(guān)注。
上面分析完整的代碼匯總： ## 1, 安裝TwoSampleMR，如果已安裝，可以忽略
# library(remotes)# install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
## 2， 載入TwoSampleMR包library(TwoSampleMR)
## 3，從數(shù)據(jù)庫中提取暴露的GWAS summary數(shù)據(jù)exposure_dat = extract_instruments("ieu-a-2")dim(exposure_dat)
## 4，從數(shù)據(jù)庫中提取結(jié)局變量的的GWAS summary數(shù)據(jù)，SNP用暴露數(shù)據(jù)的結(jié)果# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat = extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")dim(outcome_dat)
## 5，將暴露數(shù)據(jù)和結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)合并# Harmonise the exposure and outcome datadat = harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)dim(dat)
## 6，進(jìn)行孟德爾隨機(jī)化分析res = mr(dat)
## 7，異質(zhì)化分析mr_heterogeneity(dat)
## 8，水平多效性分析mr_pleiotropy_test(dat)
## 9，留一法分析res_loo = mr_leaveoneout(dat)mr_leaveoneout_plot(res_loo)
## 10，散點(diǎn)圖
p1 = mr_scatter_plot(res, dat)p1
## 11，森林圖res_single = mr_singlesnp(dat)mr_forest_plot(res_single)
## 12，漏斗圖mr_funnel_plot(res_single)
想要更好的學(xué)習(xí)和交流，快來加入飛哥的知識(shí)星球，這是一個(gè)生物統(tǒng)計(jì)+數(shù)量遺傳學(xué)+GWAS+GS的社區(qū)，在這里你可以向飛哥提問、幫你制定學(xué)習(xí)計(jì)劃、跟著飛哥一起做實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目，沖沖沖。點(diǎn)擊這里加入吧：飛哥的學(xué)習(xí)圈子
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