最近有很多小伙伴們想知道怎么查找基因的5'UTR、3'UTR、內(nèi)含子和外顯子。尤其是在看了往期稿子:熒光素酶報(bào)告(luciferase reporter)在microRNA研究中的應(yīng)用 因?yàn)閙icroRNA靶向的是基因的3'UTR,想做這個(gè)實(shí)驗(yàn)的問(wèn)題就是不知道怎么找基因的3'UTR。 今天就帶來(lái)保姆級(jí)的查找基因的5'UTR、3'UTR、內(nèi)含子和外顯子的方法教程,大家照著每步的箭頭指示操作就行了。 (1)打開(kāi)NCBI,將搜索內(nèi)容選擇為Gene,以人源的IL-10基因?yàn)槔?,輸出IL-10 human,點(diǎn)search。 (2)搜索出來(lái)的第一條就是我們需要的人源的IL-10基因。點(diǎn)進(jìn)去。 (3)點(diǎn)進(jìn)去之后是這樣,然后往下拉。 (4)找到右上角的tools。 (5)找到tools里面的“sequence text view”,點(diǎn)進(jìn)去就能看到基因的所有序列信息了。 (6)搜索結(jié)果怎么看? 藍(lán)色標(biāo)記的是5'UTR或3'UTR。紅色標(biāo)記的是外顯子,因?yàn)橥怙@子要翻譯成氨基酸,所以下面會(huì)給出對(duì)應(yīng)的氨基酸序列。綠色標(biāo)記的是內(nèi)含子,內(nèi)含子不翻譯,所以下面沒(méi)有氨基酸序列。這里標(biāo)記的顏色是網(wǎng)站自動(dòng)給出來(lái)的。如果頁(yè)面上沒(méi)有顯示出來(lái)完整的5'UTR或3'UTR,可以點(diǎn)左上角的“Prev page”或“Next page”。 所以IL-10基因的3'UTR序列就是: ACACATCAGGGGCTTGCTCTTGCAAAACCAAACCACAAGACAGACTTGCAAAAGAAGGC 因?yàn)?'UTR在基因末尾,所以要把進(jìn)度條往下拉,就能看到了。如下圖藍(lán)色標(biāo)記部分。 所以IL-10基因的5'UTR序列就是: GACATCAGGGTGGCGACTCTATAGACTCTAGGACATAAATTAGAGGTCTCCAAAATCGGATCTGGGGCTCTGGGATAGCTGACCCAGCCCCTTGAGAAACCTTATTGTACCTCTCTTATAGAATATTTATTACCTCTGATACCTCAACCCCCATTTCTATTTATTTACTGAGCTTCTCTGTGAACGATTTAGAAAGAAGCCCAATATTATAATTTTTTTCAATATTTATTATTTTCACCTGTTTTTAAGCTGTTTCCATAGGGTGACACACTATGGTATTTGAGTGTTTTAAGATAAATTATAAGTTACATAAGGGAGGAAAAAAAATGTTCTTTGGGGAGCCAACAGAAGCTTCCATTCCAAGCCTGACCACGCTTTCTAGCTGTTGAGCTGTTTTCCCTGACCTCCCTCTAATTTATCTTGTCTCTGGGCTTGGGGCTTCCTAACTGCTACAAATACTCTTAGGAAGAGAAACCAGGGAGCCCCTTTGATGATTAATTCACCTTCCAGTGTCTCGGAGGGATTCCCCTAACCTCATTCCCCAACCACTTCATTCTTGAAAGCTGTGGCCAGCTTGTTATTTATAACAACCTAAATTTGGTTCTAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCTAACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGATGGAAGTTGCAGTGAGCTGATATCATGCCCCTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAATAAAAATAAAAATAAATTTGGTTCTAATAGAACTCAGTTTTAACTAGAATTTATTCAATTCCTCTGGGAATGTTACATTGTTTGTCTGTCTTCATAGCAGATTTTAATTTTGAATAAATAA ATGTATCTTATTCACATCA |
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