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突破!用細(xì)菌,實(shí)現(xiàn)腫瘤DNA非侵入檢測(cè)

 子孫滿堂康復(fù)師 2023-08-17 發(fā)布于黑龍江

來源:生物探索 2023-08-17 11:45

體外DNA分析有助于檢測(cè)和管理重要的人類疾病,包括癌癥和感染。然而,體外傳感需要潛在的侵入性樣品去除,許多DNA診斷不能達(dá)到臨床相關(guān)的序列分辨率,更先進(jìn)的技術(shù)仍然過于昂貴,無法在所有環(huán)境中常規(guī)使用。

美國加州大學(xué)圣地亞哥分校Jeff Hasty、南澳大利亞健康和醫(yī)學(xué)研究所Susan L. Woods及Daniel L. Worthley共同通訊在Science在線發(fā)表題為“Engineered bacteria detect tumor DNA”的研究論文,該研究設(shè)計(jì)了一種腫瘤DNA工程細(xì)菌檢測(cè)器,利用天然活性的貝氏不動(dòng)桿菌來檢測(cè)來自結(jié)直腸癌(CRC)細(xì)胞、類器官和腫瘤基因組的供體DNA。

該研究在體外通過共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)表征了生物傳感器的功能,然后在體內(nèi)用傳感器細(xì)菌傳遞給攜帶結(jié)直腸腫瘤的小鼠進(jìn)行驗(yàn)證。在小鼠CRC模型中,該研究觀察到從腫瘤到傳感器細(xì)菌的水平基因轉(zhuǎn)移。這種靶向的、CRISPR識(shí)別水平基因轉(zhuǎn)移(CATCH)的細(xì)胞檢測(cè)能夠?qū)μ囟ǖ臒o細(xì)胞DNA進(jìn)行生物檢測(cè)。

細(xì)菌工程促進(jìn)了活細(xì)胞診斷和治療方法的發(fā)展,包括對(duì)腸道炎癥、腸道出血、病原體和缺氧腫瘤做出反應(yīng)的微生物。細(xì)菌可以進(jìn)入整個(gè)胃腸道,產(chǎn)生糞便或尿液。細(xì)胞記憶,如雙穩(wěn)態(tài)開關(guān)或基因組重排,使細(xì)菌能夠隨時(shí)間存儲(chǔ)信息。一些細(xì)菌天生具有轉(zhuǎn)化能力,可以直接從其環(huán)境中提取細(xì)胞外DNA樣本。自然能力是水平基因轉(zhuǎn)移(HGT)的一種機(jī)制,即生物之間的遺傳物質(zhì)交換,而不是垂直的“親本到后代”傳播。HGT在微生物中很常見。它也可能發(fā)生從微生物到動(dòng)物和植物,并在相反的方向,從真核生物到原核生物。然而,細(xì)菌通過HGT檢測(cè)和響應(yīng)哺乳動(dòng)物DNA的正向工程尚未被探索。

該文描述的傳感器細(xì)菌表明,活體生物傳感器可以檢測(cè)腸道中CRC脫落的特定哺乳動(dòng)物DNA,無需樣品制備或處理。工程供體盒不需要CATCH生物傳感器來檢測(cè)、區(qū)分和報(bào)告目標(biāo)序列,盡管最終的天然DNA生物傳感器將需要改進(jìn)的信號(hào)背景比來可靠地檢測(cè)整個(gè)基因組DNA中的序列。同源臂和CRISPR間隔器是模塊化的,因此該策略可以很容易地用于檢測(cè)和分析任意感興趣的目標(biāo)序列。

機(jī)理模式圖(圖源自Science)

體外DNA分析有助于檢測(cè)和管理重要的人類疾病,包括癌癥和感染。然而,體外傳感需要潛在的侵入性樣品去除,許多DNA診斷不能達(dá)到臨床相關(guān)的序列分辨率,更先進(jìn)的技術(shù)仍然過于昂貴,無法在所有環(huán)境中常規(guī)使用。在體內(nèi)對(duì)腸道進(jìn)行直接取樣可能具有重要的優(yōu)勢(shì)。胃腸道含有顯著的脫氧核糖核酸酶(DNase)活性,這限制了嚙齒動(dòng)物和人類游離DNA的壽命,從而可能降低下游糞便樣本的信息含量。

原位細(xì)菌生物傳感器可以在DNA釋放后被局部DNA酶降解之前捕獲并保存DNA。CATCH最令人興奮的方面可能是,與體外診斷不同,一旦捕獲目標(biāo)DNA,它就可以與納米體、肽或其他小分子的直接和基因型互補(bǔ)遞送相結(jié)合,用于治療癌癥或感染。CATCH允許細(xì)胞檢測(cè)無細(xì)胞DNA,因此可能在未來的合成生物學(xué)應(yīng)用中證明有用,無論何時(shí)何地,DNA檢測(cè)和分析都很重要。


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