故事是以吉姆為第一人稱敘述的。他的媽媽經(jīng)營著一家名叫“本寶將軍”的旅店。一天，一個臉上有疤的老船員來到旅館，他讓吉姆叫他“比爾船長”，并且經(jīng)常給吉姆講海盜冒險故事。

“比爾船長”告訴吉姆，他以前的同船船員垂涎著他的水手箱里面的東西。他付給吉姆幾便士，讓吉姆幫他留意提防一個獨(dú)腿的水手，這個人非常惡毒。

一天，“比爾船長”收到了“黑券（最后通牒）”，要他第二天一早交出藏寶地圖，不然就必死無疑。后來“比爾船長”中風(fēng)了，并在恐懼中死去。吉姆和他的母親打開了“比爾船長”的水手箱，發(fā)現(xiàn)了一些錢和一張地圖。地圖上顯示的是海盜弗林特在一個小島上埋藏寶藏的地方。“比爾船長”其實(shí)曾經(jīng)是弗林特手下的一名海盜。后來吉姆、利弗西醫(yī)生和鄉(xiāng)紳特里勞尼決定一起去找寶藏。他們裝備了一艘船，雇了一些幫手便開始了冒險旅程。

不幸的是，幾個星期后，特里勞尼雇了一個獨(dú)腿廚子“朗·約翰·西爾弗”，當(dāng)他們快要抵達(dá)金銀島時，吉姆偷聽到西爾弗同其他兩個水手的談話，發(fā)現(xiàn)原來他們這些人都是海盜并且計劃了一場叛變。

吉姆把這件事告訴了船長、特里勞尼和利弗西，他們認(rèn)為自己和反叛者們的人數(shù)7比19寡不敵眾，所以在找到寶藏之前必須假裝什么都不知道。但是當(dāng)船靠岸停泊以后，西爾弗他們上了岸，并殺了兩個拒絕和他們一起反叛的人——其中一個人的大聲喊叫使吉姆他們意識到不能再假裝下去了。

海盜和吉姆一行人之間的斗爭既精彩又血腥。吉姆從船上偷跑出來，發(fā)現(xiàn)了一個被困在島上三年的水手本·葛恩，他也曾經(jīng)是海盜弗林特船上的船員。本·葛恩對吉姆很友好，他只希望自己有機(jī)會能重新回到文明社會里。實(shí)際上本·葛恩已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了寶藏并把它們藏了起來，最終這些勝利者們帶著寶藏上船回去了。