圖示摘要：來自作者 Jonas Koeppel (Ph. D., Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute) 的 Twitter

雜合雙功能降解技術(shù) (PROTAC，靶蛋白配體-Linker-E3 連接酶配體組成的“三體”聚合物) 已被用于多種疾病相關(guān)靶點(diǎn)的降解劑開發(fā)，包括激酶、核受體和表觀遺傳酶等。但是，仍有蛋白對(duì) PROTAC 顯示出抗性，如 B 細(xì)胞淋巴瘤 6 蛋白 (BCL6)。William McCoull 等人在 2018 年發(fā)表的研究中闡明，他們開發(fā)的 BCL6  的抑制劑以及 PROTAC 小分子盡管可以有效降解 BCL6，但降解不完全，且未能有理想的細(xì)胞表型結(jié)果。
BCL6 蛋白是多種淋巴瘤 (非霍奇金淋巴瘤，濾泡性淋巴瘤以及彌漫性 B 細(xì)胞淋巴瘤 (DLBCL)) 治療的有效潛在靶點(diǎn)。BCL6 蛋白作為一種轉(zhuǎn)錄抑制因子，可促進(jìn)濾泡生發(fā)中心 B 細(xì)胞 (濾泡性淋巴瘤的起源) 的快速擴(kuò)張。在生發(fā)中心 B 細(xì)胞中，當(dāng) BCL6 蛋白高表達(dá)時(shí)，p53 抑癌基因幾乎是缺失的。因此抑制 BCL6 可促進(jìn) p53 的表達(dá)，從而保護(hù) Ｂ 細(xì)胞不受由 DNA 破壞導(dǎo)致的細(xì)胞自殺的影響。
近日，MCE 客戶美國(guó)哈佛大學(xué) Eric S. Fischer 和 Benjamin L. Ebert 團(tuán)隊(duì)在 Nature 發(fā)表了題為 Small-molecule-induced polymerization triggers degradation of BCL6 的文章，發(fā)現(xiàn)小分子 BI-3802 竟起到了類似 PROTAC 的蛋白降解作用，BI-3802 誘導(dǎo)蛋白聚集，通過泛素——蛋白酶體途徑實(shí)現(xiàn)蛋白降解。

■ BI-3802 誘導(dǎo)特異性的 BCL6 降解，不改變 mRNA 的表達(dá)

BI-3802 在不影響 BCL6 mRNA 水平的情況下，降低蛋白豐度并誘導(dǎo)其降解。該作用是通過靶向 BCL6 蛋白的 BTB (Bric-à-brac) 區(qū)域?qū)崿F(xiàn)的。通過比較泛素——蛋白酶體途徑中 E1 激活酶 (UBA1)、E3 連接酶 (NEDD8) 以及蛋白酶體的抑制劑作用發(fā)現(xiàn)，BI-3802 降解蛋白的機(jī)制是由非 Cullin E3 泛素連接酶介導(dǎo)的。

圖 1. BI-3802 特異性誘導(dǎo) BCL6 蛋白降解
（MLN4924 購(gòu)自 MedChemExpress）

(泛素化的過程是泛素激活酶 (E1)，泛素結(jié)合酶 (E2)、泛素連接酶 (E3) 的三酶級(jí)聯(lián)反應(yīng)過程。靶蛋白被泛素 (多肽) 標(biāo)記，然后被蛋白酶體識(shí)別和降解。)

圖 2. PROTAC 以及泛素——蛋白酶體途徑

■ BI-3802 誘導(dǎo)細(xì)胞內(nèi)的 BCL6 “病灶” (蛋白聚集)

BI-3802 處理細(xì)胞后，觀察到原本應(yīng)是單分散粒子的 BCL6 蛋白竟然形成了規(guī)則的、絲狀的、“正弦”結(jié)構(gòu)的“病灶”。BI-3802 誘導(dǎo)的該“病灶”是可逆的，并發(fā)現(xiàn) Tyr58、Arg28、Glu41、Cys84 和 Gly55 是蛋白聚集和藥物結(jié)合的重要位點(diǎn)。

(BI-3812 是 BI-3802 類似物，競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合 BCL6 的 BTB 結(jié)構(gòu)域，可有效抑制 BI-3802 誘導(dǎo)的 BCL6 “病灶”，但不能誘導(dǎo) BCL6 蛋白的降解。)

■ E3 連接酶 SIAH1 降解 BI-3802 誘導(dǎo)的 BCL6 “病灶”

SIAH1 E3 泛素連接酶通過作用 BCL6 蛋白的 VxP 基序 (位于 BCL6 的 249-251 殘基)，降解 BI-3802 誘導(dǎo)聚集的蛋白。BI-3802 促進(jìn)了 BCL6 蛋白和 SIAH1 之間的相互作用 (EC₅₀= 640 nM)，加速 BCL6 蛋白的泛素化和降解。

(進(jìn)行細(xì)胞對(duì) BI-3802 的抗性篩選，發(fā)現(xiàn)只有 SIAH1 是顯著差異基因。野生型 SIAH1 過表達(dá)不僅增強(qiáng) BI-3802 誘導(dǎo)的 BCL6 降解，也會(huì)明顯降低內(nèi)源性的 BCL6 蛋白豐度，表明 SIAH1 也是內(nèi)源性 BCL6 蛋白降解的依賴途徑。)

圖 3. SIAH1 降解 BI-3802 誘導(dǎo)的 BCL6 蛋白聚集

這些發(fā)現(xiàn)代表了一種新的小分子誘導(dǎo)的蛋白降解機(jī)制，即藥物可誘導(dǎo)蛋白聚集隨后進(jìn)入泛素——蛋白酶體途徑降解。先前的研究表明，抑制 BCL6 蛋白或通過 PROTAC 降解 BCL6 會(huì)導(dǎo)致對(duì)下游靶點(diǎn)的抑制不足，因此只有輕微的抗增殖作用。BI-3802 獨(dú)特的作用機(jī)制克服了這些限制，并有助于改善功效。不僅如此，BI-3802 的抗增殖和抑制轉(zhuǎn)錄作用可與使用 CRISPR-Cas9 敲除 BCL6 基因效果相媲美。

原文鏈接：DOI: 10.1038/s41586-020-2925-1.

參考文獻(xiàn)
1. McCoull, W. et al. Development of a novel B-cell lymphoma 6 (BCL6) PROTAC to provide insight into small molecule targeting of BCL6. ACS Chem. Biol. 2018. 13, 3131–3141.
2. Hatzi, K. & Melnick, A. Breaking bad in the germinal center: how deregulation of BCL6 contributes to lymphomagenesis. Trends Mol. Med. 2014. 20, 343–352. 
3. Ryan T Phan, et al. The BCL6 proto-oncogene suppresses p53 expression in germinal-centre B cells. Nature. 2004 Dec 2; 432 (7017): 635-9. 
4. Leandro C Cerchietti, et al. A small-molecule inhibitor of BCL6 kills DLBCL cells in vitro and in vivo. Cancer Cell. 2010 Apr 13;17(4):400-11.