研究人員發(fā)現(xiàn)，某些癌細(xì)胞表達(dá)的基因負(fù)責(zé)血液凝固，這有可能成為癌癥治療中抗凝血劑的目標(biāo)。來自HSE的研究人員發(fā)現(xiàn)了對最具侵略性的透明細(xì)胞腎癌亞型具有特殊意義的基因。HSE計算機科學(xué)系國際生物信息學(xué)實驗室的研究員Grigory Puzanov分析了456名該疾病患者的數(shù)據(jù)，并確定了預(yù)后有利或不利的癌癥亞型。該研究結(jié)果發(fā)表在《科學(xué)報告》雜志上。

透明細(xì)胞腎癌（CCRC）是腎癌的一種類型，其特點是腫瘤中存在透明細(xì)胞。它是成年人中最常見的腎癌類型，約占所有腎癌的70-80%。CCRC傾向于快速生長和擴(kuò)散，它往往在后期被診斷，因為它已經(jīng)擴(kuò)散到身體的其他部位。

在過去的幾十年里，CCRC新病例的數(shù)量一直在增加。雖然有大量關(guān)于這種疾病的數(shù)據(jù)，但仍然缺乏可以幫助預(yù)測其臨床過程的特定人類基因的信息。

Puzanov的研究結(jié)果揭示了哪些ccRCC亞型比其他亞型更危險，哪些人類基因似乎應(yīng)該對該疾病的進(jìn)展負(fù)責(zé)。這一新信息對于早期發(fā)現(xiàn)侵襲性腫瘤和為ccRCC患者設(shè)計個性化治療方案具有重要意義。

作者分析了來自The Cancer Genome Atlas（TCGA）的456個腫瘤樣本的數(shù)據(jù)，這些樣本沒有進(jìn)行放療或額外的藥物治療。使用k-means方法將樣本聚類為具有類似特征的亞組，確定了具有不同生存率的亞型。對于基因聚類，Puzanov選擇了2000個在ccRCC中表達(dá)模式高度可變的基因。

基因表達(dá)是一個基因被讀取和復(fù)制以產(chǎn)生信使RNA（mRNA）的過程，然后用于合成蛋白質(zhì)。

研究人員便攜的一個生物信息學(xué)算法運行了100次，每次都是根據(jù)2000個基因的表達(dá)模式的相似性對腫瘤樣本進(jìn)行分類。三個具有不同生存率的集群（亞型）被識別出來。存活率最低的集群與轉(zhuǎn)移和對后續(xù)治療反應(yīng)最差有關(guān)。

該研究分幾個階段進(jìn)行。在第一階段，為了更好地了解可能影響疾病進(jìn)程的遺傳因素，對每個集群的特征進(jìn)行了研究。然后，研究作者確定了高生存率和低生存率集群所特有的關(guān)鍵基因，并為其合成由這些基因編碼的蛋白質(zhì)構(gòu)建了一個相互作用的網(wǎng)絡(luò)。

Puzanov的分析確定了哪些基因編碼的蛋白質(zhì)具有最高的網(wǎng)絡(luò)連接數(shù)。發(fā)現(xiàn)存活率最差的集群與MFI2、CP、APOB和ENAM基因有關(guān)，這些基因已知參與胰島素樣生長因子（一種與胰島素結(jié)構(gòu)相似的蛋白質(zhì)）的運輸和蛋白質(zhì)的翻譯后修飾。此外，低存活率亞型特有的是編碼與血液凝固有關(guān)的纖維蛋白原和凝血酶原的基因（FGA、FGG和F2）。

'這些關(guān)鍵基因中的一些可能會影響抗腫瘤療法的療效。例如，CP、FGA和FGG基因的活性增加與尼沃魯單抗的不良反應(yīng)有關(guān)，而APOB和ENAM的高表達(dá)則預(yù)測對舒尼替尼缺乏反應(yīng)。這些知識可以幫助為惡性腫瘤患者開出最合適的靶向治療處方'，HSE大學(xué)計算機科學(xué)系生物信息學(xué)國際實驗室研究員Grigory Puzanov這樣表示。

據(jù)該研究人員稱，聯(lián)合使用常規(guī)抗腫瘤藥物和抗凝劑（有助于防止血栓的藥物）可以提高癌癥治療的效果。因此，有證據(jù)表明，常用于治療癌癥患者血栓栓塞事件的肝素有助于患者的生存，并具有抗轉(zhuǎn)移的活性。