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Nat Synth|化學(xué)和材料科學(xué)中自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)室的興起

 智藥邦 2023-01-31 發(fā)布于上海

Nature Synthesis是Nature出版集團(tuán)于2022年1月創(chuàng)辦的期刊,旨在匯集來自化學(xué)和材料合成各個(gè)領(lǐng)域的基于有機(jī)、無機(jī)、有機(jī)金屬和材料化學(xué)的工作,以及這些學(xué)科的跨學(xué)科研究。

2023年1月30日,來自北卡羅來納州立大學(xué)化學(xué)與生物分子工程系的Milad Abolhasani等人在Nature Synthesis發(fā)表文章The rise of self-driving labs in chemical and materials sciences。

該文介紹了自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)室近年來的發(fā)展現(xiàn)狀和實(shí)施路線圖。

摘要

加快發(fā)現(xiàn)新的分子和材料,以及開發(fā)綠色和可持續(xù)的合成方法,將有助于解決能源、可持續(xù)性和醫(yī)療保健方面的全球挑戰(zhàn)。最近,數(shù)據(jù)科學(xué)和自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展推動(dòng)了整合機(jī)器學(xué)習(xí)、實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化和機(jī)器人技術(shù)的自我驅(qū)動(dòng)實(shí)驗(yàn)室(self-driving labs,SDLs)的出現(xiàn)。

SDL是一個(gè)機(jī)器學(xué)習(xí)輔助的模塊化實(shí)驗(yàn)平臺(tái),它可以迭代操作由機(jī)器學(xué)習(xí)算法選擇的一系列實(shí)驗(yàn),以實(shí)現(xiàn)用戶定義的目標(biāo)。這些智能機(jī)器人助手通過對(duì)化學(xué)空間的快速探索,幫助研究人員加快基礎(chǔ)和應(yīng)用研究的步伐。

在這篇綜述中,我們介紹了SDL,并提供非專業(yè)科學(xué)家實(shí)施它們的路線圖。我們介紹了SDL在該領(lǐng)域成功實(shí)施的現(xiàn)狀,并討論了它們目前的局限性和未來的機(jī)會(huì)。

主要內(nèi)容

為能源、可持續(xù)發(fā)展和醫(yī)療保健方面的全球挑戰(zhàn)尋找切實(shí)的解決方案非常重要。然而,目前應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)的策略是時(shí)間、資源和勞動(dòng)密集型的。

這些例子有一個(gè)共同的挑戰(zhàn):需要探索大量的連續(xù)和離散的實(shí)驗(yàn)變量,以找到最有效的成分以及分子和材料的制造路線。目前在化學(xué)和材料科學(xué)中的探索策略依賴于先前的知識(shí),并且在實(shí)驗(yàn)中依賴于一次一次地或以組合方式改變變量。盡管這些方法簡單明了,但它們并不能滿足化學(xué)和材料科學(xué)中解決相關(guān)挑戰(zhàn)所需的探索速度。盡管最初非常有希望,但組合篩選策略并沒有在能源材料或小分子領(lǐng)域取得重大突破,原因是每增加一個(gè)實(shí)驗(yàn)變量,所需的實(shí)驗(yàn)數(shù)量就會(huì)呈指數(shù)級(jí)增長。

實(shí)驗(yàn)探索化學(xué)空間的巨大規(guī)模和高維度(維度在此指連續(xù)或離散的實(shí)驗(yàn)變量),意味著需要新的綜合策略來加速發(fā)現(xiàn)新分子和先進(jìn)功能材料,并為它們的放大合成和制造找到可持續(xù)的方法。

機(jī)器人技術(shù)和人工智能的最新進(jìn)展為重塑實(shí)驗(yàn)化學(xué)和材料科學(xué)的研究提供了一個(gè)令人興奮的機(jī)會(huì)。ML、實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化(例如合成、分離、純化和表征)和機(jī)器人技術(shù)(例如試劑制備和不同實(shí)驗(yàn)?zāi)K之間的樣品轉(zhuǎn)移)的融合推動(dòng)了"自我驅(qū)動(dòng)實(shí)驗(yàn)室(SDLs)"的發(fā)展。

SDL采用了過去十年學(xué)術(shù)界和工業(yè)界在實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化、反應(yīng)小型化(通過流動(dòng)化學(xué)和微流控技術(shù))和在線分析表征方面取得的科學(xué)和技術(shù)進(jìn)展。與傳統(tǒng)化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室中依賴人類的實(shí)驗(yàn)環(huán)境相比,SDL使用機(jī)器人操作多種重復(fù)性任務(wù)(這些任務(wù)耗時(shí)長、要求精確或在處理有毒或易燃化學(xué)品時(shí)有安全問題),而計(jì)算機(jī)在某些任務(wù)中可以勝過人類科學(xué)家,如處理高維大數(shù)據(jù)。

通過這種方式,SDL解決了傳統(tǒng)化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的三個(gè)挑戰(zhàn):(1)低效和緩慢的實(shí)驗(yàn)空間探索,(2)不同實(shí)驗(yàn)階段之間的物理隔斷,(3)執(zhí)行一個(gè)實(shí)驗(yàn)和選擇下一個(gè)實(shí)驗(yàn)的時(shí)間間隔。

圖1:傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室與自我驅(qū)動(dòng)實(shí)驗(yàn)室

研究人員從傳統(tǒng)化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室(a)過渡到SDL(b)的圖示,通過使用模塊化機(jī)器人實(shí)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)的智能規(guī)劃,來解決當(dāng)前互不關(guān)聯(lián)的實(shí)驗(yàn)工作流程的挑戰(zhàn)。

通過實(shí)驗(yàn)?zāi)K的機(jī)器人集成,SDLs將原本物理上不相干的試劑制備、合成、表征和性能評(píng)估等階段連接起來,建立了一個(gè)端到端的實(shí)驗(yàn)工作流程,以加速新分子和材料的合成和開發(fā)。

通過加入ML,SDL可以智能地探索化學(xué)空間,而不是一次改變一個(gè)變量,同時(shí)最大限度地減少或消除獲得實(shí)驗(yàn)結(jié)果和為下一個(gè)實(shí)驗(yàn)條件作出決策之間的時(shí)間差距。

智能機(jī)器人助手的目的是加速發(fā)現(xiàn),并利用化學(xué)家和材料科學(xué)家的時(shí)間來解決高水平的科學(xué)問題。例如,為圖1a所示的每個(gè)研究人員提供一個(gè)研究加速度為10倍的SDL(圖1b),可以使他們的整體研究生產(chǎn)率提高至少30倍,這使得他們可以研究新的科學(xué)問題。因此,SDL重塑了操作員和/或研究人員在化學(xué)和材料科學(xué)工作流程中的角色(圖1b)。

在過去的十年中,SDL在加速分子和材料的合成和制造方面有很好的應(yīng)用,例如碳納米管、復(fù)雜的有機(jī)化合物、納米材料、相變記憶材料和薄膜材料。然而,SDL在化學(xué)和材料科學(xué)中的應(yīng)用仍然是有限的。導(dǎo)致SDL進(jìn)展緩慢的原因是缺乏:(1)標(biāo)準(zhǔn)化和具有成本效益的硬件,(2)容易獲得的軟件,(3)方便化學(xué)家和材料科學(xué)家的操作指南,(4)基于物理學(xué)的模型與自主實(shí)驗(yàn)的結(jié)合。

這篇綜述介紹了用于實(shí)驗(yàn)化學(xué)和材料科學(xué)的SDL,并強(qiáng)調(diào)了最近自主合成有機(jī)分子和功能(納米)材料的成功案例。同時(shí)提供了在傳統(tǒng)化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室啟動(dòng)SDL的路線圖,并討論了成功實(shí)施SDL的步驟。

化學(xué)和材料科學(xué)中的SDL

SDL是一個(gè)智能實(shí)驗(yàn)平臺(tái),配備了不同的硬件模塊,以閉環(huán)的形式迭代操作由ML算法選擇和規(guī)劃的一系列合成或物理過程,以實(shí)現(xiàn)預(yù)定的目標(biāo)。SDL的閉環(huán)操作是指通過遵循一系列自動(dòng)化的任務(wù)、獲取實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、更新ML模型并對(duì)SDL要測(cè)試的下一組實(shí)驗(yàn)條件做出決定來執(zhí)行ML選擇的實(shí)驗(yàn)的循環(huán)。通過智能實(shí)驗(yàn)計(jì)劃,SDL產(chǎn)生的大數(shù)據(jù)可以迅速提供有關(guān)復(fù)雜多階段反應(yīng)的基本反應(yīng)機(jī)制的重要信息。

圖2說明了SDLs最近在化學(xué)和材料科學(xué)中的實(shí)施情況。例如,SDLs實(shí)現(xiàn)了半導(dǎo)體的閉環(huán)合成-屬性關(guān)系映射(圖2a)和按需合成(圖2b),比傳統(tǒng)技術(shù)快1000倍以上。一個(gè)連續(xù)8天無人看管的SDL操作(688次實(shí)驗(yàn))揭示了一種有效的光催化劑配方,用于從水中產(chǎn)生氫氣,其活性比現(xiàn)有技術(shù)高6倍(圖2e)。

圖2:SDLs在化學(xué)和材料科學(xué)中的成功例子

SDLs的路線圖

考慮在化學(xué)或材料科學(xué)研究中采用SDL的科學(xué)家最常問的問題是:我應(yīng)該從哪里開始、哪些ML算法可以用于實(shí)驗(yàn)選擇和數(shù)據(jù)挖掘、建立一個(gè)SDL需要多長時(shí)間、建立一個(gè)SDL的成本是多少。

這些問題的答案與要制備的分子或材料的類型以及研究的目標(biāo)直接相關(guān)。圖3a展示了SDL的一般路線圖,旨在回答"我應(yīng)該從哪里開始"這個(gè)問題。

從硬件的角度來看,目標(biāo)分子或材料的類別決定了所需SDL硬件模塊的選擇,即指定試劑和反應(yīng)的類型(即氣相、液相或固相),以及必要的表征技術(shù)。從軟件的角度來看,SDL操作的目標(biāo)也決定了智能實(shí)驗(yàn)計(jì)劃的范圍和SDL閉環(huán)所需的軟件組件。

圖3:SDL的路線圖

a, 在化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室建立SDL的方法概述。b, 一個(gè)使用機(jī)器人液體處理和基于孔板的合成建立的SDL的流程圖。c, 一個(gè)端到端SDL的流程圖,用于在無空氣和水分環(huán)境下加速清潔能源材料和設(shè)備的協(xié)同設(shè)計(jì)。

如圖3a所示,SDL不同模塊之間的樣品轉(zhuǎn)移可以由固定的或移動(dòng)的機(jī)器人處理,或者使用泵、閥門和管道。

帶有流體樣品傳輸和固定式機(jī)械臂的SDL配置需要定制開發(fā),并將表征模塊與SDL的合成模塊具體整合,而移動(dòng)式機(jī)器人則是對(duì)傳統(tǒng)化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的一種改裝。除了樣品轉(zhuǎn)移,機(jī)器人手臂還可用于自主重新配置從起始試劑到最終純化產(chǎn)品的端到端模塊化工作流程,這大大擴(kuò)展了SDL探索連續(xù)和離散變量的能力,并能夠進(jìn)入比傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)更大的設(shè)計(jì)空間。

從軟件角度看,不同SDL模塊之間的數(shù)據(jù)流是閉環(huán)操作的關(guān)鍵點(diǎn)。使用強(qiáng)大的數(shù)據(jù)表征和元數(shù)據(jù)跟蹤策略的可靠數(shù)據(jù)流,即記錄和報(bào)告每個(gè)實(shí)驗(yàn)的潛在特征,是真正將分子和材料的合成和制造數(shù)字化的必要條件,具有可擴(kuò)展和可轉(zhuǎn)讓的知識(shí)。只有當(dāng)SDL測(cè)試的所有反應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化和可靠的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)變得容易獲得時(shí),加速發(fā)現(xiàn)才成為可能。

SDLs結(jié)合了ML建模和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的不確定性量化或遺傳算法,以順序、閉環(huán)和自適應(yīng)的方式有效探索分子或(納米)材料的合成設(shè)計(jì)空間。自主實(shí)驗(yàn)的這個(gè)關(guān)鍵的適應(yīng)性方面利用了數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的ML模型的不確定性量化,以克服非適應(yīng)性組合篩選技術(shù)的局限性。

建立一個(gè)SDL需要多長時(shí)間?建立一個(gè)SDL的成本是多少?這些問題的答案與所需實(shí)驗(yàn)?zāi)K的復(fù)雜性(例如,單階段與多階段實(shí)驗(yàn))、操作過程條件的范圍和數(shù)量(例如,壓力和溫度)、溶劑的類型、所需的表征技術(shù)和可接受的精度直接相關(guān)。為化學(xué)和材料科學(xué)實(shí)驗(yàn)室建立一個(gè)可靠的、具有高度可重復(fù)性的SDL,可能需要幾周到1-2年的時(shí)間,費(fèi)用從不到1000美元到超過100萬美元。

SDL的成功案例

在過去的五年中,概念驗(yàn)證SDL(例如Chemputer、BEAR、CAMEO和Artificial Chemist)被成功地用于自主合成納米粒子、聚合物和共聚物、薄膜材料、碳納米管、超分子團(tuán)塊、復(fù)雜的有機(jī)分子、光催化劑和形狀記憶材料,應(yīng)用于添加劑制造、液體產(chǎn)品配方、藥品和清潔能源技術(shù)。

圖4顯示了SDL硬件和機(jī)器人集成的三種方法。

圖4:機(jī)器人技術(shù)在SDL中的應(yīng)用

移動(dòng)式(a)、固定式(b)或流體式(c)機(jī)器人的照片,用于SDLs的實(shí)驗(yàn)?zāi)K之間的自動(dòng)樣品轉(zhuǎn)移。

移動(dòng)機(jī)器人(圖4a)的獨(dú)特之處在于可以方便地使用化學(xué)實(shí)驗(yàn)室中的常規(guī)表征技術(shù),而不需要與SDL的合成模塊直接整合。盡管有這一優(yōu)勢(shì),但移動(dòng)機(jī)器人的成本很高,它能提供精確和可重復(fù)的樣品轉(zhuǎn)移,并有多個(gè)抓手,這對(duì)這種SDL來說是一個(gè)主要瓶頸。

圖5顯示了平行間歇式反應(yīng)器(圖5a)和流動(dòng)式反應(yīng)器(圖5b)的例子,用來在SDL中自動(dòng)進(jìn)行反應(yīng)。

圖 5: SDL反應(yīng)器的多樣性

平行間歇式反應(yīng)器(a)和小型流動(dòng)反應(yīng)器(b)用于薄膜材料(a,左)、金屬納米顆粒(a,右)、活性藥物成分(b,左)和膠體量子點(diǎn),QD(b,右)的控制合成。

從表征的角度來看,在線和離線模塊,如定制開發(fā)的光譜技術(shù)和成像工具,以及現(xiàn)成的分析單元,如高效液相色譜、傅立葉變換紅外光譜、核磁共振光譜和氣相色譜,都已經(jīng)成功地與SDL整合,用于自主合成和開發(fā)功能材料和分子。

此外,在線表征模塊可以在多階段合成或材料制造的每個(gè)階段后提供測(cè)量的機(jī)會(huì)。這種中間階段的信息可以通過早期識(shí)別更有利的合成路線來加速在多階段過程的高維空間中進(jìn)行搜索。SDL與在線表征技術(shù)的整合利用了過去20年通過芯片上的實(shí)驗(yàn)室技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展而開發(fā)的大量硬件開發(fā)和在線反應(yīng)采樣技術(shù)。除了常見的光譜表征技術(shù)外,使用電子顯微鏡(透射電子顯微鏡和掃描電子顯微鏡)和小角度和廣角X射線散射對(duì)制造的(納米)材料進(jìn)行結(jié)構(gòu)表征也可以與SDL整合。

從ML的角度來看,一系列適合處理連續(xù)和離散參數(shù)的策略,從貝葉斯優(yōu)化到進(jìn)化算法(例如協(xié)方差矩陣適應(yīng)進(jìn)化策略和遺傳算法)已經(jīng)成功地在SDL中實(shí)施,用于加速開發(fā)和按需合成有機(jī)分子、納米材料和薄膜材料。

SDL的局限性和未來機(jī)遇

盡管SDL在加速合成復(fù)雜的有機(jī)分子和先進(jìn)的(納米)材料方面有成功的概念驗(yàn)證案例,但仍有許多機(jī)會(huì)需要進(jìn)一步研究和開發(fā)。

首先,對(duì)于自主機(jī)器人實(shí)驗(yàn)的非專業(yè)人員來說,SDL從復(fù)雜的定制開發(fā)技術(shù)過渡到實(shí)驗(yàn)化學(xué)和材料科學(xué)的主流方法,需要在硬件開發(fā)方面取得重大進(jìn)展,這包括模塊工程和在線表征技術(shù),以減少進(jìn)入障礙,如成本、模塊組裝、操作和故障排除。機(jī)器人和表征模塊的高成本,定制開發(fā)的模塊的復(fù)雜組裝和大量的故障排除,所有這些加上硬件模塊、數(shù)據(jù)流、數(shù)據(jù)表示和智能實(shí)驗(yàn)選擇算法的缺乏標(biāo)準(zhǔn)化,是目前SDL的主要限制。但SDL的初始成本障礙是化學(xué)和材料科學(xué)領(lǐng)域研究加速的一個(gè)有利機(jī)會(huì)。此外,最近世界各地云實(shí)驗(yàn)室的增長為早期職業(yè)研究人員提供了另一個(gè)潛在的途徑,使他們能夠在沒有重大資本投資的情況下獲得最先進(jìn)的機(jī)器人實(shí)驗(yàn)設(shè)施。

科學(xué)家們?cè)谡麄€(gè)化學(xué)和材料科學(xué)領(lǐng)域采用SDL,將意味著研究實(shí)驗(yàn)室的高度智能化和靈活自動(dòng)化,并具有自主可重構(gòu)的實(shí)驗(yàn)?zāi)K。與小分子材料相比,自主開發(fā)先進(jìn)功能材料的挑戰(zhàn)在于文獻(xiàn)中缺乏可重復(fù)的數(shù)據(jù)。不過,盡管證明有偏差,但在有機(jī)合成方面已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了,并成功地實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的逆向合成或高度精確的反應(yīng)預(yù)測(cè),但在高級(jí)(納米)材料方面卻基本上失敗了。然而,這種失敗為SDL創(chuàng)造了一個(gè)獨(dú)特的機(jī)會(huì)。總的來說,SDL可以通過數(shù)字化、增強(qiáng)準(zhǔn)確性、可轉(zhuǎn)移的知識(shí)和最大限度地減少人為錯(cuò)誤的影響來提高實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的可重復(fù)性。

盡管可以利用移動(dòng)或固定的機(jī)械臂在不同模塊之間轉(zhuǎn)移液相試劑或產(chǎn)品,或自動(dòng)重新配置SDL,但在處理固相試劑的SDL中,或在需要更強(qiáng)大的表征技術(shù)(如核磁共振光譜)的情況下,大多需要這些機(jī)械臂。處理固相反應(yīng)、試劑或樣品的SDL的一個(gè)關(guān)鍵要求是需要使用機(jī)器人技術(shù)進(jìn)行精確的固體粉末計(jì)量,并在不同的SDL模塊之間進(jìn)行快速和可靠的樣品轉(zhuǎn)移。盡管在過去的20年里,機(jī)器人和固體噴點(diǎn)技術(shù)取得了快速的發(fā)展,但精確的固體噴點(diǎn)和機(jī)器人手臂的高成本,以及所需的精度、可重復(fù)性、移動(dòng)性和速度,對(duì)SDL的廣泛實(shí)施構(gòu)成了限制。因此,采用SDL的下一個(gè)關(guān)鍵步驟是開發(fā)具有成本效益的移動(dòng)機(jī)器人操縱器,以實(shí)現(xiàn)SDL設(shè)計(jì)的自動(dòng)重新配置和適應(yīng)工作空間的動(dòng)態(tài)變化的靈活性。降低移動(dòng)機(jī)器人機(jī)械手的成本,可以在SDL中加入多個(gè)機(jī)器人,這樣可以防止在特定機(jī)器人可能出現(xiàn)故障的情況下,SDL的閉環(huán)操作出現(xiàn)中斷。

SDL的一個(gè)重要的軟件方面是它們與ML的強(qiáng)大和靈活的整合,為在分子和材料的設(shè)計(jì)空間中的導(dǎo)航提供自主性??焖僭鲩L的ML建模和實(shí)驗(yàn)選擇策略清單使得算法選擇對(duì)非專家來說是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。這一挑戰(zhàn)對(duì)于SDL未來的發(fā)展是一個(gè)令人興奮的機(jī)會(huì),它可以使ML算法標(biāo)準(zhǔn)化,適合不同的端到端實(shí)驗(yàn)工作流程、操作模式(探索、開發(fā)或機(jī)理研究)和目標(biāo)分子或(納米)材料類別。

隨著未來幾年SDL的實(shí)驗(yàn)?zāi)K和獨(dú)立輸入?yún)?shù)數(shù)量的增加,將需要更多的數(shù)據(jù)和/或物理信息的ML策略,以減少計(jì)算和實(shí)驗(yàn)的總成本,以發(fā)現(xiàn)新的材料和分子或可持續(xù)的方式來大規(guī)模制造它們。

SDL最吸引人的方面之一是它們的遠(yuǎn)程操作能力,通過云端或遠(yuǎn)程連接來定義SDL操作的下一個(gè)目標(biāo),這一點(diǎn)在很大程度上還沒有被開發(fā)出來。自動(dòng)訪問起始試劑庫,結(jié)合可靠和可重復(fù)的自動(dòng)樣品制備、合成以及在線和離線表征技術(shù),將會(huì)大大減少SDL操作過程中研究人員在實(shí)驗(yàn)室的時(shí)間。

參考資料

Abolhasani, M., Kumacheva, E. The rise of self-driving labs in chemical and materials sciences. Nat. Synth (2023). https:///10.1038/s44160-022-00231-0

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