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科研快報(bào)|PacBio全長擴(kuò)增子測(cè)序破解蚊子腸道微生態(tài)與耐藥性差異

 凌恩生物 2023-01-16 發(fā)布于陜西

論文題目:Differences in the intestinal microbiota between insecticide-resistant and -sensitive Aedes albopictus based on full-length 16S rRNA sequencing.

期刊:Microbiologyopen

影響因子:3.139

發(fā)表時(shí)間:20211

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研究背景

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白紋伊蚊是登革熱病毒的主要傳播媒介。全球范圍內(nèi)利用殺蟲劑進(jìn)行蚊蟲防治及傳染病傳播依舊是具有普遍性的做法。殺蟲劑的過度使用導(dǎo)致了廣泛的抗藥性,從而破壞了媒介預(yù)防和蚊蟲控制的目的。然而,蚊蟲對(duì)殺蟲劑產(chǎn)生抗性的相關(guān)研究鮮有報(bào)道。本研究擬通過解構(gòu)白紋伊蚊的腸道微生態(tài)構(gòu)成,探明對(duì)溴氰菊酯類殺蟲劑產(chǎn)生抗性差異的白紋伊蚊種群腸道微生態(tài)的差異及可能的影響。

設(shè)計(jì)思路

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通過16S rRNA測(cè)序分析溴氰菊酯抗性和敏感的白紋伊蚊之間腸道微生物群的差異,以及溴氰菊酯處理前后兩種白紋伊蚊腸道微生物的變化,得到與溴氰菊酯抗性有關(guān)的菌株,并通過分離培養(yǎng)獲得相應(yīng)菌株。

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實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

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測(cè)序方案16S rRNA 
測(cè)序平臺(tái):PacBio Sequel II
數(shù)據(jù)量:LC50溴氰菊酯處理前得到63,299條(平均每只蚊308.78條),純化后序列總數(shù)為62,835條;處理后得到156453條序列,純化后序列總數(shù)為151133條。

主要結(jié)論

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兩種白紋伊蚊菌株的腸道微生物群的多樣性和豐度存在顯著差異;②體外培養(yǎng)的共生菌主要是兼性厭氧菌,③培養(yǎng)的細(xì)菌如米沙雷氏菌(Serratia oryzae)和六月不動(dòng)桿菌(Acinetobacter junii)可能起到促進(jìn)殺蟲劑抗藥性發(fā)展的作用。表明腸道細(xì)菌可能有助于增強(qiáng)白紋伊蚊的抗藥性。


本研究突出了16S rRNA全長擴(kuò)增子測(cè)序在研究蚊子腸道微生物群方面的優(yōu)勢(shì):

1. PacBio采用的CCS測(cè)序模型可以顯著提高細(xì)菌的分辨率和注釋率,產(chǎn)生較少的噪聲和錯(cuò)誤序列,它可以用來檢測(cè)更稀有的物種。

2. 相較于V3 V4區(qū)域測(cè)序,16S rRNA全長擴(kuò)增子測(cè)序可以提高物種注釋的可靠性和準(zhǔn)確性,進(jìn)而影響了屬和種的注釋。
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R:溴氰菊酯抗性菌株  S:溴氰菊酯敏感菌株
a為耐藥菌株與敏感菌株之間的維恩圖;b、c分別為治療前后敏感株和耐藥株的維恩圖;d為治療后敏感菌株死亡和存活組的維恩圖;e為耐藥菌株處理后死亡株和存活株的維恩圖

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敏感菌株與耐藥菌株多樣性指數(shù)差異。**p < 0.001, *p < 0.05;上述箱式圖abc圖分別為兩種蚊子群體腸道微生物多樣性的SimpsonShannonChao 1指數(shù)

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不同分類學(xué)水平的物種豐度直方圖;ab、c分別為兩組蚊子腸道微生物構(gòu)成在目、屬、種水平上群落結(jié)構(gòu)組分
16S rRNA全長擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)可以作為一種理想的方法來研究蚊子的腸道菌群。下一步研究者將對(duì)米沙雷氏菌Serratiaoryzae和六月不動(dòng)桿菌Acinetobacterjunii進(jìn)行體外和體內(nèi)的功能驗(yàn)證,獲得的功能特征可以被用于工程腸道微生物群,以開發(fā)新的策略來預(yù)防和控制殺蟲劑抗性。
文章鏈接:
https://onlinelibrary./doi/pdf/10.1002/mbo3.1177

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