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大家好，這里是專注表觀組學(xué)十余年，領(lǐng)跑多組學(xué)科研服務(wù)的易基因。 2022年9月30日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院鐘翔教授團(tuán)隊(duì)在《ANTIOXIDANTS-BASEL》雜志發(fā)表題為“m6A RNA Methylation Mediates NOD1/NF-kB Signaling Activation in the Liver of Piglets Challenged with Lipopolysaccharide”的研究論文，該研究通過MeRIP-seq（m6A-seq）等實(shí)驗(yàn)揭示脂多糖誘導(dǎo)的仔豬肝臟損傷模型中m6A RNA甲基化介導(dǎo)了NOD1/NF-kB信號激活。
標(biāo)題：m6A RNA Methylation Mediates NOD1/NF-kB Signaling Activation in the Liver of Piglets Challenged with Lipopolysaccharide（脂多糖誘導(dǎo)的仔豬肝臟損傷模型中m6A RNA甲基化介導(dǎo)了NOD1/NF-kB信號激活） 時間：2022.09.30 期刊：ANTIOXIDANTS-BASEL 影響因子：IF 7.675 技術(shù)平臺：MeRIP-seq（m6A-seq）、RNA-seq 樣本：12頭處于生長階段的雄性仔豬隨機(jī)分配至兩個處理組：對照（CON）組和脂多糖（LPS）組，取肝組織樣本進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。 實(shí)驗(yàn)：細(xì)胞培養(yǎng)、siRNA和質(zhì)粒轉(zhuǎn)染、血清生化參數(shù)、肝細(xì)胞因子定量、肝臟組織學(xué)觀察、免疫熒光、活性氧（ROS）檢測、RT-qPCR、western blot、MeRIP-seq、RNA-seq 摘要： N6-甲基腺苷（m6A）是最豐富的內(nèi)部修飾，廣泛參與各種免疫和炎性反應(yīng)；然而其在仔豬脂多糖誘導(dǎo)肝臟炎癥中的調(diào)控機(jī)制仍然未知。本研究在小豬腹腔注射80μg/kg LPS（LPS組）或等劑量無菌鹽水（CON組）進(jìn)行研究分析。結(jié)果表明，LPS處理后可提高血清丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶（ALT）活性，誘導(dǎo)M1巨噬細(xì)胞極化，促進(jìn)炎性細(xì)胞因子分泌，從而導(dǎo)致仔豬肝臟損傷。NOD1/NF-κB信號通路在LPS組的肝臟中被激活，且LPS處理后總m6A水平顯著升高。MeRIP-seq測序分析結(jié)果顯示，對照組和LPS組分別有1166和1344個轉(zhuǎn)錄本中m6A甲基化，這些轉(zhuǎn)錄本的m6A甲基化位點(diǎn)主要分布在5′UTR區(qū)、CDS區(qū)和3′UTR區(qū)。且這些基因主要富集在NF-κB信號通路中，LPS處理使NOD1、RIPK2、NFKBIA、NFKBIB和TNFAIP3 mRNA中的m6A修飾顯著變化。此外，METTL3敲除或FTO過表達(dá)都使NOD1/NF-κB通路中的基因水平發(fā)生變化，表明該通路的激活受m6A RNA甲基化調(diào)控，且m6A RNA甲基化水平變化可能與活性氧（ROS）、HIF-1α和MAT2A增加有關(guān)?？傊?，LPS通過改變m6A RNA甲基化激活轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的NOD1/NF-κB通路，然后促進(jìn)促炎細(xì)胞因子產(chǎn)生，最終導(dǎo)致肝臟炎癥和損傷。
圖形摘要：LPS誘導(dǎo)仔豬肝臟中NOD1/NF-κB信號轉(zhuǎn)導(dǎo)激活的m6A RNA甲基化調(diào)控機(jī)制 研究結(jié)果 （1）LPS誘導(dǎo)的仔豬肝臟炎癥和損傷
圖1：LPS導(dǎo)致仔豬肝臟炎癥和損傷。 （2）LPS通過NOD1/NF-κB信號通路觸發(fā)炎性反應(yīng)
圖2：LPS誘導(dǎo)仔豬肝臟NOD1/NF-κB信號通路被激活 （3）LPS處理后的仔豬肝臟m6A RNA甲基化圖譜
圖3：仔豬肝臟的m6A RNA甲基化豐度。
圖4：CON組和LPS組肝臟轉(zhuǎn)錄組的MeRIP-seq。
（4）NOD1/NF-κB通路受m6A甲基化修飾調(diào)控
圖5：m6A RNA甲基化調(diào)控NOD1/NF-κB信號通路。
（5）ROS、HIF-1α和MAT2A增加可能導(dǎo)致m6A修飾變化
圖6：仔豬肝臟中ROS、HIF-1α和MAT2A的含量。
結(jié)論： 本研究通過MeRIP-seq等實(shí)驗(yàn)表明m6A RNA甲基化通過調(diào)控NOD1/NF-κB信號通路激活在LPS誘導(dǎo)的肝臟炎癥和損傷中起關(guān)鍵作用，揭示了通過LPS誘導(dǎo)的ROS、HIF-1α和MAT2A表達(dá)增加有助于提高仔豬肝臟中m6A RNA甲基化的可能性。表明NOD1和m6A RNA甲基化可能是研究和處理仔豬免疫應(yīng)激誘導(dǎo)肝損傷的新觀點(diǎn)。 關(guān)于易基因RNA m6A甲基化測序(MeRIP-seq)技術(shù) 易基因MeRIP-seq技術(shù)利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測序，可以對RNA上的m6A修飾進(jìn)行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細(xì)胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域；可應(yīng)用于動物、植物、細(xì)胞及組織的m6A檢測。 大樣本量m6A-QTL性狀關(guān)聯(lián)分析，傳統(tǒng)MeRIP單個樣品價格高，通常難以承擔(dān)。易基因開發(fā)建立MeRIP-seq2技術(shù)，顯著提成IP平行性，實(shí)現(xiàn)不同樣本間相對定量，降低檢測成本。 易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術(shù)：
技術(shù)優(yōu)勢：
研究方向： m6A甲基化目前主要運(yùn)用在分子機(jī)制的理論性研究
關(guān)于m6A甲基化研究思路 （1）整體把握m6A甲基化圖譜特征：m6A peak數(shù)量變化、m6A修飾基因數(shù)量變化、單個基因m6A peak數(shù)量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修飾基因的功能分析 （2）篩選具體差異m6A peak和基因：差異m6A peak鑒定、非時序數(shù)據(jù)的分析策略、時序數(shù)據(jù)的分析策略、差異m6A修飾基因的功能分析、差異m6A修飾基因的PPI分析、候選基因的m6A修飾可視化展示 （3）m6A甲基化組學(xué)&轉(zhuǎn)錄組學(xué)關(guān)聯(lián)分析：Meta genes整體關(guān)聯(lián)、DMG-DEG對應(yīng)關(guān)聯(lián)、m6A修飾目標(biāo)基因的篩選策略 （4）進(jìn)一步驗(yàn)證或后期試驗(yàn)
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參考文獻(xiàn)： Xu M, Zhuo R, Tao S, Liang Y, Liu C, Liu Q, Wang T, Zhong X. M6A RNA Methylation Mediates NOD1/NF-kB Signaling Activation in the Liver of Piglets Challenged with Lipopolysaccharide. Antioxidants (Basel). 2022 Sep 30;11(10) 相關(guān)閱讀： 項(xiàng)目集錦 | 易基因近期m6A甲基化（MeRIP-seq）研究成果 項(xiàng)目文章 | 90天見刊，易基因m6A RNA甲基化(MeRIP)+轉(zhuǎn)錄組組學(xué)研究 項(xiàng)目文章 | 90天見刊，易基因m6A RNA甲基化(MeRIP)+轉(zhuǎn)錄組組學(xué)研究 3文讀懂：m?A甲基化在動物肌肉發(fā)育中的重要作用（豬+雞+山羊） 脂多糖誘導(dǎo)的仔豬肝臟損傷模型中m6A RNA甲基化介導(dǎo)了NOD1/NF-kB信號激活
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