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可修正超900個靶點,波恩大學團隊將苔蘚RNA編輯器移植到人體細胞,為遺傳病治療提供新思路

 生輝 2022-09-20 發(fā)布于甘肅



陸生植物細胞普遍存在 RNA 編輯現象。早在 30 多年前,研究人員便首次發(fā)現植物線粒體中的胞苷-尿苷(C-to-U)RNA 編輯,隨后又發(fā)現,C-to-U 編輯不僅影響線粒體的轉錄,而且影響幾乎所有陸生植物葉綠體的轉錄。


RNA 編輯過程在動物和植物中截然不同:在植物的線粒體和葉綠體中多達數千個特定的胞苷轉化為尿苷,而在動物細胞核中多達數百萬個腺苷轉化為肌苷。目前,尚不清楚這兩種不同的 RNA 編輯器是否相互兼容。

近日,來自波恩大學的一個研究小組已經成功將來自苔蘚植物的 RNA 編輯器移植到了人類細胞中,并發(fā)現這種來自苔蘚植物的 RNA 編輯器能夠在人體細胞中工作,這在未來可能被用于設計人類細胞 RNA 編輯,并可能被開發(fā)成一種有價值的工具來拓展目前基因編輯方法,同時也為人類遺傳病的治療提供新的途徑。

目前,這項研究已經以“Plant mitochondrial RNA editing factors can perform targeted C-to-U editing of nuclear transcripts in human cells”(植物線粒體 RNA 編輯器可以對人類細胞的核轉錄物進行有針對性的 C-to-U 編輯)為題發(fā)表在 Nucleic Acids Research 上。

(來源:Nucleic Acids Research

“如果我們能用植物 RNA 編輯器的方法來修正人類基因中的缺陷點,這也可能為治療人類各種遺傳病提供一種新的思路。”該論文的通訊作者、波恩大學細胞與分子植物學研究所 Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士說道。

從德國馬爾堡大學博士畢業(yè)之后,她進入波恩大學從事博士后研究工作,目前,Mareike Schallenberg-Rüdinger 是波恩大學細胞與分子植物學研究所的研究員、初級小組組長,她的課題組研究方向主要圍繞植物細胞器中的轉錄后及翻譯后修飾。

圖|波恩大學細胞與分子植物學研究所 Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士(來源:University of Bonn)

先前的研究表明,植物 RNA 編輯過程中,基因組 DNA 突變在轉錄過程中得到修正,由此產生的 mRNA 序列可能與 DNA 預測不同,而這就導致翻譯的蛋白質與 DNA 序列預測的蛋白質不同。據推測,大約在 4 億到 5 億年前,最早的植物從水中遷移到陸地,強紫外線輻射下會導致 DNA 分子受損,所以,RNA 編輯可能是早期陸生植物隨進化過程演化來的一種機制。

在陸生植物中,DNA 不僅存儲在細胞核中,還存儲在細胞的線粒體和葉綠體中。如果把植物細胞看作是一個建筑工地,那 DNA 攜帶的“藍圖信息”包含構建新陳代謝過程的蛋白質的“建筑說明”。但藍圖信息是如何在線粒體和葉綠體中進行傳遞的呢?研究發(fā)現,其通過創(chuàng)建藍圖所需部分的轉錄本(RNA)來實現的,植物利用這些信息生產所需要的蛋白質。

然而,這一過程并不完全順利,因為隨著時間的推移,基因突變會導致 DNA 錯誤的積累,而為了獲得功能完善的蛋白質,必須修正這些錯誤,否則細胞的能源供應就會崩潰。在這個過程中,植物的修正策略卻顯得過于“簡單粗暴”,它們并不是直接修改基因錯誤,而是通過 RNA 轉錄過程在眾多轉錄本中進行逐個修正。

“這就像是在書籍印刷過程中出現了印刷錯誤,不是去修改模板,而是去手工修改印刷好的每一本書籍。我們不知道為什么植物細胞為什么會采用這種方式,但根據之前的推測,這可能是植物從水中遷移到陸地慢慢進化而來?!?a style="font-size:16px;" data-miniprogram-appid="wx99cc64e6169731cc" data-miniprogram-path="pages/professor-detail/index?personage_id=75053&share=true" data-miniprogram-nickname="絡繹科學" href="" data-miniprogram-type="text" data-miniprogram-servicetype="" href="">Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士說道。

圖|植物線粒體 PPR-DYW 脫氨酶在人類細胞轉錄物中特異性地編輯胞苷(來源:Nucleic Acids Research

早在 2019 年,已經有研究團隊成功地將苔蘚 RNA 編輯器移植到大腸桿菌中,結果顯示,苔蘚的修復蛋白也可以修飾大腸桿菌的 RNA。如今,Mareike Schallenberg-Rüdinger 團隊的研究更進一步。在這項研究中,他們將苔蘚的兩種線粒體 PPR 型編輯器(PPR56 和 PPR65)轉移到人類細胞中,以探索它們是否可以在人類細胞(腎細胞和癌細胞)環(huán)境中運行。

試驗結果顯示,苔蘚細胞 PPR 編輯器可以在人類細胞中運行,PPR56 和 PPR65 不僅編輯了它們的原生共轉錄靶點,而且在人類轉錄組中編輯了不同的非靶點,比如,PPR56 在人類細胞的 900 多個靶點進行修正,相較之下,它在苔蘚細胞中僅僅負責 2 個修正位點,而且在人類細胞中 PPR56 的編輯效率高達 91%。

“我們的研究結果表明,陸生植物糾正機制在人體細胞中也起作用,而這在以前是未知的?!痹撜撐牡牡谝蛔髡?Elena Lesch 博士表示。

圖|Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士(左一)、 Elena Lesch 博士(左二)及實驗室團隊(來源:University of Bonn)

對此,Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士表示:“由于人類細胞細胞核中的 RNA 轉錄物比苔蘚細胞線粒體中的轉錄物要多得多,因此,編輯器的靶標也多了起來。盡管編輯器遵循特定的代碼,但在現階段,還無法準確預測編輯器在人體細胞的哪個位置進行修改。

然而,人類細胞中豐富的 RNA 編輯器靶點為進一步探索校正機制提供了更多機會,這可能是通過校正器誘導人類細胞中 RNA 發(fā)生變化的方法的基礎。

他們的這項新研究,解決了苔蘚植物 C-to-U RNA 編輯是否可以在功能上轉移到人類細胞環(huán)境中的問題。對于接下來的研究工作,“如果我們能用 RNA 編輯器的方法糾正 DNA 中的錯誤位點,這也可能為人類遺傳病的治療提供新的思路,但這是否會奏效還有待進一步驗證,而這也是我們下一步的研究方向。”Mareike Schallenberg-Rüdinger 博士說。

參考資料:
1.https:///10.1093/nar/gkac752
2.https://www./en/news/203-2022?set_language=en



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