對來自23個國家的1萬多種不同的結(jié)核分枝桿菌分離株進(jìn)行的大規(guī)模分析揭示了與這種病原菌對13種一線和二線新的和重新利用的抗生素產(chǎn)生耐藥性有關(guān)的新基因。這項研究是由結(jié)核病綜合耐藥性預(yù)測：國際聯(lián)盟（Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis: an International Consortium, CRyPTIC）進(jìn)行的，在于2022年8月9日發(fā)表在PLoS Biology期刊上的兩篇新論文中進(jìn)行了描述。這兩篇論文的標(biāo)題分別為“A data compendium associating the genomes of 12,289 Mycobacterium tuberculosis isolates with quantitative resistance phenotypes to 13 antibiotics”和“Genome-wide association studies of global Mycobacterium tuberculosis resistance to 13 antimicrobials in 10,228 genomes identify new resistance mechanisms”。

結(jié)核病（TB）是一種可治愈和可預(yù)防的疾?。?5%的患者可以通過為期六個月的藥物治療獲得成功。盡管如此，在最近許多年里，結(jié)核病造成的死亡人數(shù)超過了其他傳染病，而且耐藥結(jié)核病是一個持續(xù)的威脅。更好地了解賦予抗生素耐藥性的結(jié)核分枝桿菌變體，對于更好地監(jiān)測耐藥菌株以及開發(fā)新藥物都很重要。

在第一篇新論文中，研究人員概述了他們?nèi)绾螌⑹澜绺鞯氐腃RyPTIC伙伴實(shí)驗室處理的12289種結(jié)核分枝桿菌分離株匯編成一個可公開獲取的數(shù)據(jù)。每種分離株都被測序，然后在一個高通量網(wǎng)格上用不同濃度的13種抗菌劑進(jìn)行測試。在列入的結(jié)核分枝桿菌分離株中，有6814種分離株對至少一種藥物產(chǎn)生了耐藥性，包括4685種分離株對多種藥物或?qū)σ痪€治療藥物利福平（rifampicin）產(chǎn)生耐藥性。

在第二篇論文中，該聯(lián)盟介紹了他們利用10228種結(jié)核分枝桿菌分離株的數(shù)據(jù)進(jìn)行的全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）的結(jié)果。對于所有13種藥物，他們發(fā)現(xiàn)了與最小抑菌濃度-----一種抗生素阻止結(jié)核分枝桿菌生長的最低濃度---顯著增加有關(guān)的未編入目錄的變體。分析這一濃度，而不是簡單地分析耐藥性或不耐藥性的結(jié)果，可以識別出只對抗生素反應(yīng)造成細(xì)微變化的變體，這些變化可能通過增加藥物劑量來克服。他們選擇了20個最重要的賦予對每種藥物耐藥性的基因，并更深入地描述了這些特定基因的影響大小和變化。

這些作者指出，“我們的研究表明，全球合作有能力大幅提高我們對與結(jié)核分枝桿菌耐藥性有關(guān)的遺傳變異的認(rèn)識?！?/p>

這兩篇論文不僅揭示了可以進(jìn)一步了解結(jié)核分枝桿菌耐藥性狀況的特定基因，而且還為未來的病原體研究提供了一個框架。

這些作者說，“該研究不是為測量流行率或估計耐藥性預(yù)測工具的'真實(shí)世界’錯誤率而設(shè)計的；而是作為一種資源，通過豐富[全基因組測序]耐藥性預(yù)測的突變目錄，提高我們對耐藥性遺傳機(jī)制的理解，以及確定重要的診斷差距和耐藥性模式，來加快抗菌劑耐藥性診斷的開發(fā)。這項研究的數(shù)據(jù)是完全開源的，希望它能在未來幾年促進(jìn)和激發(fā)未來的研究?！保?a >生物谷 Bioon.com）

參考資料：

Derrick W. Crook et al. A data compendium associating the genomes of 12,289 Mycobacterium tuberculosis isolates with quantitative resistance phenotypes to 13 antibiotics. PLoS Biology, 2022, doi:10.1371/journal.pbio.3001721.

Derrick W. Crook et al. Genome-wide association studies of global Mycobacterium tuberculosis resistance to 13 antimicrobials in 10,228 genomes identify new resistance mechanisms. PLoS Biology, 2022, doi:10.1371/journal.pbio.3001755.